Obecny kościół św. Antoniego został zbudowany w latach 1830-37 jako nowy zbór ewangelicki. Gmach zaprojektował Karl Friedrich Schinkel. Ten wybitny niemiecki architekt i projektant doby klasycyzmu jest również autorem projektu prospektu we wnętrzu tej świątyni. Bardzo podobna szafa organowa znajduje się w zborze ewangelickim w Mikołajkach. Zachował się również projekt bliźniaczego prospektu dla zboru w Klein Dexen (obecnie Furmanowo w Obwodzie Kaliningradzkim).

Pierwsze organy zbudował Johann Scherweit w 1837 roku. Wiadomo, że w budowie uczestniczył jego współpracownik Wilhelm Ostermeier z Cyntów (ob. Korniewo w Obwodzie Kaliningradzkim). Był to instrument o trakturze mechanicznej z 18 lub 22 głosami i wiatrownicami klapowo-zasuwowymi. Stół gry był wbudowany centralnie w szafę organową. Świadczy o tym obecna, wtórna płyta w tym miejscu, która wyraźnie różni się od pozostałych elementów szafy. Wiadomo, że w 1841 roku budowniczy organów dokonał ich reperacji, zaś w 1855 roku przebudowy instrumentu dokonał Johann Rohn z Ornety. Polegała ona na przeniesieniu trzech miechów klinowych z jednej z wież do wnętrza kościoła. Istnieją one do dziś w głębi chóru (po lewej stronie - patrząc z dołu kościoła w stronę chóru).

Instrument ten musiał być bardzo udany, ponieważ przetrwał aż do końca lat 20. XX wieku, kiedy to w 1929 roku nowe organy wybudowała firma „Orgelbauanstalt Eduard Wittek” z Elbląga jako opus 512. W tym okresie tym sławnym zakładem organmistrzowskim zarządzał Gerhard Wittek, syn zmarłego w 1927 roku Eduarda. Przy budowie nowego instrumentu wykorzystanych zostało wiele elementów z poprzednich organów, tj. niektóre głosy oraz wcześniej wspomniane miechy klinowe, które nadal zasilały powietrzem nowy instrument. Wittek zastosował trakturę pneumatyczną oraz wiatrownice stożkowe. Pojawił się również wolnostojący stół gry (organista zwrócony był twarzą w kierunku ołtarza).

Pod koniec stycznia 1945 roku działania wojenne dosięgnęły Braniewo. Z tego czasu zachowała się ostatnia skromna wzmianka nt. organów w tej jeszcze ewangelickiej świątyni. 30 stycznia odbyła się ostatnia konfirmacja, przy okazji której wspomniano, że instrument nie mógł być już wtedy wykorzystany, co wynikało z braku prądu w mieście. W porównaniu do reszty miasta Braniewa, które w tym czasie zostało zniszczone w ponad 80%, zbór ewangelicki poniósł relatywnie niewielkie straty. Wiadomo, że był uszkodzony częściowo dach i okna. Żołnierze Armii Czerwonej urządzili w tym miejscu stajnię. Kościół odwiedzili również szabrownicy. W 1946 roku starostwo przekazało zbór Kościołowi katolickiemu, który przeniósł tu nabożeństwa z parafii św. Katarzyny (bezcenny zabytkowy kościół, w którym wcześniej się znajdowała, został całkowicie zniszczony). Z tego czasu pochodzi informacja, że organy nie nadawały się do użytku, a organista grał na fisharmonii.

Ten stan rzeczy trwał do połowy lat 50. XX wieku, gdy niezidentyfikowany organmistrz dokonał niezbędnych uzupełnień i naprawy instrumentu. Dyspozycja uległa nieznacznym zmianom. Wtedy prawdopodobnie nastąpiło spolszczenie nazw na wszystkich włącznikach głosów. Pozostały tylko oryginalne, niemieckie podpisy sekcji nad włącznikami głosów oraz opisy włączników pod manuałem I. W tym stanie organy funkcjonowały do ok. lat 90., gdy instrument zaczął sprawiać wiele problemów eksploatacyjnych (z XIX-wiecznymi miechami klinowymi na czele). Jedne z ostatnich prac przy organach wykonywał organmistrz Andrzej Kowalewski z Braniewa w 1984 roku. W międzyczasie odbudowano kościół św. Katarzyny, dlatego nastąpiła reorganizacja parafii, co wiązało się z obraniem nowego patrona świątyni – św. Antoniego z Padwy.

W 2015 roku organy przeszły kompleksowy remont wykonany przez firmę Nawrot i Synowie z Wronek. Został zainstalowany nowy system powietrzny, składający się z zupełnie nowych elementów: miecha pływakowego, cichobieżnej dmuchawy oraz kanałów powietrznych. Zachowano jednak oryginalne miechy klinowe. Wstawione zostały również głosy językowe w miejscu wyszabrowanych w lub po 1945 roku.

3 stycznia 2016 wybuchł duży pożar świątyni, który doszczętnie strawił dach kościoła. Organy jednak ocalały, ponieważ znajdują się w murowanej wnęce pomiędzy wieżami kościoła. Nie doznały one najmniejszego uszczerbku, jeśli chodzi o czynniki termiczne – żaden element organów nie jest stopiony czy choćby okopcony. Jedynym negatywnym skutkiem akcji gaśniczej było zalanie, które było jednak minimalne i nie spowodowało wyraźnej degradacji, które kwalifikowałoby organy jako niezdatne do konserwacji w przyszłości. Po zabezpieczeniu instrumentu trwa obecnie odbudowa kościoła.

Skala manuałów: C-f³; skala pedału: C-d¹.