Pierwotny kościół na Skałce zbudowany został w XI wieku. Na jego miejscu w XV w. stanęła nowa, gotycka świątynia. Pierwsza wzmianka o miejscowym organiście pochodzi z 1541 roku, zaś najwcześniejsza pewna informacja o organach – z 1599 roku. Organy istniały również w XVII wieku.

Obecna, barokowa świątynia powstała w latach 1733-1751. Istniał w niej 7-głosowy pozytyw wzmiankowany w 1748 roku. W 1760 r. powstał nowy chór muzyczny, natomiast z 1761 r. pochodzą kontrakty zawierane z Józefem Weismannem (snycerzem) i Bonawenturą Batkowskim (malarzem), którzy zostali zatrudnieni do prac przy prospekcie organowym, częściowo zachowanym aż do dnia dzisiejszego. Budowniczy pierwotnego instrumentu pozostaje nieznany. Organy miały kilkanaście głosów, 1 manuał i pedał. Stół gry wbudowany był centralnie w cokół szafy organowej. W 1889 r. dyspozycja przedstawiała się następująco:

Manuał
Pryncypał 8’
Flet major 8’
Flet Portunal 8’
Quintaton 8’
Salicynał 8’
Oktawa 4’
Quinta 3’
Super=Octava 2’
Tercya 1’ (1 1/3’)
Decima 1’

Pedał
Subbass 16’
Pryncypał 8’
Quintbass 6’
Oktawa 4’

Instrument był wielokrotnie naprawiany, m.in. na przełomie lat 80. i 90. XIX w. przez krakowskiego organmistrza Tomasza Wojciechowskiego. Z 1911 r. pochodzi niezrealizowany projekt nowych organów (24 głosy, 2 manuały i pedał, traktura pneumatyczna) opracowany przez firmę Braci Rieger z Karniowa.

W latach 1913-1914 Kazimierz Żebrowski z Krakowa wykonał nowy instrument (18 głosów, 2 manuały i pedał, traktura pneumatyczna, wolnostojący stół gry) o romantycznej dyspozycji. Żebrowski zachował rokokowy prospekt sekcji głównej, jednak zlikwidował przylegające doń boczne segmenty, za którymi pierwotnie mieściły się piszczałki pedałowe. Organy były kilkakrotnie naprawiane, czyszczone i strojone. Pracowali przy nich m.in.: Stanisław Żebrowski z Krakowa (w latach 20. XX w.), firma Rieger z Karniowa (w latach: 1931 i 1949), Michał Grygorowicz (w 1950 r.) oraz firma Kuźnik & Mildner z Rybnika (w 1952 r.). W 1971 r. remont połączony z przebudową wykonała firma Henryka Siedlara z Krakowa.

W latach 1983-1984 firma Włodzimierza Truszczyńskiego z Warszawy zbudowała nowe organy (24 głosy, 2 manuały i pedał, traktura mechaniczna, stół gry wbudowany w cokół XVIII-wiecznego prospektu). Zachowano wówczas 9 głosów Żebrowskiego, dodając 15 nowych głosów (piszczałki do 12 głosów labialnych wykonała firma Jana Chacińskiego z Kobyłki k. Warszawy, natomiast 3 głosy językowe sprowadzono z zagranicy, z firmy Carl Gisecke).

Instrument 24-głosowy, o trakturze mechanicznej i wiatrownicach klapowo-zasuwowych, z wbudowanym stołem gry o 2 manuałach (C-g3) i pedale (C-f1); prospekt organowy rokokowy, architektoniczny, jednosekcyjny.

* * *

Warto dodać, że na początku lat 20. XIX w. w inwentarzach wzmiankowany jest 8-głosowy pozytyw w chórze zakonnym.