Kościół św. Andrzeja wzniesiony został w drugiej połowie XI wieku, a następnie odbudowany po zniszczeniach spowodowanych zapewne najazdem tatarskim. Na początku XIV w. świątynię objęły w posiadanie siostry klaryski. Wprawdzie kościół kilkakrotnie płonął, jednak mimo częściowych przekształceń zachował romańską architekturę zewnętrzną. W kameralnym wnętrzu dominuje barokowy przepych, będący efektem prac modernizacyjnych podjętych na początku XVIII wieku.

Najwcześniejsza wiadomość o tutejszym organiście, wskazująca pośrednio na istnienie instrumentu, pochodzi z 1440 roku. Wiadomo, że budowa nowych organów została ukończona między 1666 a 1675 rokiem.

W latach 1776-1778 przy północnej ścianie prezbiterium powstał nowy instrument, zbudowany przez organmistrza nazwiskiem Sitarski (zapewne identycznego z Janem Sitarskim z Krakowa). Były to organy dwumanuałowe, składające się z sekcji głównej i pozytywu wbudowanego w parapet chóru muzycznego. Instrument był naprawiany przez Jana Grocholskiego z Krakowa w 1897 r. oraz przez Franciszka Kozaka w bliżej nieokreślonym czasie.

W latach 1906-1907 wnętrze kościoła zostało poddane gruntownej renowacji. W grudniu 1907 r. przebudowę zniszczonych organów powierzono krakowskiej firmie Aleksandra Żebrowskiego i jego syna Kazimierza. Przed podjęciem prac dyspozycja przedstawiała się następująco:

Manuał
Pryncypał 8’
Fl. major 8’
Octava 4’
Flet minor 4’
Quinta 2 2/3’
Superoctava 2’
Mixtura

Pedał
Subbas 16’
Octavbas 8’

Przebudowa została ukończona przed końcem 1908 roku, zaś ostateczne rozliczenie z wykonawcami miało miejsce w marcu 1909 roku. Żebrowscy zachowali wprawdzie rokokowy prospekt organowy, jednak zbudowali za nim praktycznie nowy instrument, wykorzystując jedynie dwa stare głosy: Flet major 8’ i Octavę 2’. W miejscu, gdzie znajdowała się szafa pozytywu, ustawili nowy stół gry, pozostawiając prospekt pozytywu jako atrapę o charakterze dekoracyjnym.

Organy były remontowane w 1965 r. przez firmę Henryka Siedlara z Krakowa, natomiast w 1970 r. przeprowadzono ich czyszczenie i strojenie. W latach 2004-2005 firma Jana Jamroga z Ochodzy wykonała ostatni, gruntowny remont.

Instrument 13-głosowy, o mechanicznej trakturze gry i pneumatycznej trakturze rejestrów, z wolnostojącym stołem gry o 1 manuale (C-f³) i pedale (C-d¹); prospekt organowy rokokowy, architektoniczny, dwusekcyjny, złożony z sekcji głównej i pozytywu w balustradzie chóru muzycznego.

* * *

Na wyposażeniu kościoła św. Andrzeja przez kilka stuleci był drugi instrument (pozytyw), usytuowany za klauzurą, na chórze zakonnym. Naprawiał go Sitarski w 1778 roku. Około 1793 r. do chóru sprawiono nowy, sześciogłosowy pozytyw. Instrument ten był kilkakrotnie remontowany: w latach 1882-1883 przez Antoniego Sapalskiego z Krakowa, pod koniec XIX w. przez Jana Grocholskiego z Krakowa oraz w 1900 r. przez Stanisława Niepielskiego z Krakowa. W 1909 r. został przekazany do kościółka „na Puszczy” w Dukli, gdzie istnieje do dnia dzisiejszego po montażu przeprowadzonym przez Tomasza Falla ze Szczyrzyca. Obecnie jego dyspozycja przedstawia się następująco:

Manuał (C-f³)
Flet major 8’
Gamba 8’
Eolina 8’
Pryncypał 4’
Kwinta 2 2/3’

W marcu 1990 r. zawarto umowę z firmą Jacka Siedlara z Krakowa na wybudowanie nowych organów na chórze zakonnym. Instrument miał być wyposażony w osiem głosów rozdysponowanych pomiędzy dwa manuały i pedał. Budowa nie doszła jednak do skutku, a wykonane już piszczałki metalowe zostały sprzedane w 1993 roku.