Pierwszy instrument w kościele pojawił się staraniem jego pierwszego rektora, ks. Jana Kosmana. Krótko po przejęciu tam duszpasterstwa przez jezuitów w 1904 roku, Kosman postanowił, że zebranej ze składek sumy 1200 koron nie odda zakonnikom, lecz kupi organy, bo jak ich wyrzucą, organów na plecy nie zabiorą. Instrument stanął ostatecznie w 1905 roku. Nie wiadomo, czy chodziło o nowy, czy też o używany obiekt. Miał on 4 głosy, a przed 1919 r. wymieniono miech na nowy.

W tym właśnie roku podjęto starania o zastąpienie tych organów nowym obiektem. 8 marca umowę na wykonanie nowych organów do końca sierpnia zawarto ze Stanisławem Żebrowskim z Krakowa. Ten jednak nie wywiązał się ze zobowiązania i dlatego 2 grudnia zawarto nową umowę z Tomaszem Fallem. Budowa przebiegała nie bez trudności: organmistrz musiał być już sędziwy i schorowany, poza tym na rynku brakowało wielu potrzebnych surowców i skórę na miech trzeba było sprowadzać aż z Wiednia. Instrument został ostatecznie poświęcony 13 lutego 1921 roku, jednak jego jakość pozostawiała wiele do życzenia i konieczne były częste naprawy. Już po 11 latach użytkowania zdecydowano się na gruntowną przebudowę, którą przeprowadził Bartłomiej Ziemiański ze Szczyrzyca. W pamiętniku organmistrza opisana jest ona wręcz jako budowa nowych organów. Prace kosztowały 3500 zł i zakończyły się 8 grudnia 1932 roku. Organy te miały 8 głosów, jeden manuał i pedał, trakturę mechaniczną.

W latach 1963-1964 r. kolejnej przebudowy podjęła się firma Wandy Biernackiej z Krakowa, a pracami kierował Włodzimierz Truszczyński. Dobudowano manuał II i powiększono dyspozycję do 16 głosów. Trakturę zmieniono na elektropneumatyczną oraz zainstalowano nowy stół gry. Przebudowany instrument odebrano 3 października 1964 roku. W 1971 r. Theodor Böhme i Stanisław Broszko dobudowali do organów dwa głosy. Dyspozycja była wtedy następująca:

Manuał I do pedału, manuał II do pedału, manuał II do mn. I, super II do I, subo II do I, tremolo do II

W tym samym roku do parafii przybył nowy organista, Stanisław Wolak, który sprawuje swoją funkcję do dziś. Dokonał on etapowej rozbudowy organów. W 1974 r. miały one już 23 głosy, a kolejny etap został zrealizowany w latach 1978-1980. Dodano wówczas sekcję manuału III w nowej szafie zawieszonej centralnie nad chórem muzycznym. Nową wiatrownicę do tej sekcji zamówiono w firmie Włodzimierza Truszczyńskiego, a stół gry wykonał krakowski zakład Biernackich. Organy remontowano później w latach: 2000, 2004 (Tomasz Nowak z Krakowa) i 2006. W 2025 r. remont wraz z przebudową stołu gry wykonał Sławomir Piotrowski. W kontuarze zainstalowano wówczas setzer, a usunięto: połączenie Super II-I, dwie wolne kombinacje, crescendo oraz stałe kombinacje Piano, Forte i Pleno.

Wiatrownice stożkowe. Stół gry wolnostojący; grający siedzi bokiem do prezbiterium.

Skala manuałów: C–a³; skala pedału: C–f¹.