Pierwsze organy dla tutejszego kościoła wykonał Tomasz Fall ze Szczyrzyca w 1911 lub 1912 roku. Miały one 11 głosów, jeden manuał i pedał, trakturę mechaniczną i wiatrownice klapowo-zasuwowe. Ich dyspozycja była następująca:

Połączenia: II-I, I-P

Instrument ten służył w kościele do 1975 roku, po czym został przeniesiony przez Władysława Ziemiańskiego ze Szczyrzyca do kościoła NMP Królowej Polski w Borzęcinie Dolnym, gdzie do dziś funkcjonuje.

Budowę nowych organów początkowo planowano powierzyć firmie Kamińskich z Warszawy, jednak zawarto umowę z Tadeuszem Rajkowskim z Włocławka. Pierwsze rozmowy z tym organmistrzem zaczęły się w 1974 roku, zaś w listopadzie 1975 r. odbył się częściowy odbiór nieukończonego jeszcze instrumentu. Instrument poświęcono 4 marca 1976 roku, a całkowicie ukończono 30 października tegoż roku. Organy wyposażono w wiatrownice upustowe autorskiej konstrukcji Rajkowskiego, które z czasem stały się przyczyną częstych awarii. Podobne kłopoty sprawiała niezbyt profesjonalnej konstrukcji dmuchawa elektryczna. Osobliwością instrumentu była za to Trąbka hiszpańska; był to prawdopodobnie pierwszy instrument polskiego budowniczego wyposażony w ten głos. Organy miały 25 głosów, dwa manuały i pedał oraz trakturę pneumatyczną. Wybór głosów przedstawiono poniżej.

*) głos umieszczony horyzontalnie w prospekcie jako tzw. Trąbka hiszpańska

Połączenia: Manuał II-I, Manuał I-P, Manuał II-P
Urządzenia dodatkowe: automat pedałowy, dwie wolne kombinacje, crescendo, żaluzja manuału II, tremolo manuału II, wyłączniki indywidualne głosow językowych
Rejestry zbiorowe: Piano, Forte, Tutti.

Jak już wspomniano, z upływem czasu instrument Rajkowskiego zaczął ulegać licznym awariom, którym nie można było zapobiec, gdyż wynikały z konstrukcji organów. Wobec tego, a także z okazji zbliżającego się stulecia kościoła, powstała myśl o zastąpieniu ich nowym instrumentem. O przygotowanie koncepcji dzieła poproszony został prof. Ireneusz Wyrwa. Oferty na budowę nadesłały 4 firmy z Niemiec, Austrii i Szwajcarii. Spośród nich wybrano ofertę firmy Werkstätte für Orgelbau Mühleisen z Leonbergu k. Stuttgartu, istniejącej od 1986 r. i kierowanej przez Konrada Mühleisena, byłego pracownika firmy Weigle. Zgodnie z przyjętymi założeniami, instrument ma nawiązywać do wczesnoromantycznych organów niemieckich, a w szczególności budowanych przez Eberharda Friedricha Walckera. Organy wyposażono w takie głosy stosowane przez tego organmistrza, jak umieszczona w osobnej sekcji Physharmonica (głos zbudowany z języczków analogicznych jak w fisharmonii, którego ciśnienie, i, co za tym idzie, głośność jest regulowana dźwignią nożną poruszającą zasuwą w kanale wiatrowym – tzw. Windschweller) czy Harmonika (głos wąskomenzurowany drewniany otwarty o lekko ukośnych tylnych ściankach). Prace przy budowie instrumentu rozpoczęły się w 2014 r. od rozebrania starych organów. Przez 2015 r. trwały prace montażowe i intonacyjne, a uroczysta inauguracja odbyła się 30 stycznia 2016 roku. Organy poświęcił bp Stanisław Salaterski, zaś koncert wykonał prof. Ireneusz Wyrwa.

Organy mają podwójną trakturę rejestrów (mechaniczną i elektryczną) oraz wiatrownice klapowo-zasuwowe. Stół gry wolnostojący; grający siedzi tyłem do prezbiterium.

Skala manuałów: C-c⁴; skala pedału: C-g¹.