Klasztor Misjonarzy z Mariannhill w Würzburgu-Frauenland należy do największych obiektów tego zgromadzenia. Kompleks klasztorny został w latach 1927–1929 wg. projektu Alberta Boßle. Początkowo zakupiony został niewielki tymczasowy używany instrument na czas uzbierania środków do budowy odpowiednich organów. Był on zbudowany w 1899 roku przez firmę Josepha Bittnera z Eichstätt dla jednego z miejscowych profesorów (opus 80) i miał następującą dyspozycję:

Połączenia: II/I, I/P, II/P

Kościół klasztorny był jednym z niewielu ocalałych z ogromnych zniszczeń Würzburga podczas nalotu z 16 marca 1945 roku. Tu przeniesiono seminarium duchowne oraz miały miejsce główne uroczystości diecezjalne z uroczystością biskupa. Stąd przez pierwsze powojenne lata świątynia pełniła funkcję katedry. W tym czasie organy Bittnera były już w złym stanie i wyłączone z użytku. Korzystano z fisharmonii, która przy tak duzych i ważnych uroczystościach nie mogła sprostać potrzebom. W 1948 roku sprzedano stary instrument ewangelickiej gminie Marcina Lutra (Martin-Luther-Gemeinde), która korzystała z niego do 1959 roku. W roku sprzedaży organów został zbudowany nowy, istniejący do dziś instrument znanej i renomowanej firmy G. F. Steinmeyer & Co. z Oettingen. Poświęcenia dokonano 22 lutego 1949 roku. Jest to opus 1772 tej firmy. Dyspozycja powstała pod kierownictwem diecezjalnego rzecoznawcy organowego oraz kapelmistrza katedry w Würzburgu, dr. Richarda Schömiga. Co ciekawe, koncepcja brzmieniowa była wtedy nieco archaiczna i odpowiadała bardziej manierze romantycznej aniżeli neobarokowej. Powstał instrument w szerokim rozumieniu uniwersalny. Warto wspomnieć, że układ prospektu został skopiowany ze zniszczonych wielkich organów Steinmeyera w St. Lorenzkirche w Norymberdze (V+P, 157 głosów).

Organy zostały zbudowane w okresie powojennego kryzysu. Korzystano z gorszego rodzaju materiałów, które szybciej wyeksploatowały się. Przy organach o systemie wiatrownic typu Taschenlade było to szczególnie odczuwalne. Pod koniec lat 80. stan instrumentu był na tyle zły, że rozważano dwie opcje: wykonać gruntowny i kosztowny remont czy rozebrać je jako złom i na ich miejscu zainstalować instrument elektronowy. Wybrano pierwszą opcję, uznając juz wtedy, że są to organy o dużej wartości historycznej. Prace remontowe prowadziła firma Steinmeyer. W kosztach partycypowała miejscowa baza wojskowa USA, która mieściła się na terenie obecnego kampusu uniwersyteckiego Hubland-Nord. Dokonano niewielkich zmian w dyspozycji, poprawiono intonację, przestawiono kontuar oraz zamontowano w nim system Setzer. Dzięki doskonałej akustyce modernistycznego kościoła NSPJ i uniwersalności instrumentu od 1999 roku organizowane są koncerty w cyklu "Kirchenmusik Mariannhill".

W latach 2011-2012 organy zostały gruntownie odremontowane. Było to podyktowane gruntownym remontem kościoła w latach 2008-2011. Instrument rozebrano, gruntownie wyczyszczono. Wprowadzono kolejne niewielkie zmiany w dyspozycji. Pojawiły się dwa nowe głosy: Prinzipalbaß 32' oraz Kontraposaune 32'. Wymieniono także system Setzer. Prace przeprowadził Giovanni Crisostomo z Königheim. Obecnie instrument należy do najstarszych i najciekawszych na terenie Würzburga.

Skala manuałów: C-g³; skala pedału: C-f¹.