Pierwsza wzmianka dotycząca kwidzyńskiego instrumentarium pojawia się już w 1350 roku, kiedy wikariat katedry otrzymał nowego członka, mnicha Christianusa z Erfurtu, mistrza budowy organów. Christianus musiał działać bardzo aktywnie, ponieważ w 1364 roku w kwidzyńskiej katedrze pojawiły się już trzecie organy. Co zadziwiające, w tym okresie kościół znajdował się jeszcze w budowie. Wiadomo, że pierwszy, główny instrument stanął na tzw. wysokim chórze. Pozostałe znajdować się mogły w kaplicach cechowych. Kolejna znana wzmianka pochodzi z ok. 1395 r. i dotyczy bł. Doroty oraz jej pobytu w celi. Rzekomo lubiła ona przysłuchiwać się grze na organach, co pogłębiało jej modlitewne skupienie. Daje to twardy grunt pod stwierdzenie, że jeden z instrumentów musiał znajdować się w pobliżu celi. Niestety brak dokładniejszych informacji dotyczących średniowiecznych organów w tym miejscu. Nie ma też pewności, że wszystkie te instrumenty zbudował mnich Christianus. Być może później liczba instrumentów uległa powiększeniu. Kolejna informacja o istnieniu organów pochodzi z roku 1512 i ma związek z wielkim mistrzem Albrechtem von Hohenzollernem. Nie podaje ona jednak żadnych szczegółów na temat kwidzyńskich instrumentów.

Po przejściu biskupa Erharda von Queisa na protestantyzm katedra kwidzyńska stała się zwykłym kościołem luterańskim, z którego korzystali Niemcy, Polacy i przez pewien okres Bracia Czescy. W roku 1597 rozpoczęta została budowa nowego, o wiele większego i bardziej reprezentacyjnego instrumentu przez organmistrza Joachima Zickermanna z Kamienia Pomorskiego. Jego budowa miała trwać kilka lat. Z czasem zarząd kościoła zlecił dokończenie prac innemu znanemu organmistrzowi, Johannowi Hellwigowi ze Schleswigu, znanego z realizacji instrumentów w kościele św. Katarzyny w Gdańsku czy kościele Mariackim w Toruniu. Hellwich ukończył prace w 1609 roku. Organy posiadały dwie sekcje manuałowe: Hauptwerk oraz Rückpositiv oraz sekcję pedałową. Instrument znajdował się w dzisiejszym prezbiterium kościoła (dawnym Kościele Polskim), nad dzisiejszym ołtarzem głównym.

Pierwszą większą reperację przeprowadził w 1630 roku pochodzący z Gdańska organmistrz Johannes Krüger. Kolejną, między 1673 a 1674 rokiem, zlecono organmistrzowi Johannowi Georgowi Wolffowi. Prace kosztować miały gminę ewangelicką 326 marek i 3 szylingi. 

Kolejne gruntowne prace przy kwidzyńskim instrumencie przeprowadził w 1724 roku Johann Josue Mosengel z Królewca. Organmistrz gruntownie wyremontował cały instrument, w którym m.in. wymienił wiatrownice, zbudował nową trakturę oraz wstawił 7 nowych głosów. Odtąd organy liczyły 38 głosów i nadal należały do jednych z największych organów w Prusach (z pominięciem Gdańska i Królewca). Instrument zasilało 8 miechów klinowych, z których 5 należało do dwóch sekcji manuałowych, a trzy do sekcji pedału (posiadającego największe piszczałki). Ponadto organy miały mechanizm Cimbelstern. Ciekawostką było znajdujące się pod organami pewnego rodzaju „epitafium” – drewniane popiersie, na którym, obok podania pierwszego budowniczego organów – Johanna Zickermanna, krótkiego rymowanego opisu budowy organów, znajdował się również na środku herb miasta Kwidzyna, po prawej stronie przedstawienie niezidentyfikowanego wysoce postawionego przedstawiciela duchowieństwa, a po lewej Judyty trzymającej w prawej ręce miecz, a w lewej głowę Holofernesa. Ponad herbem Kwidzyna znajdował się herb Prus Książęcych, a po jego bokach apokaliptyczny siedmioramienny świecznik oraz obraz łodzi Chrystusowej. Pod książęcym herbem widniała inskrypcja: Precamini pacem Jerusalem. Psalm CXXII (Proście o pokój dla Jeruzalem – Ps 122,6). A nad herbem Kwidzyna: Bonum est psallere deo nostro; jucunda haec decoraque laudatio. Psalm CXLVII (Dobrze jest śpiewać psalmy Bogu naszemu; słodko jest Go wysławiać – Ps 147,1). Późniejsze losy organów pozostają bliżej nieznane. Wiadomo jedynie, że w 1772 roku reperowane były miechy oraz wiatrownice, za co zapłacono dwa talary.

W 1807 roku, podczas okupacji francuskiej, świątynię zamieniono na magazyn oraz salę ćwiczeń musztry. Po tym, kościół został prowizorycznie wyremontowany. Najprawdopodobniej wtedy wielkie organy zostały zdewastowane i potem odbudowane, ale w niepełnej formie. W związku z pogarszającym się stanem kościoła w latach 1862–1864 przeprowadzono gruntowną renowację świątyni. Stare, wysłużone i przestarzałe technicznie barokowe organy w najmniejszym stopniu nie pasowały do zregotyzowanego wnętrza. Specjalnie dla nowych organów po zachodniej stronie kościoła wzniesiono nową neogotycką emporę organową. Spośród zapewne kilku ofert znanych warsztatów organmistrzowskich wybrano kosztorys młodego jeszcze Wilhelma Sauera z Frankfurtu nad Odrą. Dzieło kwidzyńskie, jako opus 94, było, obok organów w Bernau pod Berlinem, pierwszym tak dużym zleceniem. Nowe organy, których koszt wyniósł 7400 talarów, miały 49 głosów na trzech sekcjach manuałowych (ręcznych) i jednej sekcji pedałowej. Dyspozycja prezentowała się następująco:

Manual-Coppel I
Manual-Coppel II
Pedal-Coppel

Calcantenglocke
Evacuant
Fußtritt zur Crescendo-Vorrichtung des Fernwerks

Za dostarczanie powietrza odpowiadało osiem miechów skrzyniowych znajdujących się po bokach szafy organowej. Obsługiwane były one przez dwóch kalikantów. Instrument miał kilka ciekawych nowinek technicznych. Po pierwsze, dużą nowością był wolnostojący stół gry ustawiony tyłem do szafy organowej, a przodem do ołtarza. Umieszczenie klawiatur i cięgieł rejestrowych było bardzo wygodne i zmiany głosów podczas gry nie sprawiały trudności. Drugą istotną nowością była tzw. maszyna pneumatyczna, znana na świecie jako dźwignia Barkera. Ten system Sauer poznał prawdopodobnie u Cavaillé-Colla bądź u Walckera, którzy stosowali go w większych organach. Maszyna pneumatyczna obsługiwała sekcję Hauptwerku, ponieważ przy połączeniu do niej innych sekcji manuałowych to ona była najcięższa w grze. Sekcja manuału III, tzw. Fernwerk, znajdowała się w szafie ekspresyjnej.

Pozytywnego odbioru instrumentu dokonał August Gottfried Ritter, słynny kompozytor oraz organista katedry w Magdeburgu. Solidność wykonania instrumentu podkreśla fakt, że aż do 1945 roku pozostał on pod każdym względem niezmieniony. Wiadomo, że po wybudowaniu, co najmniej od połowy lat 80. XIX wieku, organami opiekował się Eduard Wittek z Grudziądza, wykształcony w warsztacie innego sławnego organmistrza – Augusta Terletzkiego w Elblągu. W 1886 roku ówczesny organista katedry Carl Lessman na łamach prasy pochwalił nienaganne prace organmistrza, na które składały się bieżące naprawy, poprawki intonacyjne oraz strojenie organów.

W 1917 roku zarekwirowano wielkie piszczałki stojące w prospekcie organów. Przez kryzys powojenny taki stan trwał przez kilka lat. Pogarszająca się kondycja instrumentu oraz kościoła doprowadziły do sporządzenia planów renowacji wielu jego elementów. W 1928 roku organmistrz Gerhard Wittek z Elbląga przedłożył kosztorys przebudowy instrumentu. Organy miały zostać całkowicie zmodernizowane wraz z rozbudową empory, na której się znajdowały. Trakturę mechaniczną wraz z maszyną pneumatyczną zastąpić miał system całkowicie pneumatyczny, a wraz z tym pojawić się miał nowoczesny stół gry. Pewne zmiany miały zajść również w dyspozycji instrumentu. W wyniku kryzysu powojennego oraz tego z 1929 roku planów nie zrealizowano. Uzupełniono jedynie piszczałki prospektowe.

Katedra w 1945 roku nie została zniszczona, jednak sławne organy Sauera uległy całkowitej dewastacji. Armia radziecka oraz szabrownicy powykradali wszystko, co dało się zabrać. Ojcowie franciszkanie, którzy przejęli katedrę po działaniach wojennych, w styczniu 1958 roku przystąpili również do budowy nowego instrumentu. Przyjęto kosztorys firmy Fryderyka Szwarca z Gdańska. Projektowane organy z wykorzystaniem tego, co się dotychczas zachowało, nie miały uzyskać takiej formy jak przed 1945 rokiem. Pierwszy etap polegał na budowie 17-głosowego instrumentu z pneumatyczną trakturą przy wykorzystaniu zachowanych wiatrownic oraz innych części organów Sauera. Po pracach przygotowawczych Szwarca zastąpiła firma Zygmunta Pietrzaka z Włocławka. Podczas nich opracowano nową dyspozycję, a organy otrzymały nowy, pneumatyczny stół gry, wybudowany przez firmę Bronisława Komorowskego z Włocławka. Warsztat Pietrzaka, podobnie jak większość ówczesnych zakładów organmistrzowskich w Polsce, budował instrumenty z wielu różnych części uzyskanych z innych organów. Uroczystości poświęcenia ukończonego instrumentu po pierwszym etapie odbyły się w niedzielę 7 grudnia 1958 roku. Organy miały wtedy 20 głosów.

Mimo wykonanych prac instrument nadal pozostawał w większości niekompletny. Było to tym bardziej widoczne, ponieważ w prospekcie organowym brakowało największych piszczałek. Po kilkunastu latach wskutek niedostatecznego serwisowania wymagał on remontu. Jego potrzebę potęgował również fakt, że we wnętrzu instrumentu aktywne były drewnojady. W listopadzie 1973 roku rozpoczęły się kolejne prace przy organach, wykonywane przez firmę Józefa Adamczyka i Ryszarda Plenikowskiego z Kartuz. Tym razem Plenikowski wstawił wszystkie brakujące 32 piszczałki prospektowe, lecz wykonane z tańszego materiału, jakim był cynk. Odtąd dyspozycja obejmowała 28 rejestrów na dwóch sekcjach manuałowych i jednej pedałowej. Brakowało sekcji manuału III, większości sekcji pedału oraz pojedynczych głosów w pozostałych sekcjach. Niektóre części sprowadzono z RFN. Pomijając drobne mankamenty, prace organmistrzowskie uznano za udane. Rozbudowany instrument został poświęcony 12 maja 1974 roku. Mimo, że organy były nadal niekompletne, od 1983 roku w kościele zinaugurowano festiwal organowy Elbląg-Kwidzyn-Stegna, jednak po kilku edycjach Kwidzyn został usunięty, a zastąpiła go katedra we Fromborku. W latach 90. prace przy organach wykonywał Andrzej Kowalewski z Braniewa. Po 2000 roku odbyło się kilka edycji Powiślańskich Koncertów Organowych, podczas których organy serwisował organmistrz Tomasz Szałajda ze Starogardu Gdańskiego. Ostatecznie stan instrumentu, ogrom prac do wykonania oraz inne istotne czynniki doprowadziły do tego, że i te inicjatywy upadły.

Istniejące w takim stanie organy, będące de facto zlepkiem części różnej proweniencji i pochodzenia dają ujmę tak ważnemu kościołowi. W 2011 roku wobec kiepskiego stanu technicznego powstała idea rekonstrukcji organów Sauera z powtórnym wykorzystaniem oryginalnych elementów. Pomysł z racji olbrzymich nakładów finansowych nie został zrealizowany. Kolejny raz inicjatywa podniesiona została w 2014 roku z okazji 150-rocznicy zbudowania organów Sauera. W działania na rzecz odbudowy zaangażował się prof. Oskar Gottlieb Blarr z Düsseldorfu oraz ówczesny kierownik Zamku w Kwidzynie Janusz Cygański. Działania prof. Blarra doprowadziły w 2016 roku do gruntownej reperacji obecnego instrumentu. Prace wykonała założona w 2000 roku firma W. Sauer Orgelbau, pretendująca do bycia kontynuatorem prawdziwego warsztatu Wilhelma Sauera. Poza reperacjami i poprawą intonacji wymienione zostały piszczałki w jednym z pól prospektu. W ciągu kolejnych lat organizowano zbiórkę funduszy na kolejne etapy. W latach 2022–2023 wspomniana firma W. Sauer Orgelbau przeprowadziła renowację dolnej wiatrownicy sekcji pedałowej, wstawiła nowy puzon 16' do sekcji pedału oraz przywróciła głos Untersatz 32', którego zachowane piszczałki bez dekli od 1958 roku funkcjonowały jako Pryncypałbas 16'.

Kolejne działania na rzecz rekonstrukcji stanu z 1864 roku wymagają szeroko zakrojonych prac badawczych w celu opracowania całego projektu rekonstrukcji. Dodatkowo planowana jest całkowita renowacja kościoła katedralnego, co też wydłuża perspektywę projektu organowego. Daje to czas na prace badawcze i projektowe oraz zebranie środków. W obecnym stanie instrument spełnia swoją funkcję, lecz wymaga skrupulatnej pielęgnacji. Największym problemem są drewnojady.

Skala manuałów: C–f³; skala pedału: C–d¹.