Statuty generalne franciszkanów-reformatów z 1643 r. zabraniały instalowania organów w kościołach klasztornych, nawet pod karą ekskomuniki. Ten surowy zakaz nie był jednak ściśle przestrzegany.

Kościół św. Kazimierza Królewicza wzniesiono w latach 1666-1672. Pierwsza wzmianka o miejscowym instrumencie pochodzi z 1821 r. i dotyczy pozytywu szkatulnego zbudowanego w nieznanym czasie. W 1851 r. krakowski organmistrz Antoni Sapalski wykonał nowe, 8-głosowe organy, sprawione staraniem ówczesnego gwardiana, o. Mansweta Aulicha. W 1867 r. instrument został powiększony o 1 głos przez Ignacego Wojciechowskiego z Krakowa. Z kolei na przełomie lat 1872-1873 A. Sapalski przeprowadził naprawę organów, które następnie były strojone w 1883 r.

Nowy, 12-głosowy instrument systemu multiplex zamówiony został we wrześniu 1898 r. Dostarczono go i zamontowano na początku roku następnego. Budowniczym była firma Gebrüder Rieger z Jägerndorf. Organy miały pierwotnie jeden manuał i pedał. Według kosztorysu z 1898 r. ich dyspozycja miała przedstawiać się następująco:

W 1907 r. krakowska firma Aleksandra i Kazimierza Żebrowskich dobudowała pięciogłosową sekcję manuału II, a następnie (na początku 1910 r.) zainstalowała dmuchawę elektryczną. Marzec 1918 r. wiąże się z zarekwirowaniem piszczałek prospektowych na cele wojenne.

Przebudowa organów miała miejsce w 1926 r., kiedy firma Rieger wymieniła trakturę mechaniczną na system pneumatyczny, podłączyła nową dmuchawę elektryczną oraz wymieniła głos Mixtur 4 fach na Pikkolo 2’. Później instrument był naprawiany w latach: 1934 i 1953. Z kolei w 1976 r. remont organów przeprowadzili Władysław Cepuch i Józef Mamel, którzy w roku następnym dobudowali głos Mixtura 3x na dodatkowej wiatrownicy pomiędzy szafami organowymi (pod oknem witrażowym). Piszczałki nowego głosu wykonał zakład Jana Chacińskiego z Kobyłki.

Instrument 18-głosowy (systemu multiplex), o trakturze pneumatycznej i wiatrownicach stożkowych, z wolnostojącym stołem gry o dwóch manuałach (C-f³) i pedale (C-d¹).

Rozszerzenia głosów: 

• Bourdon 16’ – rozszerzenie Fletu major 8’,
• Dolce 4’ – rozszerzenie Salicjonału 8’,
• Oktawa 4’ – rozszerzenie Pryncypału 8’.

Prospekt organowy architektoniczny, eklektyczny, jednosekcyjny, dwuczęściowy.

Warto wspomnieć, że kaplica Pana Jezusa Miłosiernego, istniejąca na korytarzu klasztornym przy prezbiterium kościoła, była wyposażona niewielkie organy (zapewne pozytyw) zbudowane po 1821 r., a po raz pierwszy wzmiankowane w 1858 r. Instrument ten był naprawiany w 1867 r. przez I. Wojciechowskiego. Późniejsze losy obiektu nie są znane.