Pierwsza wzmianka o organach w Starej Wsi pochodzi z 1674 r. Wówczas zapłacono organmistrzowi z Krościenka sumę 85 złotych polskich. W 1677 r. kościół dysponował pozytywem. W 1681 r. zbudowano i pomalowano szafę organową. W 1685 r. miejscowy organista naprawił Tympan za 7 złp. Następne naprawy miały miejsce w latach: 1686, 1709, oraz 1797, przy czym większość z nich wykonali organiści. Dokładniej instrument został opisany w inwentarzu z 1821 r.: Przed skasowaniem Paulińskiego klasztoru został ten pozytywek z bywszej [nieczytelne] kaplicy S. Maryi do kościoła przed upłynieniem 80 lat przeniesiony, pozytywek jest popsuty, składa się z 9 odmian [głosów], ma zupełną oktawę z 48 klawiszami bez Pedałów.

W latach 30. XIX w. jezuici starali się w gubernium lwowskim o pozyskanie pieniędzy na rozbudowę kolegium oraz odnowę kościoła, a także organów. Starania chyba nie odniosły skutku, skoro zakonnicy musieli przeprowadzić remont organów własnym sumptem. Kolejną reperację wykonał w październiku 1843 r. organmistrz z Węgier. W 1859 r. rektor kolegium o. Andrzej Peterek samodzielnie częściowo naprawił pozytyw, po czym za zebrane fundusze zlecił rozbudowę instrumentu. W ciągu roku dobudowano manuał II i pedał oraz przerobiono szafę organową.

Gdy rektorem był o. Henryk Jackowski, na rok przed koronacją obrazu Matki Bożej Starowiejskiej zatrudniono do remontu organów Stanisława Janika, organmistrza z Krosna, który ze współpracownikami od 7 sierpnia do 15 września 1876 r. wykonał tę pracę za 600 złotych reńskich. 3 lipca 1886 r. w budynku folwarcznym wybuchł pożar, który rozprzestrzenił się na dach kościoła. Część cenniejszych przedmiotów, w tym największe piszczałki organów, udało się wynieść z kościoła. Organy nie ucierpiały w pożarze, ale w 1889 r. były już zbyt zużyte, aby można było je używać podczas nabożeństw. Ówczesny proboszcz parafii o. Skalski sprowadził do Starej Wsi przedstawiciela firmy Rieger, który miał zbadać ich przydatność do remontu. Tenże po przybyciu 9 lipca orzekł konieczność budowy nowych organów. Tak też zdecydowano i 10 września stolarze rozebrali stary instrument, aby zrobić miejsce dla nowych, 18-głosowych organów zamówionych w firmie Rieger za cenę 3000 florenów. Już 9 listopada dojechały one koleją do odległej o ok. 30 km stacji w Iwoniczu, skąd przewieziono je na 10 wozach do Starej Wsi. Dwa dni później rozpoczął się montaż instrumentu, który trwał zaledwie cztery dni. Organy pierwszy raz zabrzmiały 16 listopada podczas porannej mszy świętej. Zostały poświęcone w święto św. Stanisława Kostki przez o. Skalskiego. Instrument oznaczono numerem opus 256. Miał 18 głosów (w tym 10 realnych i 8 ekstensji), dwa manuały i pedał, trakturę mechaniczną i wiatrownice stożkowe. Dyspozycja była następująca:

¹) ekstensja głosu Bourdon 16'
²) ekstensja głosu Principal 8'
³) ekstensja głosu Gamba 8'
⁴) ekstensja głosu Mixtur 3 fach
⁵) ekstensja głosu Geigenprincipal 8'
⁶) ekstensja głosu Salicional 8'
⁷) ekstensja głosu Subbass 16'
⁸) ekstensja głosu Violon 16'

Połączenia: Manual Coppel, Pedal Coppel
Urządzenie dodatkowe: Crescendo
Stałe kombinacje: Forte I Man, Forte II Man, Mezzo Forte

Nowe organy były początkowo bardzo awaryjne. Już w październiku 1890 r. naprawiał je pracownik firmy Rieger. Między 1892 a 1905 r. instrument był reperowany aż siedmiokrotnie! 21 sierpnia 1907 r. organy zostały oczyszczone i nastrojone, następnie w grudniu 1911 r. stroił je pracownik firmy Rieger z Jägerndorf. W czasie I wojny światowej 1 marca 1918 r. piszczałki (głównie prospektowe) zabrało wojsko austriackie. Prawdopodonie część ich uzupełnił Wojciech Ryczaj we wrześniu 1924 roku podczas naprawy organów, której koszt wyniósł 125 zł. W 1928 roku ten sam organmistrz wraz z miejscowym organistą oczyścił i naprawił organy za sumę 200 złp.

27 października 1936 r. generalny remont mocno zniszczonych organów rozpoczął Bronisław Markiewicz ze Lwowa. Przy tej pracy pomagał miejscowy kościelny wraz z organistą. Po kilku dniach można już było grać na instrumencie, lecz remont trwał jeszcze z przerwą zimową do końca kwietnia 1937 roku. Następne strojenie odbyło się dopiero w 1950 r. Wtedy też elektomonterzy z Rybnika zainstalowali dmuchawę elektryczną.

Na początku lat 70. instrument notorycznie odmawiał posłuszeństwa. Był całkowicie wyeksploatowany, wiatrownice i kloce były zniszczone przez drewnojady, a uszkodzone części traktury często uniemożliwiały grę. W 1975 r. zdecydowano się na rozpoczęcie budowy nowych organów, którą powierzono wrocławskiemu organmistrzowi Józefowi Cynarowi. Sporządził on projekt prospektu oraz 46-głosowej dyspozycji. Budowę rozpoczęto w lipcu tegoż roku od wykonania żelbetowej konstrukcji nośnej organów. Po jej ukończeniu miała miejsce pięcioletnia przerwa w budowie, co spowodowane było równoczesnym podjęciem się przez organmistrza wielu prac w innych kościołach. W kwietniu 1980 r. wreszcie wznowiono budowę dzięki naciskom prowincjała o. E. Ożoga, rektora kolegium i dwóch innych zakonników, którzy spotkali się z Cynarem na początku lutego przy okazji poświęcenia organów w jezuickim kościele św. Ignacego Loyoli we Wrocławiu, również wykonanych przez Cynara. 11 lutego organmistrz przywiózł do Starej Wsi plan szafy organowej, którą miał wykonać stolarz kolegium br. Ludwik Pacułt przy pomocy innego miejscowego stolarza. Po 10 kwietnia przystąpiono do poszerzenia konstrukcji nośnej, w czym brał udział spawacz S. Wójtowicz wspólnie z br. Pacułtem. Po zakończeniu tych prac tenże wraz z E. Zawadzkim przystąpił do robót stolarskich. które w październiku 1981 r. były zaawansowane w 60%. Do tego czasu została wykonana zasadnicza część prospektu, a wszystkie prace stolarskie miały się zakończyć wiosną 1982 r.

Również w październiku 1981 r. Henryk Cipora rozpoczął prace rzeźbiarskie nad ornamentami prospektu, które trwały z przerwami dwa lata. Malowania i złocenia prospektu dokonał złotnik Władysław Florek z Nowego Sącza. W 1983 r. Józef Cynar dostarczył do kościoła miechy i większość piszczałek drewnianych. W 1984 r. ukończono dekorację rzeźbiarską i snycerską prospektu. W 1985 r. Cynar był w Starej Wsi dwukrotnie: przez jeden dzień 8 lutego, następnie dopiero 17 czerwca w celu wyboru piszczałek ze starych organów nadających się do wykorzystania w nowym instrumencie. W tym miejscu należy wspomnieć, że prospekt z organów Riegera został przez Cynara wykorzystany przy budowie organów w kaplicy przy kościele NMP Królowej Polski w Głogowie. horganach. Kolejny raz organmistrz zjawił się w Starej Wsi już 11 lutego 1986 r., gdyż z powodu przeciągania prac grożono mu procesem sądowym. Od tego czasu prace toczyły się już sprawniej, aż w końcu od 1 lipca zaczęto na organach grać podczas nabożeństw.

W listopadzie 1987 r. rektor kolegium o. F. Młynarczyk negocjował z organmistrzem cenę dalszej budowy instrumentu, którą jego przełożeni chcieli ograniczyć ze względu na koszty. Pół roku później, 4 lipca 1988 r. Cynar przywiózł do Starej Wsi resztę materiałów potrzebnych do ukończenia zakładanego etapu budowy. 14 lipca w prospekcie pojawiły się wszystkie piszczałki. Organy miały wówczas 20 głosów, a na początku sierpnia 1989 r. przybyło ich jeszcze 7. W uroczystość Wniebowzięcia NMP bp Ignacy Tokarczuk pobłogosławił instrument.

Po 14 latach zakończono prace przy budowie organów, lecz nie zrealizowano w pełni pierwotnego planu. Instrument miał liczyć 46 głosów, lecz zbudowano ich zaledwie 27. W manuale II wstawiono 7 z 14 zaplanowanych głosów, nie wybudowano także przewidzianej szafy ekspresyjnej. Sekcja manuału III w ogóle nie została zainstalowana. Dyspozycja organów była następująca:

Połączenia: I Super, II-I, II-I Super, II-I Sub, II Super, III-II, I-P, II-P, III-P, II-P Super
Urządzenia dodatkowe: Tremolo I, Tremolo II, Tremolo III, automat pedału, cztery wolne kombinacje, crescendo, żaluzja manuału II (brak), wyłącznik głosów językowych
Stałe kombinacje: Pleno, Tutti

W roku 2015 organmistrz Michał Klepacki dokonał gruntownej przebudowy instrumentu oraz romantyzacji dyspozycji. Zachował prospekt z organów J. Cynara i większość głosów. Stary stół gry został przeniesiony do Tucholi na Pomorzu, zaś w Starej Wsi zamontowano nowy. Całość zintonował Marek Gąsior. Obecnie instrument jest w stanie bardzo dobrym, konserwowany na bieżąco przez Michała Klepackiego i Andrzeja Sutowicza.