Powojenne organmistrzostwo polskie znajdowało się w trudnym położeniu. Zmiany ustrojowe uniemożliwiały współpracę i kontakt z krajami Europy Zachodniej, co skutkowało pogłębiającym się zapóźnieniem. Również idee Orgelbewegung znajdowały w naszym kraju niewielki oddźwięk. Wciąż powstawały przede wszystkim instrumenty z wiatrownicami stożkowymi, o trakturze pneumatycznej lub elektropneumatycznej. Do ich budowy wykorzystywano materiały o charakterze wybitnie zastępczym, takie jak sklejka czy blacha cynkowa. Osobnym rozdziałem w historii polskiego budownictwa organowego po II wojnie światowej jest proceder pozyskiwania i wywożenia organów z tak zwanych Ziem Odzyskanych. Trzeba podkreślić, w dziejach instrumentarium Filharmonii Krakowskiej, niczym w zwierciadle, odbijają się wszystkie elementy powyższej charakterystyki.

Po wojnie Filharmonia weszła w posiadanie małych 11-głosowych pneumatycznych organów wybudowanych przez firmę Berschdorf z Nysy. Według niepotwierdzonych informacji, przywieziono je do Krakowa z miejscowości Paczków na Dolnym Śląsku za pośrednictwem Ministerstwa Kultury. Ze względu na swoje rozmiary i skromną dyspozycję instrument okazał się mało przydatny do działalności koncertowej. W zaistniałej sytuacji władze Filharmonii podjęły starania o wyposażenie budynku w organy odpowiedniej wielkości. Powstały one w latach 1950–1951, a ich wykonawcą była krakowska firma Wacława Biernackiego, której siedziba mieściła się przy ul. Franciszkańskiej 4, a więc dosłownie kilkadziesiąt metrów od gmachu Filharmonii. Nowy instrument o trakturze elektropneumatycznej miał 30 głosów oraz dwa manuały i pedał. Wyposażony był w wolnostojący ruchomy stół gry.

Warto wspomnieć, że firma Biernackiego przejęła organy Berschdorfa, sprzedając je później parafii św. Anny w miejscowości Ząb na Podhalu, gdzie znajdują się do dziś.

Zgodnie z przyjętymi założeniami, instrument Biernackiego miał być w przyszłości rozbudowany do 60 głosów rozdzielonych pomiędzy trzy manuały i pedał. Chociaż w 1961 r. miał miejsce odbiór nowego, 3-manuałowego stołu gry, to jednak organy nie były wtedy kompletne. Brakowało części głosów językowych, które mogły zostać uzupełnione po 1974 r. W tym miejscu należy podkreślić, że projekt dyspozycji (tak w wersji 30-, jak i 60-głosowej) opracowali dwaj zasłużeni profesorowie Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Krakowie: Józef Chwedczuk i Bronisław Rutkowski. Zrealizowana dyspozycja, jakkolwiek nieco odmienna (zwłaszcza w fazie rozbudowy), nawiązywała do koncepcji obu profesorów.

DYSPOZYCJA ORGANÓW FIRMY W. BIERNACKIEGO (stan z 1974 r.):

Połączenia: II-I, III-I, III-II, I-P, II-P, III-P
Tremulanty manuałów II i III

Mimo wysiłku i zaangażowania wielu osób instrument nie należał do najbardziej udanych, a to ze względu chociażby na niską jakość materiałów, z których był wykonany. Nic zatem dziwnego, że pod koniec lat 70. władze Filharmonii nosiły się z myślą zastąpienia go dziełem wyższej jakości. I tak w 1978 r. przestarzałe organy firmy Biernackiego sprzedano do kościoła Najświętszego Serca Pana Jezusa w Nowym Targu, gdzie funkcjonują do dziś (zmontowane przez firmę Stanisława Ziai z Chmielnika), a na ich miejscu w gmachu Filharmonii powstał nowoczesny jak na owe czasy instrument firmy Schuke z Poczdamu, budowany w latach 1978-1982. Miał on 56 głosów, trzy manuały i pedał, mechaniczną trakturę gry i elektryczną trakturę rejestrów. Jego powstanie było jednym z pierwszych przejawów otwarcia budownictwa organowego w Polsce na wpływy zachodnie w latach siedemdziesiątych. Współprojektantem dyspozycji był prof. Jan Jargoń, kierownik Katedry Organów Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Krakowie.

DYSPOZYCJA ORGANÓW FIRMY SCHUKE:

Połączenia: II-I, III-I, III-II, I-P, II-P, III-P
Tremulanty manuałów II i III 
Setzer-Kombination
Organo Pleno
Wyłączniki (zbiorowy i indywidualne) głosów językowych

Niestety, melomanom nie było dane długo cieszyć się nowymi organami. Spłonęły one w 1991 r. podczas pożaru gmachu Filharmonii. Echem pamiętnego pożaru jest umieszczona w holu Filharmonii rzeźba Nike autorstwa Mariana Gołogórskiego, który wkomponował w nią częściowo stopione piszczałki ze spalonego instrumentu.

Niedługo po tragicznym wydarzeniu rozpoczęto rozmowy w sprawie wybudowania nowych organów. Ostatecznie zadanie to zlecono firmie Johannes Klais Orgelbau z Bonn, która oficjalne zamówienie przyjęła w 1992 r., a w 1996 r. ukończyła budowę obecnego instrumentu o 50 głosach, 3 manuałach i pedale, mechanicznej trakturze gry oraz elektrycznej trakturze rejestrów. Również tym razem w projektowaniu dyspozycji brał udział prof. Jan Jargoń.

W 2020 r. organy zostały wyczyszczone przez firmę SLJ Budowa Organów, która wymieniła też skóry na miechach. W 2022 r. zainstalowano nowy setzer na 1000 kombinacji wykonany przez Jana Drozdowicza z Poznania, likwidując jednocześnie wyłączniki mikstur i głosów językowych. Od 2022 r. organami opiekuje się Konrad Dybczak. Rozpoczął on proces wymiany reszty skór w organach; obecnie ukończono ją w piszczałkach drewnianych, a w przyszłości będzie wykonana na klapach. Instrument wymaga dalszej renowacji (m.in. wymiany uszczelniaczy na klocach) i reintonacji z racji zmiany akustyki sali koncertowej.

Skala manuałów: C–a³; skala pedału: C–g¹.