Pod koniec wieku XIX niewielki, prowincjonalny Olsztyn zaczął się szybko rozwijać. W 1905 roku stał się stolicą nowo powstałej rejencji. Wraz z tym powiększał się olsztyński garnizon. W związku z tym, że pruskiemu garnizonowi powoli przestał wystarczać jedyny w mieście miejski kościół ewangelicki (ludność Olsztyna była w dużej części wyznania katolickiego), na początku XX wieku Ministerstwo Wojny państwa pruskiego rozpisało konkurs na projekt nowego garnizonowego kościoła ewangelickiego. Konkurs wygrał architekt Ludwig Dihm z Berlina. Kamień węgielny podłożono 4 maja 1913 roku. Budowa wydłużana wybuchem I wojny światowej została zakończona w 1915 roku. Jest to świątynia neogotycka, która przez przemyślane skromne zewnętrzne dekoracje architektoniczne daje wrażenie, że jest to obiekt średniowieczny. Wnętrze ukształtowane jest jako trzynawowe z wydzielonym transeptem oraz prezbiterium.

W komitecie budowy kościoła czołową postacią był kierownik rady intendentów, organista Schmidt. Niestety, według projektu nowego kościoła organy miały się znajdować w głębokiej niszy pod wieżą, co powodowałoby stłumienie ich brzmienia. Po długich dyskusjach nad niszą, ustalono, że nada się jej stosowne wymiary tak, że możliwe będzie zbudowanie instrumentu bez żadnych prowizorycznych rozwiązań. Gwarantowało to wolne rozprzestrzenianie się dźwięku po przestrzeni kościoła. Jednak w ostatecznym zatwierdzonym kosztorysie od Ministerstwa Wojny ustanowiona była bardzo niewielka suma na organy, której pod żadnymi okolicznościami nie wolno było przekroczyć. Przy projektowaniu dyspozycji musiano uwzględnić wiele różnych postulatów, takich jak szablony dyspozycji po starym berlińskim superrewizorze (nieznanym z nazwiska), nowe i cenione rozwiązania berlińskiego organisty i kompozytora Otto Dienela oraz nowoczesne postulaty tzw. reformy alzackiej. Do tego chciano uwzględnić prywatne upodobania komisji. Tym samym musiano stworzyć kompromisową dyspozycję, w której starano się uniknąć typowego schematu i którą można było zamknąć przy zaspokojeniu różnorodnych prądów.

Finalnie stworzono koncepcję o 43 głosach. Był to ogólny wynik uwzględnionych poszczególnych życzeń. Gdyby jednak kwota na organy przeznaczona przez Ministerstwo Wojny była o kilka tysięcy marek większa, to w manuale I pojawiłby się jeszcze głos Dolce 8’. Sekcja manuału II, która w zamierzeniu projektantów miała posiadać szczególnie jasny charakter Rückpositivu, miała posiadać dodatkowo Cymbel. W manuale III pieniędzy zabrakło na Scharff 5 fach oraz baterię głosów językowych. W sekcji pedału planowano jeszcze głos Harmonikabass 16’. Ponadto wszystkie głosy transmitowane miały być realne. Również rejestry poboczne byłyby jeszcze bardziej ekstrawaganckie.

Rozpisano konkurs na budowę instrumentu, na który dotarło sześć ofert różnych znanych zakładów organmistrzowskich z centralnych i wschodnich Niemiec. Przyniosło to dość niespodziewany wynik, mianowicie jedna z firm obiecała zbudować organy za bardzo niską cenę 12 tysięcy marek (łącznie z szafą), co daje oszałamiająco małą kwotę 315 marek za rejestr. W trosce o reputację niemieckiej sztuki organmistrzowskiej jak i wojskowego zarządu, który za taką cenę nie mógłby liczyć na solidny instrument, od razu odstąpiono od tej oferty, zwłaszcza że zarząd wojskowy w tym przypadku nie był tak jak zwykle zobowiązany do wyboru najtańszego kosztorysu. Wybrano ofertę firmy A. Terletzki Inh. Ed. Wittek z Elbląga. Organy miały zostać ukończone do święta reformacji 1914 roku, kiedy to na planowanej inauguracji wykonane miało być wielkie preludium J. S. Bacha przez przewodniczącego komisji Schmitza, ale wybuch I wojny światowej zniweczył te plany i z powodu przeróżnych okoliczności dopiero w marcu 1915 roku organy były ostatecznie gotowe. Innym problemem był fakt, że w chwili ukończenia organów wnętrze kościoła było jeszcze nieukończone. Dopiero w maju 1915 r. nastąpiło otwarcie kościoła i oficjalna inauguracja nowego instrumentu.

Organy kościoła garnizonowego były dziełem bardzo udanym. Wittek oznaczył je numerem opus 463. Instrument miadał 43 głosy (37 realnych i 6 transmisji), w 4 sekcjach brzmieniowych. Wszechstronna dyspozycja będąca wynikiem różnych wzorców i zasad stwarzała prawdziwie wielkie i szerokie możliwości. Była to koncepcja brzmieniowa utrzymana w stylistyce późnego niemieckiego romantyzmu z niewielkim uwzględnieniem postanowień reformy alzackiej, która wykraczała poza lokalny schemat budowania dyspozycji lokalnych firm organmistrzowskich. I tak manuałowi II próbowano nadać formę Rückpositivu (w ówczesnym pojmowaniu estetyki romantycznej), a sekcja Echowerku otrzymała głosy z wyższym stopażem niż 4’ oraz alikwot, co w instrumentach budowanych na początku XX wieku w Prusach nie zdarzało się praktycznie w ogóle. Mimo to, rozwiązania firmy Eduarda Witteka w dyspozycji tego instrumentu są silnie widoczne, tj. w dyspozycji pojawiają się sztandarowe głosy tej firmy, takie jak Konzertflöte 8’ (zwykle pojawiający się w głównym bądź II manuale, tu w Echowerku) czy Aeolina 8’ (manuał III). Baza pryncypałowa w sekcji głównej rozpoczyna się na Pryncypale 16’. Ciekawostką jest głos Rauschquinte, który jest transmisją głównej mikstury. Organy miały 4 głosy językowe: dwa o konstrukcji odbijającej oraz dwa przelotowe. Obszerne wnętrze instrumentu dzieli się na trzy kondygnacje: na pierwszej, na dwóch wiatrownicach znajdują się głosy sekcji pedału. Za nimi znajdują się dwa wielkie oraz jeden mniejszy miech magazynowy zasilane dużą dmuchawą elektryczną, znajdującą się w obrębie szafy organowej przy miechach. Bezpośrednio przy miechach znajdują się dwa stanowiska dla kalikantów (obecnie niesprawne). Na drugiej kondygnacji znajduje się sekcja manuału I, a za nią wiatrownica manuału II. Na trzeciej, najwyższej kondygnacji instrumentu znajduje się szafa Echowerku. Wszystkie wiatrownice są typu stożkowego. Wolnostojący stół gry ustawiony jest w pewnej odległości przodem do instrumentu. Do budowy piszczałek użyte zostało drewno iglaste, metal organowy oraz cynk. Są to również jedne z pierwszych organów, w których udział tego ostatniego materiału jest większy, niż miało to miejsce w okresie wcześniejszym. Od chwili powstania instrument Eduarda Witteka przez swoją wszechstronność, mistrzowskie wykonanie oraz wirtuozowską intonację cieszył się dobrą sławą wśród organistów oraz uznawany był za jeden z najlepszych instrumentów na terenie prowincji Prusy Wschodnie.

W 1945 roku, podczas zdobywania miasta Olsztyna, kościół garnizonowy, jak inne obiekty sakralne tego miasta nie uległy zniszczeniu. Mimo to, świątynia pozostająca przez okres kilku miesięcy porzucona była łatwym łupem dla szabrowników. W tym też okresie instrument został zdewastowany. Sekcja manuału II, będąca najłatwiej dostępna, została pozbawiona prawie wszystkich metalowych piszczałek. W 1955 roku został przeprowadzony remont wraz z uzupełnieniem braków. Prace przeprowadził organmistrz Ludwik Saganowski z Poznania. Saganowski nie zrekonstruował w 100% pierwotnej koncepcji brzmieniowej. Jest to szczególnie widoczne w sekcji manuału II. Ostatni remont instrumentu, dokonany przez nieznanego organmistrza, miał miejsce po roku 2000. Prawdopodobnie wtedy zostały wykradzione językowe głosy Trompete 8’ oraz Oboe 8’.

Przeprowadzona w grudniu 2015 roku inwentaryzacja organów wykazała, że metalowe piszczałki instrumentu w około 1/4 są obcej proweniencji. Najwięcej braków z racji swojego położenia występuje w sekcji manuału II, gdzie w większości jedynymi zachowanymi piszczałkami są drewniane, występujące w części basowej skali. Najbardziej kompletna jest wiatrownica manuału III, do której dostęp jest utrudniony przez wysokie posadowienie tej sekcji (na wysokości 6-8 metrów od podłogi I poziomu) oraz niebezpieczne dojście. Obecnie zachowane są tylko dwa głosy językowe: Clarinette oraz Posaune.

Pod koniec 2013 roku zlikwidowana została parafia garnizonowa, a z dniem 1 stycznia 2014 r. kościół stał się cywilną świątynią parafialną. Stan organów można określić jako zły i wymagający kompleksowej renowacji wraz z rekonstrukcją wtórnych piszczałek. Potrzeba renowacji jest pilna, ponieważ tylna konstrukcja instrumentu opiera się na stelażu miechów, w którym widać działanie drewnojada. Pewnym krokiem była renowacja trzech dziurawych miechów instrumentu, przeprowadzona na przełomie 2016 i 2017 roku przez firmę organmistrzowską Tomasza Szałajdy z Wejherowa. Co ciekawe, traktura instrumentu z dość oddalonym od szafy organowej stołem gry mimo złego stanu reaguje bardzo szybko, w przeciwieństwie do innych będących w dobrym stanie pneumatycznych instrumentów w Olsztynie. Instrument wyróżnia również dość potężne brzmienie w bardzo dobrej akustyce kościoła.

Znaczenie organów podkreśla fakt, iż jest to jedyny zachowany trzymanuałowy instrument firmy Wittek.