Opactwo benedyktyńskie, sięgające swymi początkami XI w., dysponowało organami już w XV w., o czym świadczą wzmianki o miejscowych organistach. Na podstawie odnalezionych dotąd źródeł archiwalnych można przytoczyć szereg faktów z historii tynieckiego instrumentarium.

Na mocy umowy z maja 1640 r. organmistrz Błażej Frankowicz sprzedał benedyktynom pozytyw oraz zobowiązał się naprawić organy.

W 1673 r. powstał nowy instrument, zapewne ustawiony na chórze muzycznym w nawie głównej. W 1832 r. został on wywieziony do kościoła pw. Ducha Świętego w Nowym Sączu przez jezuitów, którzy w XIX w. tymczasowo mieli pieczę nad świątynią tyniecką. Około 1888 r. trafił do kościoła pw. św. Rocha w Nowym Sączu. Nie zachował się do naszych czasów.

W 1691 r. Jan Głowiński z Krakowa zbudował nowe organy dla świątyni benedyktyńskiej. Były one usytuowane na niewielkim balkonie w prezbiterium. Przetrwały, jakkolwiek uszkodzone przez pożar, aż do 1940 r., kiedy to uległy likwidacji.

Około 1835 r. na chórze muzycznym w nawie głównej umieszczono dziewięciogłosowy pozytyw przeniesiony ze zburzonego kościoła parafialnego pw. św. Andrzeja w Tyńcu. Instrument ten, zbudowany w 1781 r. przez Jakuba Stankiewicza z Zatora, był naprawiany w czerwcu 1946 r. przez Bartłomieja Ziemiańskiego ze Szczyrzyca. W czerwcu 1947 r. ten sam organmistrz przebudował organy i powiększył je o dwugłosową sekcję pedału. Później przeniesiono je do Maniów, a następnie do Czorsztyna, gdzie istnieją do dziś. Ich obecna dyspozycja jest następująca:

W Tyńcu idea budowy nowego instrumentu zrodziła się w 1955 r. W sierpniu tegoż roku Stanisław Żebrowski z Krakowa zobowiązał się wykonać organy, jednak umowa została zerwana. Pod koniec listopada 1956 r. zawarto nową umowę, tym razem z krakowską firmą Wacława Biernackiego. Konsultantem był prof. Józef Chwedczuk. Instrument miał liczyć 35 głosów, a kosztorys opiewał na prawie milion złotych. Prace trwały bez mała 20 lat. W czerwcu 1957 r. przywieziono i zainstalowano stół gry, uruchamiając pierwsze 10 głosów manuałowych. Przed Bożym Narodzeniem liczba głosów miała zostać powiększona do 18 (w tym kilka głosów pedałowych). Z kolei w 1959 r. organy dysponowały już 25 głosami. Brakowało dalszych 10. Część z nich miała być wstawiona w 1960 r. Ostatni głos uzupełniono dopiero w 1975 r. Dnia 1 czerwca tegoż roku instrument został uroczyście pobłogosławiony. 

W 2001 r. remont organów przeprowadziła firma Józefa Mamela. 

Instrument o trakturze elektropneumatycznej, z wolnostojącym stołem gry o trzech manuałach (C-a³) i pedale (C-f¹).