Kościół Świętego Krzyża został ufundowany w 1179 r. przez kanonika gnieźnieńskiego Przecława, który przekazał go pod opiekę bożogrobców. W kościele znalazł się łaskami słynący krzyż. Na początku XIX w. drewniany kościół groził zawaleniem, a w 1829 r. został przeznaczony do rozbiórki. W latach 1834-36 na jego miejscu, dzięki uporowi miejscowej ludności, wybudowano nową murowaną świątynię stojącą do dziś. W 1890 r. dobudowano do niej wieżę. 

Według dokumentów w drewnianym kościele nie było organów. Dopiero w murowanej świątyni postanowiono wybudować instrument, a prace te powierzono Franciszkowi Żukowskiemu starszemu. Trudno jednoznacznie okreslić moment powstania organów; według przekazów poświęcenie kościoła miało miejsce w 1835 r., więc być może instrument istniał już wtedy lub wybudowano go w późniejszym okresie. W komorze klapowej wiatrownicy znajduje się kartka zapisana ręką Kazimierza Urbańskiego, który w 1989 r. remontował instrument i prawdopodobnie usunął oryginalny wpis. Zapisał on, że organy powstały w 1873 r., jednak rok ten nie znajduje potwierdzenia w materiale źródłowym i samym instrumencie. W 1858 r. organy, co warto podkreślić – za darmo, gruntownie wyremontował Franciszek Żukowski młodszy. Według spisu majątku kościoła, który podczas zaborów był pod opieką parafii farnej, organy miały 8 rejestrów (ów ósmy rejestr stanowił Tympan). Na trzech tabliczkach rejestrowych znajdują się skróty M. oraz P. sugerujące przynależność do sekcji manuału bądź nieisniejącego w tym instrumencie pedału. Być może zostały one umieszczone wtórnie, choć ich wygląd nawiązuje do stylu stosowanego w Wielkopolsce w połowie XIX w. 

Prospekt organowy stanowi prawdopodobnie oryginalne wyposażenie świątyni. Pomimo wielu wątpliwości i rozbieżności w materiale źródłowym organy te są najstarszym instrumentem na terenie Gniezna.