Barokowy kościół klasztorny został wzniesiony w latach 1694-1702. W 1788 r. zainstalowano w nim używane organy przeniesione z kościoła św. Agnieszki na Stradomiu w związku z likwidacją tamtejszego klasztoru bernardynek. Instrument był zapewne identyczny z pozytywem sprawionym między 1670 r. a 1685 r. przez ówczesną przełożoną, s. Wiktorię Trzebieńską. W 1798 r. zakupiono nową ławkę dla organisty. Później, przeważnie co kilka lat, instrument był doraźnie naprawiany (po raz pierwszy w 1799 r., po raz ostatni w 1841 r.).

W latach 1855-1856 Antoni Sapalski z Krakowa zbudował nowe, 8-głosowe organy o 1 manuale i pedale.

Musiał to być instrument miernej jakości, skoro po niespełna półwieczu, w latach 1904-1905, powstały nowe organy, wybudowane przez Tomasza Falla ze Szczyrzyca. Według kosztorysu z 27 VIII 1904 r. ich dyspozycja miała przedstawiać się następująco:

Expresion
*) dźwięki drugiej oktawy transmitowane z pierwszej

W trakcie budowy organmistrz zmodyfikował dyspozycję i zrezygnował z transmisji w pedale na rzecz klawiatury nożnej o wąskim, 1-oktawowym zakresie. Organy, oddane do użytku 2 VI 1905 r., zostały pobłogosławione 11 VI tegoż roku.

Instrument był kilkakrotnie remontowany. W 1923 r. Stanisław Żebrowski z Krakowa przeprowadził czyszczenie i strojenie, a także wstawił nowe piszczałki prospektowe (zapewne w miejsce tych zarekwirowanych na cele wojenne) oraz zainstalował dmuchawę elektryczną. Po 10 latach, w 1933 r., organy zostały ponownie wyczyszczone i nastrojone, tym razem przez firmę Braci Rieger, która wykonała również konieczne naprawy. W tym samym roku naprawiono dmuchawę elektryczną. Z kolei w 1945 r. krakowski oddział firmy Wacława Biernackiego wymienił 2 sprężyny w klawiaturze pedałowej. Według opisów z lat: 1970 i 1982, miały wówczas następującą dyspozycję (później jeszcze modyfikowaną):

Expression pour

W 1994 r. Tomasz Nowak z Krakowa przeprowadził przegląd instrumentu. Wymienił on głos fletowy 8’ (wstawiony w nieznanym czasie) na kwintę 2 2/3’ (zgodnie z oryginalnym napisem przy kluczu rejestrowym). Nadto wyregulował klawiaturę, wyczyścił organy oraz zintonował je i nastroił.

W 2006 r. firma Jacka Siedlara z Modlnicy k. Krakowa zbudowała nowy instrument z wykorzystaniem dotychczasowej szafy organowej oraz części piszczałek. Powstał wówczas szereg nowych elementów: traktura, wiatrownice, miech, stół gry oraz piszczałki kilku głosów.

Instrument 12-głosowy, o trakturze mechanicznej i wiatrownicach klapowo-zasuwowych, z wbudowanym stołem gry o 2 manuałach (C-g³) i pedale (C-f¹).

Prospekt organowy eklektyczny z przewagą elementów neoklasycystycznych, jednosekcyjny, pięciopolowy.