Kościół św. Elżbiety jest jedną z dwóch średniowiecznych far Starego Miasta we Wrocławiu, należy więc do najstarszych świątyń tego miasta. Pierwotnie był to budynek romański. Swą obecną formę trójnawowej bazyliki w stylu gotyku redukcyjnego otrzymał w latach 1309–1387. Sądzić więc należy, że znane współczesnym badaczom informacje nie obejmują pierwszych organów, jakie znajdowały się w tym miejscu.

W 1458 lub 1460 roku instrument wybudował Stephan Kaschendorf. Były to organy niezwykle awaryjne i wrażliwe na warunki pogodowe, ale służyły farze elżbietańskiej przez ponad 150 lat.

W latach 1627–1630, na zlecenie parafii działającej już w duchu Reformacji, nowe organy wybudował Wilhelm Haupt, lokując je w «jaskółczym gnieździe» na ścianie północnej, w pobliżu kazalnicy. Dyspozycja tego instrumentu przedstawiała się następująco:

Organy te istniały niecałe 20 lat, w 1649 r. doszło bowiem do katastrofy budowlanej (być może właśnie przez zbytnie obciążenie filarów konstrukcją organów), w wyniku której zniszczeniu uległ fragment nawy wraz z instrumentem.

Po odbudowie kościoła, zakończonej w 1652 roku, od razu przystąpiono do prac mających na celu budowę nowych organów na skonstruowanej wówczas emporze zachodniej. Kontrakt na ich wykonanie podpisał 8 sierpnia jeszcze w tym samym roku wrocławski organmistrz Niklaus Kaßner (vel Kestner), nie podołał on jednak zadaniu. Od 1655 jako budowniczego instrumentu dokumenty wymieniają Christiana Crella (vel Crellia), który zakończył prace 1 sierpnia 1657 roku. Skala manuałów: CDEFFis–c³; skala pedału: CDEFGABHc–c¹. Dyspozycja organów prezentowała się następująco:

Był to niestety kolejny mocno awaryjny instrument. Prace naprawcze, prowadzone w roku 1712 przez Adama Horatiego Caspariniego, nie przyniosły zadowalających efektów, podjęto więc decyzję o budowie kolejnych organów.

W 1750 roku podpisano konktrakt z Michaelem Englerem młodszym. Nieszczęśliwie prace nie przebiegały sprawnie. Być może m.in. z powodu choroby organmistrza, który finalnie zmarł 15 stycznia 1759 lub 60, lub 61 roku. Budowę dokończył jego syn, Benjamin Gottlieb Engler, wraz ze swym szwagrem Carlem Gottliebem Zieglerem, a instrument został oddany we wrześniu 1761 roku i poświęcony 27 dnia tego samego miesiąca.

Organy otrzymały niezwykle bogaty prospekt, wzorowany na wcześniejszej Englerowskiej realizacji w kościele św. Mikołaja w Brzegu. W zasadzie były to bliźniacze opracowania architektoniczno-plastyczne, z tym że fronton brzeski był smuklejszy ze względu na wyższą wysokość tamtejszej nawy głównej.

Dyspozycja tych organów była tożsama z dyspozycją instrumentu współczesnego. Skala manuałów: C,D,Dis–c³; skala pedału: C,D,Dis–e¹.

Organy zostały znacznie uszkodzone w 1806 w wyniku ostrzału artyleryjskiego wojsk franuskich. Naprawa szkód została przeprowadzona w latach 1828–1830 przez Johanna Christiana Benjamina Müllera. W latach 1848–1851 remont generalny instrumentu przeprowadził Adolph Alexander Lummert. Dodano wówczas dźwięki Cis we wszystkich klawiaturach, a także łączniki manuałów do pedału. Zlikwidowano również głos Mixtur 6 Chor z pedału.

Od połowy XIX w. muzycy fary elżbietańskiej rozpoczęli działania na rzecz usunięcia z empory pozytywów, które przeszkadzały im w wykonawstwie muzyki chóralnej i wokalno-instrumentalnej. 16 maja 1867 r. podpisano umowę z Eduardem Hornem na prace, w wyniku których zdemontowano szafy Rückpositivów, uzupełniono balustradę o brakujące fragmenty, a samą sekcję I manuału zamontowano na najwyższej kondygnacji instrumentu, za Okiem Opatrzności w glorii.

W latach 1878–79 miała miejsce bardzo znacząca przebudowa instrumentu, dokonana przez świdnicką firmę Schlag & Söhne. Wszystkie wiatrownice zostały wymienione na stożkowe, a traktura gry sekcji manuałowych otrzymała wspomaganie dźwignią Barkera. Po zakończeniu prac organy dysponowały 61 głosami. Skala manuałów: C-f³; pedału: C-d¹.

Niestety stan instrumentu był nieustannie niezadowalający dla jego użytkowników, szczególnie w zakresie mechaniki traktury, a jego kondycja jeszcze bardziej pogorszyła się po wielkiej renowacji kościoła w latach 1891–92. Dlatego na początku XX w. parafia ewangelicka wystąpiła do trzech firm z prośbą o wycenę gruntownego remontu i przebudowy organów na trakturę pneumatyczną. Owymi trzema firmami były: świdnicka Schlag & Söhne, frankfurcka Sauer i wrocławska Wilhelm. Co ciekawe wybrano najdroższą ofertę pierwszej z nich. Prace zakończono w roku 1907. Dyspozycję rozszerzono do 71 głosów, a strój obniżono o 1/8 tonu, «do normalnego stroju ustalonego przez ministerstwo» (najprawdopodobniej chodzi o a'= 435 Hz). Skala manuałów: C-a³; pedału: C-f¹.

Prądy w budownictwie organowym mające swą genezę w Reformie Alzackiej, a później wynikające z Orgelbewegung, nie ominęły Wrocławia. Przeciwnie: organiści pracujący w największych wrocławskich kościołach byli gorącymi krzewicielami zmian, mających na celu – w ich mniemaniu – powrót do barokowych wzorców w budownictwie i wykonawstwie muzyki organowej.

Johannes Piersig, dyrektor muzyczny (niem. Kantor) i organista ewangelickiego kościoła św. Elżbiety, zaprojektował zupełnie nowy 91-głosowy instrument, który został zrealizowany w latach 1939–1941 przez firmę Sauer z Frankfurtu nad Odrą, jako jej opus 1627. Organy otrzymały wiatrownice klapowo-zasuwowe sterowane trakturą elektromagnetyczną. Całość szafy została przesunięta o pół przęsła w tył, co powoliło zwiększyć powierzchnię empory dostępną dla muzyków, a po jej bokach wybudować dwa potężne pozytywy z pryncypałem ośmiostopowym na froncie. Sauer do budowy swego instrumentu miał rzekomo wykorzystać historyczne piszczałki pochodzące z organów Englera, ale nie ma dowodów, że istotnie tak się stało.

To właśnie ten instrument przetrwał bez uszczerbku zakończenie II wojny światowej, był nazywany «Głosem Śląska», służył podczas niezliczonych koncertów – także tych w ramach Wratislavii Cantans – i dziś możemy go posłuchać na kilku nagraniach polskich organistów zarejestrowanych na płytach winylowych.

Spłonął doszczętnie 9 czerwca 1976 roku. Jego dyspozycja przedstawiała się następująco:

Odbudowę kościoła św. Elzbiety podjęto dopiero w 1981 roku, zakończono ją zaś w roku 1997. Świątynia po ponownym otwarciu dla wiernych i zwiedzających pozostawała bez instrumentu piszczałkowego. W 2004 roku rozpoczęła swoją działalność fundacja «Opus Organi», kierowana przez Bogdana Tabisza – ówczesnego miejscowego organistę – która ogłosiła plan odbudowy «organów, które spłonęły w 1976 r.», jednocześnie mając od samego początku zamiar wybudować instrument na wzór XVIII-wiecznych organów Englera. Tak sformułowane cele podjęły miejscowe media (szczególnie red. Beata Maciejewska z «Gazety Wyborczej») oraz władze miejskie i powstały w ten sposób chaos merytoryczny trwa w zasadzie po dziś dzień. Trudno obecnie oceniać czym kierowały się władze fundacji dopuszczając się takiej – niestety tak trzeba to nazwać – manipulacji faktami. W wyniku tak prowadzonej narracji w świadomości przeciętnego odbiorcy panuje dziś przekonanie, że w 1976 r. spłonęły organy autorstwa Michaela Englera i że właśnie instrument sprzed pożaru został odbudowany.

W 2004 roku, w starej bibliotece bazyliki, odbyła się interdyscyplinarna dyskusja nt. planów dotyczących organów w kościele św. Elżbiety. Uczestniczyli w niej z jednej strony historycy sztuki, historycy architektury i konserwatorzy zabytków (w tej grupie m.in. Olgierd Czerner, Rafał Eysymontt, Katarzyna Hawrylak-Brzezowska), z drugiej zaś organiści i muzykolodzy (Klemens Kaminski, Bogdan Tabisz, Piotr Rojek). Podczas spotkania prezentowano różne poglądy, często zupełnie skrajne, które można streścić w następujących punktach:
1) rekonstrukcja prospektu niemożliwa, ponieważ dysponujemy jedynie płaskimi zdjęciami i szczątkowymi pomiarami;
2) rekonstrukcja prospektu – jako ogólnej struktury architektonicznej – możliwa, ale rekonstrukcja rzeźb niemożliwa, ponieważ rzeźby można powielić/zrekonstrukować jedynie dysponując ich odlewami lub przynajmniej modelami;
3) rekonstrukcja prospektu niepotrzebna, współcześnie należy wykonywać dzieła współczesne;
4) należy wybudować prospekt na wzór Englerowskiego (w proporcjach, w rozplanowaniu pól piszczałkowych), ale nie rekonstruować dosłownie;
5) należy rekonstruować prospekt, ale nie rekonstruować organów – organy powinny być instrumentem współczesnym;
6) należy rekonstruować zarówno prospekt, jak i organy – jako jeden obiekt spójny stylistycznie;
7) należy wybudować organy w stylu Englera, ale za współczesnym prospektem.

Przeciwko rekonstrukcji prospektu opowiadało się przede wszystkim środowisko historyków sztuki, którym jednocześnie obojętne było jaki powstanie instrument. Natomiast – co ciekawe – środowisko muzyków inaczej formułowano swe opinie: dotyczyły one bowiem zarówno instrumentu, jak i jego szafy.

Za rekonstrukcją prospektu i wybudowaniem za nią instrumentu współczesnego stanowczo opowiadał się Klemens Kaminski, argumentując swe stanowisko tym, że dla przeciętnego odbiorcy – mieszkańca miasta i regionu – to właśnie prospekt był elementem symbolicznym utraconego instrumentu i to właśnie on, jako ów symbol, koniecznie powinien wrócić do kościoła, zaś rodzaj instrumentu, który się znajdował za nim, dla tzw. ogółu nie miał i nie będzie miał większego znaczenia, lecz jedynie dla muzyków i bardziej zorientowanych melomanów. Twierdził również, że organy Englera były negatywnie oceniane już przez współczesnych i były instrumentem anachronicznym już w czasie swego powstania. Wskazywał na liczne przebudowy, które miały na celu ulepszyć, czy też poprawić pierwotną strukturę techniczą i dyspozycję organów. Jego zdaniem stosowniejszym wyborem byłaby budowa instrumentu wg spójnej i jednorodnej koncepcji brzmieniowej, ale niepowtarzającej rozwiązań Englerowskich. 

Przytaczam opinię Klemensa Kaminskiego tak dokładnie, ponieważ w 2022 r. możemy stwierdzić, że miał w jakimś zakresie rację. Dla przeciętnego odbiorcy nie ma żadnego znaczenia, że za zrekonstruowanym prospektem stoją w istocie zupełnie inne organy niż te, które stały tam przed i w momencie pożaru. Czy miał rację negując dokładną rekonstrukcję instrumentu Englera? – na to pytanie będzie miał sposobność odpowiedzieć każdy grający na tych organach lub ich słuchający, biorąc pod uwagę dzisiejsze i aktualne prądy wykonawstwa historycznie poinformowanego.

Wróćmy jednak do przeszłości: W roku 2011 ówczesny prezydent Wrocławia, Rafał Dutkiewicz, publicznie zadeklarował pomoc finansową Ratusza w odbudowie organów.

W kontekście nieefektywnego działania «Opus Organi», w 2017 r. fundacja została przez władze parafii odsunięta od projektu, w który w tym samym czasie osobiście mocno zaangażował się sekretarz miasta, Włodzimierz Patalas. W wyniku jego zabiegów Ratusz zadeklarował pełne sfinansowanie całego przedsięwzięcia, jako zrealizowanie symbolicznego zamknięcia odbudowy fary elżbietańskiej, której przez wieki patronowała właśnie rada miejska (w odróżnieniu od fary magdaleńskiej, którą finansowały cechy rzemieślnicze). Rajcy, na drodze uchwały, przeznaczyli na ten cel 20 mln zł.

U końca roku 2017 ogłoszono przetarg, który w lutym 2018 r. wygrało konsorcjum trzech firm: Johannes Klais Orgelbau, Manufacture d'orgues Thomas oraz Zych Zakłady Organowe – całość pod przewodnictwem tej pierwszej. Dodatkowo we Wrocławiu powstało atelier rzeźbiarskie organmistrza Andrzeja Lecha Kriesego, powołane specjalnie dla rekonstrukcji barokowego prospektu. Po prawie czterech latach prac (trwających dłużej, niż pierwotnie zakładano, z powodu pandemi koronawirusa i wielkiej powódzi w zachodnich Niemczech w roku 2021), organy zainaugurowano i poświęcono 27 stycznia 2022 roku (grał prof. Lorenzo Ghielmi).

Wybudowany instrument jest – na tyle, na ile było to możliwe w kontekście istniejących źródeł, które przebadano z wielką pieczołowitością – kopią XVIII-wiecznych organów Englera. Zastosowano jednak pewne rozwiązania kompromisowe. Klawiatury zostały uzupełnione o dźwięk Cis, a ich skala została rozszerzona do dźwięku f³. Klawisze wychodzące poza skalę «englerowską» zostały wykonane w sposób kontrastujący kolorystycznie. Jednak największe konstrowersje najprawdopodobniej będzie wzbudzać przyjęta wysokość stroju: a' = 440 Hz.

Organy posiadają osiem miechów klinowych z urządzeniami do kalikowania i 3468 piszczałek. Temperacja: Bach-Lohmann. Skala manuałów: C–f³; skala pedału: C–f¹.