Barokowy kościół wzniesiony został w latach 1634-1682 jako świątynia klasztorna karmelitów bosych. Po sprzedaży klasztoru w 1787 r. utworzono tutaj szpital połączony z placówką medyczną prowadzoną przez siostry Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo (szarytki).

W dniu 23 sierpnia 1854 r. ówczesna przełożona, s. Konstancja Szmurło, zawarła umowę z krakowskim organmistrzem Antonim Sapalskim na wybudowanie 8-głosowych organów kosztem 3000 zł polskich. Budowa instrumentu o trakturze mechanicznej i wiatrownicach klapowo-zasuwowych zakończyła się w październiku 1854 roku. Był on remontowany ok. 1876 r. oraz w latach 80. XX wieku, jednak rezultaty podejmowanych prac były krótkotrwałe, skoro w 1891 r. zwrócono uwagę na jego zły stan techniczny.

Piszczałki prospektowe Pryncypału 8’, zarekwirowane podczas pierwszej wojny światowej, zostały uzupełnione dopiero w 1938 r. przez Stanisława Żebrowskiego z Krakowa, który wstawił do prospektu przedłużone piszczałki Quinty 3’. W miejsce wybrakowanego głosu kwintowego organmistrz planował wstawić Piccolo 2’, o czym świadczyła tabliczka w stole gry. Zamiaru jednak nie zrealizował. Prawdopodobnie Żebrowski usunął też Super Oktawę 2’, zastępując ją Eolą 8’, przy czym część piszczałek nowego głosu umieścił na stożkowej wiatrownicy-dostawce. Odtąd dyspozycja organów przedstawiała się następująco:

Manuał
Pryncypał 8’
Flet major 8’
Eola 8’
Oktawa 4’
Travers flet 4’
Piccolo 2’ *

Pedał
Subbas 16’
Oktawbas 8’

*) 19 piszczałek głosu Quinta 3'

W 1950 r. opiekę nad kościołem przejęli księża misjonarze. Od lat 60. XX w. instrument pozostawał nieczynny. Co więcej, nie wyposażono go w dmuchawę elektryczną.

Pierwsze kroki zmierzające do wyremontowania organów poczyniono w kwietniu 1989 roku. Program prac opracowano w październiku tegoż roku, a niedługo później (w grudniu) instrument został przekazany do Pracowni Konserwacji Zabytkowych Organów w Krakowie. W marcu 1990 r. dotychczasowy program poddano korekcie, zakładając rekonstrukcję pierwotnej dyspozycji w oparciu o zachowany kontrakt. Prace kosztowały 60 milionów złotych i zakończyły się w czerwcu 1990 roku. Przy organach byli zatrudnieni następujący specjaliści:

• kierownik pracowni Kazimierz Czepiel,
• organmistrz Jan Jamróg,
• stolarze organowi: Mieczysław Janowiec, Marek Ropka, Leszek Kowalik i Ryszard Kądziołka,
• piszczałkarze: Stanisław Batko i Stanisław Matuszczyk, 
• prof. Jan Jargoń jako konsultant.

Komisyjny odbiór odnowionego i zrekonstruowanego instrumentu miał miejsce 21 czerwca 1990 roku. Po wielu latach milczenia organy zabrzmiały po raz pierwszy 1 lipca tegoż roku. Obecna dyspozycja jest zgodna z treścią oryginalnej umowy z 1854 roku.

Instrument 8-głosowy, o trakturze mechanicznej i wiatrownicach klapowo-zasuwowych, z wbudowanym stołem gry o 1 manuale (C-c³) i pedale (C-g).

Prospekt organowy architektoniczny, o cechach neobarokowych i neoklasycystycznych, jednosekcyjny, trójpolowy.

Organy są typowym przykładem niewielkich instrumentów budowanych przez A. Sapalskiego.