Drewniany kościół w Krakowie-Mogile został wzniesiony w drugiej połowie XV wieku, a następnie przebudowany w połowie XVIII stulecia.

W inwentarzu z 1791 r. zachował się opis 6-głosowego pozytywu, remontowanego w 1790 roku. Prawdopodobnie ten sam instrument jest wzmiankowany w późniejszym inwentarzu z ok. 1822 r. jako 5-głosowy, stary i częściowo zdezelowany.

Obecny instrument pochodzi z 1855 roku, o czym świadczy inskrypcja: R.P. 1855 widniejąca we fryzie belkowania w środkowej części prospektu. Budowniczym mógł być krakowski organmistrz Antoni Sapalski. Dwugłosowa sekcja pedału została prawdopodobnie dobudowana przez Józefa Mamela z Tyńca w 1972 roku. W 1982 r. dyspozycja organów przedstawiała się następująco:

Manuał
Flet major 8’
Wiola 8’
Pryncypał 4’
Ziflet 1’

Pedał
Subbas 16’
Fletbas 8’

Ok. 1999 r. Lech Skoczylas z Krakowa przeprowadził remont instrumentu dokonując kilku modyfikacji:

• wstawienie nowych piszczałek Fletu major 8’,
• wymiana głosu Wiola 8’ (będącego zbieraniną różnych piszczałek) na Flet minor 4’ (4 pierwsze piszczałki wspólne z Pryncypałem 4’),
• obniżenie ciśnienia powietrza,
• montaż dmuchawy elektrycznej firmy Laukhuff.

Instrument 7-głosowy, o trakturze mechanicznej i wiatrownicach klapowo-zasuwowych, z wbudowanym stołem gry o 1 manuale (C-c³) i pedale (C-c). Prospekt organowy architektoniczny, o cechach barokowo-klasycystycznych, jednosekcyjny, trójpolowy.