Organy zbudowała firma organmistrzowską Wilhelma Sauera z Frankfurtu nad Odrą w 1877 roku jako opus 234 na zamówienie gminy ewangelicko-unijnej, do której należał kościół. Przez lata w instrumencie wprowadzane były drobne zmiany, być może przez bydgoskiego organmistrza Paula Voelknera lub Josepha Goebla z Gdańska. W 1917 r. zarekwirowane zostały na cele wojenne cynowe piszczałki prospektowe, zastąpione po 1919 r. piszczałkami cynkowymi. Podawane są w źródłach informacje o zniszczeniu organów przez pocisk artyleryjski w czasie II wojny światowej, ten fakt nie znajduje jednak potwierdzenia podczas wizji lokalnej w instrumencie (brak widocznych napraw po zniszczeniach, struktura konstrukcyjna instrumentu jest nienaruszona). Po II wojnie światowej ok. 1947 r. instrumentem zajmowała się firma Krukowskiego z Piotrkowa Trybunalskiego. Zapewne podczas tej renowacji wymienione zostały cztery głosy w instrumencie:

- Cornett 4 fach – cały głos złożony z przypadkowych, nieoryginalnych piszczałek;
- Progressio 2-3 fach – obecnie głos 3 rzędowy na całej skali;
- Doppelflöte 8’- wtórnie wstawione piszczałki otwarte głosu fletowego o pojedynczych labiach;
- Schalmei 8’ – wąskomenzurowany głos labialny wstawiony w miejsce głosu językowego;

Również w tym czasie lub podczas którejś z późniejszych napraw organy pozbawione zostały dwóch oryginalnych głosów językowych, wykonanych przez warsztat Sauera: Trompete 8’ i Pousane 16’. W ich miejsce wstawiono w latach późniejszych nowe piszczałki wykonane przez Czesława Leszczyńskiego z Brzozy k. Bydgoszczy. 16 października 2007 r. decyzją Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków instrument wraz z całym wyposażeniem kościoła został wpisany do rejestru zabytków województwa kujawsko-pomorskiego.

Organy znajdują się na drewnianej, dwupoziomowej emporze muzycznej w zachodniej części kościoła. Prospekt organów otwarty, architektoniczny, neoromański, jednosekcyjny, pięciopolowy. Piszczałki prospektowe zgrupowane w pięciu grupach, z czego trzy z nich mają charakter wież piszczałkowych umieszczonych na półokrągłych konsolach. Prospekt jest ozdobiony dekoracją snycerską oraz złoconymi dekoracjami z kutego metalu. Szczyty wszystkich piszczałek prospektowych ozdobione są złoconymi koronami.

Cokół organów wykonany jest z litego drewna i ozdobiony płycinami z frazowanych profili drewnianych. W części centralnej cokołu umieszczone są dwa rzeźbione przeźrocza, o neoromańskim detalu, w formie rozbudowanych triforiów. Stół gry umieszczony jest centralnie przed instrumentem, na osi kościoła. Organista zwrócony jest twarzą do ołtarza. Manubria rejestrowe, rozmieszczone po obu stronach kontuaru, zaopatrzone są w porcelanowe szyldy z nazwami głosów. Poszczególne sekcje organów oznaczone są odpowiednimi kolorami:

- Pedał – kolor biały;
- I manuał – Schwellwerk – kolor różowy;
- II manuał – Hauptwerk – kolor niebieski;
- III manuał – Oberwerk – kolor zielony;

Część szyldów została wstawiona wtórnie – charakterystyczna zmiana czcionki z gotyckiej na antykwę rzymską.

Nad manuałem III umieszczone są oznaczenia dźwigni nożnych – połączeń międzysekcyjnych, crescenda oraz sygnatura organmistrza i numer opusowy instrumentu.

Wnętrze instrumentu podzielone jest na trzy poziomy. Na pierwszym znajdują się elementy traktury - abstrakty i wałki skrętne. Na drugim i trzecim poziomie rozmieszczone są wiatrownice II i III manuału. Za nimi znajduje się szafa ekspresyjna, a nad nią sekcja pedałowa. Wszystkie wiatrownice są stożkowe. W pomieszczeniu za instrumentem umieszczony jest wielki zespół 8 miechów skrzyniowych (obecnie nieczynnych) oraz dmuchawa firmy Siemens-Schuckert.

Stan zachowania organów jest oceniany jako zły. Instrument wymaga podjęcia w trybie pilnym kompleksowych prac organmistrzowsko - konserwatorskich. Obecnie pieczę nad organami sprawuje Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy, które w ramach akcji „Ratujemy organy” prowadzi zakrojoną na szeroką skalę popularyzację wiedzy o organach w Bydgoszczy oraz zajmuje się pozyskiwaniem funduszy na ochronę najcenniejszych instrumentów.