Pierwszymi organami w kościele był instrument skonstruowany przez firmę Eduarda Theinerta z Wrocławia. Organy przed rozebraniem miały dwanaście głosów, o czym świadczy protokół odbioru nowych organów firmy Józefa Cynara z Wrocławia z 1979 roku. Parafia nie dysponuje jakąkolwiek dokumentacją organów Eduarda Theinerta, zachowały się jednak fotografie prospektu. Oprawa instrumentu była utrzymana w stylu neogotyckim. Prospekt był symetryczny, miał trzy pola piszczałkowe zwieńczone maswerkami.

W 1942 roku nowe organy miała budować firma Sauer z Frankfurtu nad Odrą, ale ze względu na utrudnienia wojenne projekt nie został zrealizowany.

Instrument firmy Theinert przetrwał II wojnę światową. W 1957 roku był remontowany, a w 1966 roku przebudowano kontuar i dobudowano 4 głosy. W związku z tym można wywnioskować, że pierwotnie organy Eduarda Theinerta dysponowały ośmioma głosami. Instrument użytkowano do połowy lat 70. Warto nadmienić, że na wyżej opisanym instrumencie odbywały się egzaminy dyplomowe słuchaczy Metropolitalnego Studium Organistowskiego we Wrocławiu.

W dniu 22 lutego 1974 roku parafia w osobie ówczesnego proboszcza o. Celestyna Szawana TJ podpisała umowę z zakładem organmistrzowskim Józefa Cynara z Wrocławia na budowę nowych organów o trakturze elektropneumatycznej i wiatrownicach stożkowych. W porozumieniu z Władysławem Sobulą, organistą parafii, a jednocześnie rzeczoznawcą z ramienia Kurii Metropolitalnej Wrocławskiej, została ustalona dyspozycja instrumentu:

DYSPOZYCJA ORGANÓW JÓZEFA CYNARA (1979)

Połączenia: II-I,I-P, II-P, II-I super, II-I sub
Kombinacje: Piano, Forte, Tutti, 2 wolne kombinacje

W kronice parafialnej na rok 1977 znajduje się następująca wzmianka: Praca przy budowie nowych organów, choć bardzo powoli, postępuje naprzód.

Budowa organów zakończyła się w 1979 roku. Komisja kurialna w składzie: przewodniczący ks. Norbert Jonek i rzeczoznawcy: mgr Władysław Sobula i mgr Eugeniusz Stępniak dokonała odbioru instrumentu 30 lipca 1979 roku. Z protokołu wynika, że organy zostały wykonane "bardzo starannie, z prawdziwym kunsztem artystycznym". Zalecono jedynie kilka poprawek intonacyjnych i ostateczne strojenie. Instrument poświęcił kard. Henryk Gulbinowicz 14 października 1979 roku.

Kiedy podjęto decyzję o budowie nowego kościoła, organy rozebrano i przechowano. Zgodnie z umową zawartą 7 maja 1985 roku między parafią, w osobie ówczesnego proboszcza o. Stanisława Kiełba TJ, a zakładem organmistrzowskim Józefa Cynara z Wrocławia, rozpoczął się montaż organów w nowej świątyni. Organy otrzymały nowy, trzymanuałowy kontuar przystosowany do rozbudowy instrumentu oraz nową oprawę rozbudowaną w oparciu o istniejące elementy zgodnie z ustaleniami obu stron. Termin zakończenia prac zaplanowano na 23 grudnia 1986 roku. Stary kontuar parafia zobowiązała się przekazać organmistrzowi.

Planowana dyspozycja organów, z uwzględnieniem głosów już istniejących, nie odbiega zbytnio od stanu obecnego. Poza drobnymi zmianami w nazewnictwie (Pryncypał skrzypcowy zamiast Pryncypał, Gedakt zamiast Burdon, Chorałbas zamiast Chorał) jedynymi różnicami są: Kwinta 1 1/3' zamiast Tercji 1 3/5' i rejestr Tremolo dla pedału.

Przez kilkanaście lat po zmontowaniu instrument funkcjonował poprawnie. Na przełomie XX i XXI wieku opiekę nad instrumentem sprawował organmistrz Marek Mikonowicz z Wrocławia. Zostały wówczas wymienione mieszki, zamontowano nowe tremolo manuału pierwszego, dokonano poprawek intonacji. Następnie do 2012 roku przy organach nie były wykonywane żadne prace.

Od 2012 roku organy są pod stałą fachową opieką. Prace remontowe są sukcesywnie przeprowadzane przez zakład organmistrzowski Cynar (obecnie firmą kieruje wnuk Józefa Cynara, Piotr) oraz zakład organmistrzowski Antoniego Szydłowskiego. W 2014 roku generalny przegląd instrumentu przeprowadził Tomasz Szałajda z Gdańska. Pobieżny przegląd techniczny i strojenie głosów językowych odbywa się regularnie raz w miesiącu oraz przed koncertami.

W marcu 2019 roku Antoni Szydłowski dokonał generalnej rewaloryzacji wszystkich miechów, a w lipcu Marta Kogut dokonała renowacji dwóch głosów językowych: Tuba mirabilis i Klarnet. 

Organy pozostają niedokończone do dziś. Wewnątrz instrumentu jest miejsce na dostawienie brakujących głosów, jak i całej sekcji manuału III.

Po lustracji wnętrza instrumentu można dokonać opisu charakterystyki konstrukcji piszczałek oraz innych elementów organów: 

Rezonatory i głowice piszczałek głosów Klarnet i Tuba mirabilis wykonano ze stopu cyny, a głosu Trąbka z cynku. Wszystkie rynienki i stroiki głosów językowych są mosiężne. Piszczałki drewniane głosów labialnych są wykonane z drewna sosnowego i świerkowego, a poszczególne ich elementy z drewna dębowego. Niektóre piszczałki metalowe głosów labialnych wykonano ze stopu cyny i ołowiu, a pozostałe, w tym prospektowe, z cynku. Wiatrownice, ich konstrukcję nośną, jak i pozostałe elementy drewniane wykonano z drewna sosnowego. Żaluzje szafy ekspresyjnej są poruszane za pomocą elektropneumatycznego siłownika sterowanego dźwignią nożną w kontuarze. Cały aparat brzmieniowy został umieszczony na tylnej ścianie kościoła. Wolnostojący kontuar znajduje się na chórze, organista siedzi prawym bokiem do ołtarza.

Koncerty

Od 2013 roku organizowany jest coroczny festiwal muzyki organowej pod nazwą "Wieczory organowe w parafii pw. św. Ignacego Loyoli we Wrocławiu". W ramach tego cyklu odbywają się koncerty wykonywane przez wybitnych organistów z całej Polski i zagranicy, takich jak: Bartosz Patryk Rzyman (Wrocław), Monika Krahforst (Wrocław), Tomasz Głuchowski (Wrocław), Paweł Seligman (Cieszyn), Katarzyna Danel (Poznań), Marcin Armański (Świdnica), Anna Szczędzina (Opole), Luca Benedicti (Włochy-Turyn).

https://www.facebook.com/wieczory.organowe.wroclaw/