Barokowo-klasycystyczny kościół św. Józefa w Zabrzegu został zbudowany w 1787 roku. Pierwsze organy, którymi dysponował, zostały zbudowane pomiędzy rokiem 1792 a 1831, kiedy proboszczem był ks. Franciszek Jaschke. Obecnie nie posiadamy informacji kto, ani kiedy dokładnie je zbudował. Nie wiadomo także jakie były dalsze losy instrumentu.

Po stosunkowo niedługim czasie, w latach 1845–1873, gdy proboszczem był ks. Jan Kotas, sprawiono nowy instrument. Według kronik parafialnych jego budowniczym jest Karl Kuttler. Niestety nie wiadomo także, kiedy dokładnie powstał; można przypuszczać, że miało to miejsce w okolicach lat 50. XIX w. – w okolicy jest kilka instrumentów jego autorstwa, m.in. organy w kościele ewangelickim w Międzyrzeczu, datowane na rok 1857 oraz organy w kościele ewangelickim w Białej z roku 1848. Karl Kuttler prawdopodobnie także zbudował organy dla kościoła św. Katarzyny w Czechowicach (obecnie są przeniesione do kościoła w Tychach-Urbanowicach).

Podążając dalej za kronikami dowiądujemy się, że organy miały 15 głosów (do dziś bez zmian w ilości), 17 registrów (obsługujących głosy oraz zapewne połączenia II-I oraz I-P), 2 manuały i pedał, trakturę mechaniczną z wiatrownicami klapowo-zasuwowymi oraz 2 miechy klinowe.

Pod koniec I wojny światowej, w roku 1918 zarekwirowano z instrumentu 72 piszczałki. Prawdopodobnie mogły to być piszczałki prospektowe, gdyż właśnie taka ilość piszczałek znajduje się we frontonie szafy. Po pewnym czasie braki uzupełniono.
Na jednym z klinowych miechów widnieje napis "1923", jednak czy ta data ma związek z uzupełnieniem piszczałek, pozostaje zagadką. Następny zapisek obok tym razem nie pozostawia wątpliwości: 13 marca 1943 roku zamontowano napęd elektryczny w organach.

Z relacji ustnych wiadomo, że w latach 50-60 (za proboszczowania ks. Józefa Steca w latach 1954-78) instrument remontował Ryszard Franke z Rybnika. Przy okazji remontu zainstalował tremolo w organach.

Lata 1964-1983 niosą ze sobą kolejne zmiany w instrumencie lub nawet budowę nowego instrumentu w istniejącej szafie z wykorzystaniem części głosów. Na piszczałkach Bourdonu 16' odnajdujemy zapiski: "Jerzy Goede, Bydgoszcz 1 VI[I - ?] 1964", "Tobolewski Jan, Bydgoszcz 15 VIII 1968", "M. Urbański, L. Lehman(?), P. Lądzin - naprawa organów, Bydg[oszcz], VI 1983".

W tym czasie zostały wymienione drewniane piszczałki. Do dnia dzisiejszego zachowały się z nich piszczałki Bourdonu 16', Fletu krytego 8', Subbasu 16' oraz Oktawbasu 8'. Wykazują one niemal identyczną budowę oraz ten sam rodzaj drewna. W ostatnim z wymienionych głosów na jednej piszczałce zachował się fragment kartki: Urb[ański], Bydg[oszcz]. Pozostały jednak ślady na innych piszczałkach po takich samych kartkach. Można zatem przypuszczać, iż głosy drewniane pochodzą z warsztatu Kazimierza Urbańskiego z Bydgoszczy.

Zapewne w tym okresie także pierwszy raz zmieniono stół gry, co z kolei wymusiło przeniesienie sekcji pozytywu do szafy głównej i obcięcie szafy pozytywu do grubości balustrady chóru. Pozostawiono jednak czynne piszczałki prospektowe, tak więc Pryncypał 4' z manuału II od E do fis¹ gra w pozytywie, a w reszcie skali - w szafie głównej. Zapewne wtedy przebudowano także trakturę i wiatrownice na stożkowe.
Nie wiadomo, kiedy zainstalowano w organach miech pływakowy. Co ciekawe, mimo zainstalowania nowego miecha, dwa stare miechy klinowe wraz z sprawnym mechanizmem do kalikowania pozostawiono, lecz odłączono.

Kolejny remont organów, obejmujący dodatkowo wymianę stołu gry, zmianę traktury na elektropneumatyczną oraz dodanie połączenia Super M. I, wykonał w latach 1992-3 Stanisław Bałchan. Być może został też wtedy zrekonstruowany flet 8' i chorałbas 4' - Po dziś dzień są to głosy drewniane w najlepszym stanie i odróżniają się "świeżym drewnem" spośród wszystkich pozostałych.
Ostatni remont został przeprowadzony przez Krzysztofa Jakubowskiego z Wieprza k/Żywca w 2007 roku, zaś renowacja szafy organowej miała miejsce w 2011 r., a jej wykonawcą był Andrzej Mrowiec.

Niestety w bardzo szybkim czasie stan organów się mocno pogorszył. W sierpniu 2014 roku dokonano szczegółowych oględzin instrumentu, podczas których stwierdzono dużo uszkodzeń biologicznych (aktywność kołatka) oraz mechanicznych zarówno elementów powietrznych jak i piszczałek, przez co organy nie trzymają stroju i są rozintonowane. Część uszczelnień wykazuje krańcowe wyeksploatowanie, a niektóre mechanizmy są rozregulowane, przez co organy mają skłonności do zacinania się lub samoistnego podgrywania piszczałek. Przy okazji oględzin miały miejsce prace związane z ogólnym czyszczeniem, strojeniem oraz naprawą najbardziej uszkodzonych elementów i piszczałek.

W październiku 2015 roku stara i zużyta dmuchawa została zastąpiona nową, produkcji Jacka Siedlara z Modlnicy k/Krakowa.

Dane techniczne:

1) Charakterystyka głosów:

Pedał:

Subbas 16' – drewniany, kryty na całej długości.
Oktawbas 8' - drewniany, otwarty. C-A – strojenie w formie klapek, B-f¹ – strojenie poprzez blaszki z góry korpusu.
Chorałbas 4' - drewniany, otwarty z dostroikami w formie blaszek na górnej części korpusu.

Manuał I:

Bourdon 16' - drewniany, kryty.
Pryncypał 8' - otwarty, C-G drewniany (z blaszkami u góry korpusu), As-a³ metalowy. As‑cis² w prospekcie (do f² z dostroikami, od fis² bez dostroików).
Gamba 8' - otwarta, metalowa. Dostroiki w formie blaszek, wargi z możliwością regulacji poprzez śrubki przy dolnej wardze.
Flet 8' - kryty, C-f¹ drewniany, fis¹-a³ metalowy.
Oktawa 4' - metalowa, otwarta. Częściowo w prospekcie.
Flet otwarty 4' - otwarty, C-a² drewniany z blaszkami z góry korpusu (z wyjątkiem cis²), cis², b2-a³ metalowy. Na wiatrownicy napis: Flet amabile 4'
Oktawa 2' - metalowa, otwarta (pierwotnie bez dostroików, w największych piszczałkach niefachowo wycięte)
Mixtura - metalowa, otwarta. W nawiasie podany 4 chór, usunięty w 2007 r. Układ:
C - 1 1/3' + 1' + 2/3' (+ 1/2')
c¹ - 2 2/3' + 2' + 1 1/3' (+ 1' i rep. od cis¹)
cis² - 5 1/3' + 4' + 2 2/3' (+ 2')

Manuał II (wiatrownica: C-g³)

Flet kryty 8' - drewniany, kryty na całej długości.
Salicet 8' - C-fis – głos kryty, o budowie kwintadeny, zaś g-g³ – rzeczywisty salicet, otwarty, bez dostroików. Całość z metalu.
Pryncypał 4' - metalowy, otwarty. E-fis¹ w prospekcie pozytywu.
Pikolo 2' - metalowe, otwarte.

2) Wymiary szafy głównej: 3,75 m (szerokość) x 3,92 m (wys. w najwyższym punkcie) x 2,08 m (głębokość)
3) Wymiary pozytywu: 1,59 m (szerokość – wraz z wykończeniem – 1,77 m) x 1,55 m (wysokość) x 0,3 m (głębokość obecnie; wraz z przednim wykończeniem - wynosi 40,5 cm).
4) Wymiary miecha pływakowego: 107,5 x 197,5 x 55 cm (wys.)

Traktura elektropneumatyczna, wiatrownice stożkowe. Skala manuałów: C-a³; skala pedału: C-f¹.

Warto w tym miejscu wspomnieć także, że na dawniej używanych miechach klinowych zachowały się pamiątkowe wpisy miejscowych parafian, którzy kalikowali instrument w trakcie Mszy Świętej. Jednym z nich jest: "04 VI 1960 - Rudolf Mikołajczyk, Antoni Kapias", z czego obydwaj tę funkcję musieli pełnić conajmniej dwa razy, gdyż tyle razy powtarzają się nazwiska na miechu.