Kilkakrotnie przebudowywany i powiększany kościół wzniesiono wraz z klasztorem w latach 1639–1644. Pierwsza wzmianka dotycząca organów pochodzi z 9 marca 1650 roku, kiedy przed urzędem konsystorskim we Włocławku odbyła się sprawa między Janem Bielskim a organmistrzem Wawrzyńcem, który zobowiązał się wykonać pozytyw dla świątyni reformackiej, jednak nie dostarczył gotowego dzieła w umówionym terminie. Organmistrz zeznał, iż nie mógł wybudować instrumentu ze względu na zbyt niską zapłatę. Ostatecznie Bielski zgodził się przekazać na ten cel wyższą kwotę pieniężną.

22 czerwca 1791 r. zakonnicy wypożyczyli pozytyw z pobliskiego kościoła św. Witalisa. W 1821 r. nieznany organmistrz budował instrument w świątyni klasztornej, jednak pojawiły się przy tym pewne trudności ze strony budowniczego, wobec czego organy powstały dopiero w latach 1823–1825. Instrument był przebudowywany w 1871 r., a w 1890 r. naprawiany kosztem 160 rubli.

W 1900 r. Jan Szrejbert z Włocławka zbudował nowe, 10-głosowe organy wykorzystując prospekt z lat 1823–1825. 4 kwietnia 1918 r. zarekwirowano piszczałki prospektowe, które uzupełniono w późniejszym czasie. W 1932 r. miejscowy gwardian zwrócił się do prowincjała z prośbą o pozwolenie na zamówienie nowego instrumentu. Ponieważ odpowiedź była odmowna, w kwietniu 1936 r. br. Teodor Wrzesień przeprowadził konieczną naprawę. Z kolei w 1965 r. poszerzono zakres klawiatury pedałowej z jednej do dwóch oktaw.

Budowę obecnych organów realizowano w latach 1975–1978. Najpierw w 1975 r. zawarto umowę z wykonawcą prac, czyli z włocławską firmą Zygmunta Pietrzaka. W 1976 r. Marian Dorawa z Torunia przeprowadził ekspertyzę konserwatorską, natomiast 4 maja 1977 r. Wojewódzki Konserwator Zabytków wydał zgodę na rozpoczęcie prac. W maju i czerwcu 1978 r. rozebrano dotychczasowy instrument, pozostawiając jego prospekt jako centralną część nowej struktury zewnętrznej. Poświęcenie organów przez bp. Jana Zarębę miało miejsce 28 maja 1978 roku. W 2013 r. remont przeprowadził Mirosław Jakubowski z Włocławka.

Instrument 17-głosowy, o trakturze pneumatycznej, z wolnostojącym stołem gry o dwóch manuałach (C–a³) i pedale (C–f¹).

Prospekt organowy w części zabytkowej klasycystyczny (w odmianie ludowej), jednosekcyjny, pięciopolowy. Za bocznymi członami prospektu stoją, z podziałem na strony C i Cis, trzy głosy z sekcji manuału II: Aeolina 8’, Kwintaton 4’ i Tercja 1 3/5’.