Historia kościoła w Janikowie (dawniej w Ostrowie, które zostało połączone z Janikowem) sięga 1460 roku, kiedy to Bogusław z Oporowa ufundował świątynię. Kościół został rozbudowany o wieżę i zakrystię w 1840 r. 

Pierwsza udokumentowana wzmianka o organach pochodzi z 1812 roku. Był to pozytyw wyposażony w 6 głosów. Inwentarz z 1818 r. nadmienia, że był on wtedy popsute. Kolejna informacja o instrumencie w kościele pochodzi dopiero z 1923 roku. Nowe organy o 7 głosach w manuale i jednym głosem 16' w pedale miały być zbudowane w 1915 r. "z przedniego materiału". Podczas I wojny światowej z organów nie została zarekwirowana ani jedna piszczałka. Z późniejszego, powojennego dokumentu wynika, że organy miały mieć trakturę mechaniczną (po zniszczeniach wojennych sugerowano przerobienie traktury na pneumatyczną). Już w 1923 r. organy potrzebowały naprawy, która została wykonana w 1927 r. przez Stanisławskiego z Kruszwicy. 

Po II wojnie światowej organy zostały opisane dwojako: jeden dokument wspomina, że były one zniszczone, choć nie wiadomo jak bardzo; drugi dokument z 1947 r. wskazuje, że organy były tylko rozstrojone a sama empora muzyczna nieuszkodzona. Dopiero kolejny dokument potwierdza, że organy były niesprawne: piszczałki metalowe zostały zarekwirowane na cele wojenne, a głosy drewniane zostały zniszczone przez robaki. Już wtedy planowano wyposażyć kościół w nowe organy. Do czasu ich wybudowania w kościele funcjonowała fisharmonia. W 1951 r. organy nadal były niesprawne. Dopiero w 1955 r. w dokumentach zapisano, że odnowiono (a nie zbudowano nowe) organy oraz dołożono do nich dmuchawę. Ich kolejne naprawy miały miejsce m.in. w latach 1964, 1972 i 1976. 

Trudno w tym momencie określić skąd pochodzą obecne organy. Ich cechy charakterystyczne, szczególnie kontuar, wskazują, że pochodzą one z warszatu Schlag&Söhne bądź Alberta Polzina. Brak tabliczki, wpisów w organach oraz szerszej dokumentacji nie pozwala określić skąd pochodzi instrument. Istnieje kilka hipotez. Pierwsza mówi o tym, że organy pochodziły z miejscowego kościoła ewangelickiego. Zachował się jednak dokument, w którym można wyczytać, że z kościoła poewangelickiego zabrano jedynie dzwon. Inna hipoteza wskazuje, że organy faktycznie pochodzą z warsztatu firmy Schlag & Söhne i zostały one zbudowane w 1920 r. dla niewiadomego kościoła. W bliżej nieokreślonym momencie miały one zostać przeniesione do tutejszego kościoła. Być może właśnie ta translokacja to "odnowienie organów" zanotowane w dokumentach z 1955 roku. W tym momencie można stanowczo odrzucić hipotezę, że organy te były zbudowane dla kościoła w Janikowie. Dopiero dalsza analiza materiału archiwalnego i piszczałkowego być może przybliży historię proweniencji instrumentu. Zawiłość historii i dokumentacji może wskazywać, że mamy do czynienia z przypadkiem szabrownictwa organowego, kwitnącego krótko po II wojnie światowej. 

Stół gry wbudowany w bok szafy organowej. Skala manuału: C-f³; skala pedału: C-d¹.