Organy kościoła w Dębem Wielkim wybudowane zostały przez firmę Leopolda Hartmana z Warszawy, który swój warsztat miał przy ul. Bednarskiej 10. Nie jest znana dokładna data ich powstania, lecz możemy powiedzieć, że powstały na przełomie 1913 i 1914 roku. Dowodem na to jest datowanie gazet, którymi od wewnątrz uszczelniono miech. Instrument ma 11 głosów o dyspozycji charakterystycznej dla późnego romantyzmu. Rozdzielone są one między dwa manuały i klawiaturę nożną. Traktura gry jest w pełni pneumatyczna.

Znakomite walory brzmieniowe organów mają swoje dwa źródła. Pierwsze to niemal w stu procentach oryginalne piszczałki, a drugim jest wyjątkowo dobra akustyka kościoła, wybudowanego według projektu cieszącego się wielkim uznaniem architekta Józefa Piusa Dziekońskiego.

W ponadstuletniej historii organy przeszły kilka mniejszych i wiekszych napraw i remontów. W 1939 r. zostały uszkodzone w czasie działań wojennych, po czym w 1940 r. naprawił je Antoni Grygorcewicz. Z kolei w 1950 r. firma Kamińskich zainstalowała dmuchawę elektryczną i ustawiła ją w wieży Kościoła. W latach 60. ze względów praktycznych przesunięto instrument głębiej w kierunku okna, a dalej od balustrady. W ten sposób powstało troche wiecej miejsca dla chóru. W 1973 r. remont przeprowadził Zygmunt Pietrzak z Włocławka. W 1976 r. dobudowano do organów rejestr Tremolo. W 1990 r. odnowiono prospekt i szafę organową. Dopiero w 2001 r. poważniejszego remotu dokonała firma Tadeusza Łukasiewicza z Sulejówka. Organy zabezpieczono przed kornikiem, uszczelniono aparat gry w kontuarze i wymieniono mieszki. Natomiast w 2009 r. firma Andrzeja Guziaka z Zakopanego wyremontowała miech organowy. Zerwano i wymieniono na nową całą mocno podziurawioną i całkowicie zużytą skórę. Zainstalowano nową cichobieżną dmuchawę, która została umieszczona wewnątrz instrumentu. Wyregulowano ciśnienie i nastrojono organy. W 2012 r. podjęta została częściowo udana próba uruchomienia manuału II, który do tej pory zupełnie nie działał. Uzupełniono także pojedyncze zniszczone lub brakujące piszczałki w tej sekcji, także wymieniono filc i wyrównano klawiatury. Zaplanowano wymianę całego aparatu gry w kontuarze, gdyż stary był całkiem zużyty. Kiedy proboszczem parafii został ks. Sławomir Żarski, nastąpił najgruntowniejszy ze wszystkich dotychczasowych remontów organów. Dokonała go firma Pawła Ziai z Chmielnika. Organy zostały całkowicie zdemontowane, gdyż okazało się, że drewniane części są całkowicie zniszczone przez szkodniki drewna. Wymieniono wiatrownice, aparat gry i odrestaurowano kontuar. Ołowiane powyginane rurki przekazujace powietrze zamieniono na plastikowe. Pozostawiono praktycznie tylko zabytkowe piszczałki, szafę organową i kontuar bez mechanizmu gry. Prace renowacyjne trwały przez cały rok i zakończyły się niebywałym sukcesem. Organy nabrały niespotykanego dotąd piękna i pełni brzmienia. Uroczyście poświęcił je na nowo 27 listopada 2016 r. abp Henryk Hoser. Ten remont, a właściwie renowacja była możliwa dzięki ogromnej determinacji ks. proboszcza Sławomira Żarskiego oraz wielkiej hojności parafian.