Najstarsze wzmianki o organach w kościele Wszystkich Świętych pochodzą z 1580 roku. W 1628 roku zainstalowano w kościele nowy pozytyw, który przeniesiono do kaplicy przykościelnej w 1661 roku po tym, jak zakupiono większe organy z pedałem. Pozytyw służył do 1755 roku. W 1662 roku miał miejsce pożar miasta, podczas którego spłonął i kościół, a w inwentarzu parafii z 1663 roku pojawiają się nowe organy. Kolejny instrument w pszczyńskim kościele datowany jest na 1706 rok. Spłonął on 8 sierpnia 1748 roku podczas największego pożaru miasta. Odbudowę zniszczonego kościoła rozpoczęto w 1752 roku, a rok później odbyło się poświęcenie odbudowanego kościoła. Prawdopodobnie podczas poświęcenia na chórze znajdowały się już nowe organy wybudowane przez Stanisława Stankiewicza z Zatora, ufundowane przez pana pobliskich Ćwiklic, Józefa ze Zborowa Zborowskiego. W 1773 roku sprowadzono do kościoła nowe organy z Polski. 

W 1837 roku nowe mechaniczne organy w kościele wybudował Carl Kuttler z Opawy. Budowa instrumentu opisana jest w rękopisach zatytułowanych "Budowa organów po roku 1835". Obejmuje on budowę i naprawy organów przez Kuttlera w latach 1835-1902. W dokumentach tych znajduje się kosztorys i dyspozycja 16-głosowych organów, prawopodobnie wybudowanych przez Kuttlera w pszczyńskim kościele: 

*) głos w prospekcie

W rękopisie znajduje się jeszcze jedna dyspozycja organów kościoła parafialnego, zawarta w kosztorysie remontu z dnia 26 maja 1875 roku, podpisanym przez organmistrza Dürschlaga z Rybnika.

W 1917 roku skonfiskowano wszystkie cynowe części organów oraz piszczałki prospektowe na cele wojenne. 

W 1936 roku gruntowny remont organów wraz z uzupełnieniem brakujących piszczałek prospektowych wykonała firma Dominika Biernackiego. Organmistrz oprócz kosztorysu remontu zaproponował budowę nowych 18-głosowych pneumatycznych organów. Ze względów finansowych proboszcz zdecydował się na remont istniejących organów. 

W 1956 roku zmieniono trakturę instrumentu z mechanicznej na pneumatyczną oraz przesunięto cały instrument w tył, zasłaniając dotychczasowe wejście na chór. 

W 1969 roku firma Truszczyński dokonała przebudowy instrumentu. Wymieniono trakturę z pneumatycznej na elektro-pneumatyczną, wymieniono i przeniesiono kontuar, dobudowano szafę ekspresyjną z żaluzją. Organy miały dwa manuały i pedał, dwie wolne kombinacje, stałe kombinacje: Piano, Forte i Tutti, automat pedału, wyłącznik głosów językowych, pedał Crescendo oraz żaluzji. Wtedy została ustalona dyspozycja organów, która funkcjonuje do dziś. Manuał II obsługiwał dwie sekcje brzmieniowe: tzw. manuał II środkowy (w szafie organowej) oraz echo (szafa ekspresyjna). 

W latach 90. XX wieku gruntowny remont organów przeprowadziła firma Mieczysława Klonowskiego z Katowic. Wymieniono wtedy m. in. wszystkie membrany i elektromagnesy, naprawiono miechy, dokonano czyszczenia, intonacji i strojenia. 

Ostatni remont odbył się w 2011 roku, a przeprowadziła go firma Krzysztofa Jakubowskiego z Wieprza oraz Sławomir Syjota z Kóz. Dobudowano wtedy manuał III, rozdzielając sekcje manuału II na dwa osobne manuały. Wymieniono także system sterowania na elektroniczny system pamięci Sławomira Syjoty. 

Niestety po ostatnim remoncie do dziś nie zostało zainstalowane Crescendo oraz pistony nożne do sterowania kombinacjami.