Kolegiata w Wojniczu była wyposażona w organy już w 1596 roku. W 1752 r. świątynia została zniszczona w wyniku pożaru. Odbudował ją ówczesny proboszcz, ks. Michał Duvall, późniejszy biskup tarnowski. W ramach tej odbudowy zostały zbudowane nowe organy. Prawdopodobnie jeszcze ten instrument zreperowano z legatu Karola Harlandera w latach 1890-1893.

Obecne organy wybudowała firma braci Rieger z Jägerndorf, jednak instrument nie jest wymieniony w katalogu fabryki. Być może wpływ miał na to fakt, że, jak wspomina kronika parafialna, został zakupiony z wystawy w Wiedniu przed I wojną światową (według ankiety Ośrodka Dokumentacji Zabytków w 1910 roku). Prospekt organów jest identyczny jak zbudowany przez firmę Rieger w Skrzyńsku (diecezja radomska) w 1902 roku (opus 944). Jedyną różnicą jest krzyż obecny w Skrzyńsku w zwieńczeniu prospektu, który w Wojniczu zastąpiono rzeźbą trąbiącego anioła, pochodzącego prawdopodobnie z poprzednich, XVIII-wiecznych organów. Pierwotna dyspozycja instrumentu była następująca:

Połączenia: Pedalcoppel I, Pedalcoppel II, Octavcoppel I, Octavcoppel II, Manualcoppel
Urządzenie dodatkowe: crescendo
Rejestry zbiorowe: Piano, Mezzoforte, Forte, Tutti

W 1943 r. zainstalowano dmuchawę elektryczną. Po II wojnie światowej organy remontował Wacław Biernacki z Krakowa. Prawdopodobnie te prace wspominają akta wizytacyjne z 1951 r. jako wykonane obecnie kosztem 14 000 zł.

W 1974 r. Włodzimierz Truszczyński z Warszawy złożył parafii ofertę budowy nowego instrumentu o 20 głosach, trakturze elektropneumatycznej i następującej dyspozycji:

Połączenia: Manuał II - P, Manuał I - P, Manuał II-I
Urządzenia dodatkowe: automat pedału, 2 wolne kombinacje, crescendo
Rejestr zbiorowy: Forte

Projekt ten nie został zrealizowany. Zamiast tego w 1976 r. rozpoczęto generalny remont organów, które już były bardzo zniszczone, że trzeba połowę z nich usunąć. Wykonawcą tych prac, ukończonych w 1978 roku, był Mieczysław Gwóźdź z Nowego Sącza, który przebudował instrument: wymienił stół gry i znacznie zmienił dyspozycję. Zainstalował też nową dmuchawę i miech. Dyspozycja po tych pracach była następująca:

Ostatnich zmian dokonał w roku 2004 Lech Skoczylas z Krakowa, który zamienił Gambę 8' na Dulcjan 16' (manuał I), Dolce 4' na Regał 8', Pryncypał skrzypcowy 8' na Oktawę 4' i Siflet 1' na Kwintę 1 1/3' (manuał II), a także wymienił klawiaturę pedałową, miech wraz z dmuchawą, piszczałki Subbasu 16' i 4 najniższe piszczałki Violonu 16'.

Instrument charakteryzuje się przyjemną barwą dźwięku, co zawdzięcza zwłaszcza oryginalnym głosom Riegera. Niestety głosy dodane charakteryzują się odmiennością brzmieniową oraz niższą jakością wykonania niż oryginalne, przez co wymagają one częstszego strojenia. Obecnie instrument jest w dostatecznym stanie technicznym. Naprawy wymaga stół gry (m.in. niedziałające urządzenie crescendo). Instrument wymaga także strojenia i uszczelnienia elementów traktury, która czasami sprawia problemy poprzez zacinanie się i późne reagowanie na użycie przycisków stałych kombinacji.

Instrument typu multiplex: 18 głosów realnych oraz 2 ekstensje w pedale. Wiatrownice stożkowe. Stół gry wolnostojący, grający siedzi przodem do prezbiterium.

Skala manuałów: C-f³; skala pedału: C-d¹