Obecny drewniany kościół w Gilowicach wzniesiono we wsi Rychwał obok Gilowic najprawdopodobniej w XV wieku. Po wybudowaniu nowego, murowanego kościoła w Rychwałdzie, drewniany kościółek przeniesiono w 1757 roku do Gilowic, gdzie służy do dziś.

Wraz z kościołem przeniesione zostało wyposażenie kościoła w tym organy. Jak czytamy w zapiskach parafialnych z lat 20. XX wieku, przywiezione Rychwałdu wraz z kościołem organy, pomimo kilkakrotnych remontów nie nadawały się już do dalszego użytku. W tych latach proboszczem został ks. Teofil Pepesh. Do niego zgłosili się górnicy z kopalni „Karol-Emanuel” z propozycją zbiórki na nowe organy po każdej wypłacie. Wtedy też złożyli na ręce proboszcza kwotę 41500 marek polskich, jako pierwszą kwotę na organy. Parafia szybko nawiązała kontakt z firmą organmistrzowską Dominika Biernackiego z Włocławka. Firma ta przysłała ofertę na kwotę 1 600 000 marek polskich. Górnicy postanowili pokryć 1/4 tej kwoty, resztę postanowiono pokryć z pożyczki oraz datków parafian.

Z kroniki: Na zaproszenie księdza przyjechał do Gilowic organmistrz pan Biernacki i ostatecznie uzgodniono dostawę organów za cenę 1200 000 marek polskich. Do uzgodnionej kwoty doszły jeszcze koszty przesyłki, wynoszące 206.910 marek. Parafia zorganizowała na ten cel bal dochodowy, zbierano dobrowolne datki w kościele oraz sprzedano stare organy do Łańcuta za kwotę 150 tysięcy marek. Montaż instrumentu rozpoczął się w czerwcu 1922 roku. Konieczne było także poszerzenie chóru które wykonali parafianie Stanisław Baruciak z synem, Piotr Gibas z synem oraz Michał Górny.

W kronice parafialnej zachował się wpis księdza Pepesha dotyczący nowych organów:
Organy w stylu renesans, o siedmiu rejestrach z pedałem, w systemie stożkowym z kluczami pneumatycznymi […]. Rejestra są następujące:
1. pryncypał 8 stóp z cyny, pierwsze drewniane. 2. Bourdum (sic!) 16 st. drewniany. 3. Gamba 8 st. pierwsze dwanaście drewniane. 4. Aerlina (sic!) 8 st. pierwsze dwanaście drewniany. 5. oktawa 4 st. metalowe. 6. kwinta 2 2/3 st. cynowe. 7. Subbas 16 st. połączony z Bourdumem w pedale. Wszystkie piszczałki drewniane są pokostem i farbą zaciągane i mają labia zrobione z drewna twardego, przyginane, a nie klejone. Piszczałki cynkowe mają wszystkie części przy labiach i stożkach z blachy cynowej. Części drewniane zrobione są z drewna kilkuletniego, dobrze wysuszonego, pokostowane od wilgoci. Organy ustawił P. Zygmunt Witanowski, monter firmy Dominik Biernacki i P. Stefan Truszczyński. Organy ustawiono dnia 16 lipca 1922 roku. Organy kosztują 1250.000 marek polskich plus koszta opakowania i wysłania 56.100 marek, plus fracht kolejowy z Włocławka do Żywca 150.410 marek. Przywóz z kolei do Gilowic wykonali mieszkańcy za darmo”

Poświęcenia instrumentu dokonał ks. Adam Sapieha 18 lipca 1922 roku.

Na początku lat 70. ówczesny proboszcz ks. Duniewski wraz z organistą starali się o remont mocno wyeksploatowanych organów. Remont i przebudowę instrumentu wykonał Józef Adamczyk z Kartuz za kwotę 330 tysięcy złotych. Wtedy powiększono szafę organową, dobudowano sekcję II manuału, powiększono dyspozycję do 14 głosów, zmieniono stół gry oraz zmieniono trakturę gry na pneumatyczną. Ks. Duniewski zgromadził 2/3 kwoty potrzebnej na pokrycie kosztów, jednak ze względów zdrowotnych zrezygnował z posługi, a pracę związane z przebudową dokończono za kolejnego proboszcza, ks. Łukaszczyka. Ostatni remont wykonał Krzysztof Jakubowski z Wieprza w 2013 roku.

Instrument zasilają dwa miechy pływakowe: jeden dla sekcji manuału I i pedału, drugi dla manuału II z zamontowanym aparatem tremolo. Zachowana jest dźwignia do kalikowania (obsługuje miech pedału i manułu I).

Rozmieszczenie sekcji:

• sekcja manuału II – zaraz za prospektem,
• sekcja manuału I – za sekcja manuału II,
• sekcja pedału – za sekcją manuału I.

Wiatrownice stożkowe podzielone na strony C i Cis. Wiatrownica manuału II pochodzi z instrumentu Biernackiego. Połączenia superoktawowe w manuale II realne.

Skala manuałów: C-a³; skala pedału: C-f1.