Najstarsze wzmianki źródłowe o kościele sięgają XV wieku. W 1767 r. zapisano, że na „bardzo zrujnowanym chórze muzycznym znajduje się nowy pozytew”¹. Rok wcześniej wymieniany jest organista². We wcześniejszych znanych wizytacjach, np. z 1653 roku, brak wzmianki o organach lub pozytywie mimo szczegółowego opisu ołtarzy i bardzo wielu paramentów liturgicznych. Dlatego można przyjąć, iż pozytyw pojawił się w połowie XVIII wieku.

W 1849 roku kościół został przez nadzór budowlany władz pruskich zamknięty, gdyż groził zawaleniem. Zgodnie z decyzją proboszcza Tessmera, wyposażenie przeniesiono na przechowanie do kościoła parafialnego w Kosztowie i prawdopodobne jest, że część wyposażenia przeniesiono do budynku pobliskiej szkółki, gdzie tymczasowo odprawiano nabożeństwa.

Z zapisu skargi do Władzy Duchownej z 1866 roku wynika, że Bolesław Sikorski, dziedzic Komorowa i Krostkowa, „ostatnie organki kazał rozebrać i na spichrz postawić”³. Budowę obecnego kościoła ukończono w 1869 roku.

Z 1914 roku pojawia się zapis o istnieniu organów bez pedału w czterech rejestrach i trzech oktawach⁴. Rok podczas I wojny światowej oraz 3 lata podczas II wojny światowej kościół nie miał swojego proboszcza z uwagi na aresztowania i stracenia księży przez Niemców. Po II wojnie światowej nowo przybyły proboszcz, ks. Bronisław Miller, określił, że "stare organy były w proszku"⁵. 

Obecne organy znajdujące się w krostkowskim kościele zostały sprowadzone furmankami zimą 1946 roku przez ks. Bronisława Millera, proboszcza w Krostkowie w latach 1945-1982, z Ziem Odzyskanych za pół miliona ówczesnych złotych, z czego 45 tys. dali parafianie a 450 tys. ksiądz, jak pisze, wyłożył z własnych zasobów⁶. Według ks. Grzegorza Radzisza, proboszcza parafii w latach 1982-2015, instrument parafia otrzymała w zamian za zrabowane dzwony. Organy zmontowane zostały przez zakład Józefa Sobiechowskiego z Bydgoszczy. Wewnątrz w kilku miejscach znajdują się kartki z napisem „Krajonke”, co dowodzi, że instrument opuszczał  zakład Eduarda Witteka z Elbląga z przeznaczeniem do Krajenki. Wewnątrz szafy znajdują się również inskrypcje osób malujących szafę i kościół. Po 1984 roku Jan Korpal ufundował dmuchawę⁷, którą zamontował Kazimierz Urbański z Bydgoszczy. On też dodał tremolo (inf. ks. Grzegorz Radzisz).

Kartę inwentarzową organom założyłem na zlecenie Ośrodka Dokumentacji Zabytków w Warszawie i Konserwatora Wojewódzkiego w 1999 roku. Zastałem wówczas organy prawie niesprawne, bardzo silnie zanieczyszczone, z nie grającymi tonami w każdym z głosów i licznymi śladami działania drewnojadów. W 2001 roku na zlecenie ks. G. Radzisza przystąpiłem do prac przy instrumencie. Ponownie przywróciłem do gry wszystkie piszczałki prospektowe, uzupełniłem brak w głosie Aeoline 8’ ton A, którą to piszczałkę z cyny stopu 75% wykonał osobiście Zdzisław Mollin. Gruntownie organy oczyściłem i rozpocząłem miejscową dezynsekcję. O sukcesie tych zabiegów świadczył według relacji proboszcza fakt zaprzestania osypywania się miału drzewnego koło konfesjonału pod chórem. W kolejnych latach instrumentem tym się nie zajmowałem. W 2005 roku dokonano miejscowego zabrudzenia wnętrza (fragment kanału, fragment górnej ramy miecha, odrzwia szafy) brunatem w celu zwalczania kornika, brudząc przy tej okazji kontuar pokryty kremową olejnicą. Od 2009 roku stałą opiekę nad instrumentem realizuje firma Organy dr Przemysław Lewko, obudowując tremolo wygłuszającą skrzynią, dokonując cyklicznych truć środkami do tego przeznaczonymi (niebarwiącymi), regulując trakturę.

Prospekt klasycystyczny składający z trzech owalnych arkad, z których środkowa jest największa, wypełniona w całości grającymi piszczałkami z Oktawy 4’ (C-F) i Pryncypału 8’ (mała oktawa). Arkady skrajne umieszczone skosem do osi kościoła wypełnione są w całości grającymi piszczałkami pryncypałowymi z małej i razkreślnej oktawy. Piszczałki prospektowe są cynkowe, podobnie wielka oktawa głosu Aeoline 8’. Wyjątek stanowią z tego głosu piszczałki: A oraz dawniejsze tonów dis, f ze stopu "naturgus". Pozostałe są jednorodne i pochodzą z warsztatu Eduarda Witteka. Organy zmontowano, wykorzystując wszystkie elementy pochodzące od Witteka, w tym tablice do układania ołowianych konduktów. Kanaliki tonowe wiatrownicy manuałowej posiadają upusty oklejone papierem, a kondukty powietrzne, z uwagi na umiejscowienie kontuaru, który przylega do boku szafy, biegną na niewielkie odległości, dzięki czemu instrument jest bardzo punktualny. Nie ma w nim ani jednego przekaźnika pośredniego. Stożki sterujące poruszają się w listwie prowadzącej. Całość jest obudowana. Wewnątrz znajdują się prawie w całości oryginalne membrany w fioletowej skóry szpaltowej. Pod wiatrownicą umieszczony jest oryginalny miech magazynowy. Na strychu znajduje się dmuchawa z regulatorem, wstawiona przez K. Urbańskiego. Nazwy rejestrów wg tabliczek wprowadzonych przez J. Sobiechowskiego.

W 2016 roku zdjęto boazerię przed malowaniem kościoła, co radykalnie zmieniło warunki akustyczne.