Budowę pierwszego instrumentu zakończył w czerwcu 1729 roku Michał Röder z Berlina. Budując jeleniogórskie organy, wzorował się na podobnym własnym dziele z 1721 r. w kościele św. Marii Magdaleny we Wrocławiu, którego jeleniogórskie organy były prawie wierną kopią. Nie ustępowały mu ani pod względem wystroju, ani brzmienia. Na zdobieniach snycerskich nad stołem gry widoczna jest data 1727. Nie jest to jednak data budowy, tylko ufundowania całej kompozycji organowo-ołtarzowej przez Christiana Gotfrieda Menzla. Zgodnie z jego życzeniem instrument usytuowany jest za ołtarzem. Mentzel wspomniał, że jeśli ktoś będzie chciał zmienić lokalizację organów, darowiznę swą w kwocie 30 000 talarów wycofa. Pierwotny instrument miał trakturę mechaniczną i wiatrownice klapowo-zasuwowe. Liczył 53 głosy rozdzielone na trzy manuały i pedał. Szafa organowa w barokowym stylu została wykonana przez śląskich stolarzy i rzeźbiarzy, m.in. przez jeleniogórskiego artystę Dawida Hilschera, a figury prospektowe wyrzeźbił J.J. Urbański. W prospekcie widzimy postaci czterech atlantów, liczne putta oraz alegoryczne wyobrażenia Fam dmących w trąby. Prospekt jeleniogórskich organów w porównaniu z wrocławskim instrumentem różnił się w zakresie wielkości i lokalizacji.

DYSPOZYCJA ORGANÓW M. RÖDERA

Organy kilkukrotnie przebudowywano: w 1752 powiększono do 62 głosów za sprawą znanego w Jeleniej Górze Jana Henryka Meinerta. Zamontował on dwie nowe wiatrownice, ponadto dokonał korekty dotychczasowego ustawienia dzwonków oraz umieścił w pedale dwa głosy. Ogólny koszt wykonanych prac wyniósł 125 talarów. Kolejną przebudowę organów przeprowadził w 1808 r. miejscowy organmistrz Samuel Meinert, który wyposażył on organy w nową klawiaturę (Echowerk) za sumę 240 talarów.

Od grudnia 1828 r. do 23 lipca 1830 r. trwała kolejna przebudowa instrumentu. Prowadził ją Karl Ferdinand Buckow (1801–1864), jeleniogórski organmistrz, budowniczy organów w pobliskich Mysłakowicach. Buckow znacznie rozszerzył rozpiętość tonalną klawiatur. Zlikwidował system przestrajania instrumentu i zabudował Echowerk. Wydatki związane z tymi remontami wyniosły 1126 talarów wraz z dopłatą wynoszącą 150 talarów. O szczegółach przeprowadzonego remontu przez Buckowa informowała miejscowa gazeta Der Volksfreud in den Sudeten w wydaniu z 7 października 1830 r. Dziennikarz informował czytelników, że odnowione organy mają 66 głosów (w tym doskonałe głosy językowe i 32-stopowy głos w pedale), 14 wiatrownic, 6 miechów, dzwonek oraz 3844 piszczałek. Ta sama gazeta poinformowała, że 1 listopada 1830 r. odbył się uroczysty koncert z okazji oddania do użytku liturgicznego odnowionych organów. Na program wspomnianego koncertu złożyły się kompozycje Johanna Sebastiana Bacha oraz miejscowego organisty Jana Schneidera.

W 1859 roku Christian Gottlieb Schlag przeprowadził remont i przebudowę, a w roku 1881 miejscowy organista Gustaw Kugler dokonał renowacji i oczyszczenia instrumentu. Parafia zleciła mu nadzór nad organami i i ich konserwację. Za swe usługi w tym zakresie miał otrzymywać roczne wynagrodzenie w wysokości 75 marek. Największej przebudowy instrumentu dokonała jednak firma Schlag & Söhne ze Świdnicy. Prace ukończono w czerwcu 1906 roku (niektóra źródła podają nieprawidłową datę 1905 - jest to rok rozpoczęcia prac). Zmieniono wówczas trakturę na pneumatyczną z wiatrownicami stożkowymi, wymieniono stół gry i zamontowano miechy magazynowe wielofałdowe. Organy zostały powiększone do 69 głosów. Ogólny koszt przebudowy wyniósł 20 545 marek. Około połowa piszczałek cynowych została wymieniona na nowe. Organy otrzymały także wówczas napęd elektryczny. Zostały zachowane dzwony oraz putta z bębnami. Zmieniono ich mechanizmy na zegarowe, umieszczając je wewnątrz prospektu. Echowerk został zlikwidowany. Organy mają odtąd 4571 piszczałek, trzy manuały (C–f³) i pedał (C–d¹). Planowano również budowę sześciogłosowej sekcji Fernwerku, ta jednak nigdy nie powstała. Dyspozycja tej sekcji miała być następująca:

Progress. aether. 2-3
Principal Flöte 4
Vox angelica 8
Koncert–Flöte 8
Stentorphon 8
Still–Gedeckt 16

Niekorzystne warunki atmosferyczne i brak konserwacji sprawiły, że ten wspaniały instrument był w złym stanie przez długie dziesięciolecia. Dzięki zabiegom i staraniom zmarłego w 2022 roku proboszcza, ks. dr. Andrzeja Bokieja, w roku 1996 przystąpiono do wstępnych prac zmierzających do naprawy niedomagających od wielu lat organów. Gruntownego ich remontu podjęła się firma organmistrzowska braci Stanisława i Bolesława Broszków z Częstochowy i Tomisławia k. Bolesławca. Nadzór nad tymi pracami sprawował Marian Dorawa z Torunia – rzeczoznawca Ministra Kultury i Sztuki do spraw konserwacji zabytkowych organów. Zakres prac przeprowadzonych w okresie od listopada 1997 r. do początków lipca 1998 r., obejmował m.in. gruntowne oczyszczenie całego instrumentu, konserwację jego drewnianych elementów, wymianę dotychczasowych mieszków, rekonstrukcję brakujących 289 piszczałek, renowację wszystkich piszczałek prospektowych. Równolegle z pracami organmistrzowskimi przeprowadzono konserwację technologiczną zewnętrznej oprawy organów, wykonaną przez Bogdana Liaszczuka, szefa grupy konserwatorskiej z Ukrainy pod kierunkiem Marii Lelek i Anny Hermanowicz, pracowników konserwacji zabytków z Krakowa.

Odremontowane organy dały asumpt do wznowienia pod koniec XX wieku dawnych tradycji festiwalowych. Ich gorącym zwolennikiem był wspomniany włodarz tutejszej świątyni garnizonowej – ś.p. ks. Bokiej. Z jego inicjatywy jeleniogórska świątynia garnizonowa zaczęła gościć wykonawców i publiczność Międzynarodowego Festiwalu Muzyki Organowej „Silesia Sonans”. Był on kontynuacją podobnych koncertów z II połowy XIX w. i pierwszej połowy XX stulecia. Swoją osobą festiwal zaszczycił biskup legnicki Tadeusz Rybak, który dokonał poświęcenia nowo odremontowanych organów przy współudziale i asyście miejscowego duchowieństwa i wiernych. Przez 25 lat swoją obecnością festiwal zaszczycili polscy i zagraniczni światowej sławy organiści: Andrzej Chorosiński (były dyrektor artystyczny), Joachim Grubich, Józef Serafin, Piotr Rojek i wielu innych wspaniałych muzyków. Warto również wspomnieć, że na sukces festiwalu złożyła się nie tylko wirtuozeria długoletnich sław w tej dziedzinie, ale także doświadczenie i wiedza długoletniego organisty tutejszej świątyni, mgr. Zenona Siegieńczuka. Służył on (i nadal to czyni) swoją pomocą zaproszonym wykonawcom podczas wszystkich dni festiwalowych, sam także występował w I i XVI edycji festiwalu.

W obecnej chwili organy otoczone są opieką i znajdują się pod ścisłym nadzorem. Przeprowadzane są bieżące konserwacje, regulacje i strojenia. Instrument jest w pełni sprawny, służy do liturgii i w celach koncertowych na potrzeby odbywających się od ponad ćwierć wieku wzmiankowanych powyżej koncertów.