2 lutego 1946 roku ksiądz proboszcz Marceli Mrozek poinformował wiernych z ambony o możliwości budowy organów w kościele, który jest byłą katedrą unicką. Bp Stefan Wyszyński, późniejszy prymas Polski, wsparł inicjatywę odezwą do kapłanów:

Ukochani Konfrates
Kościół Parafialny Mariacki w Chełmie nie posiada dotychczas organów, zarówno podniesienie Chwały Bożej jak i dostojność Świątyni Pani Chełmskiej wymaga, by ofiarnością całego społeczeństwa Chełmskiego zostały wybudowane organy godne tego miejsca, i dlatego pochwalam inicjatywę Proboszcza Parafii Mariackiej zmierzającą do wybudowania w tej świątyni organów. Proszę też wielebne duchowieństwo Chełmszczyzny, by inicjatywę tę życzliwie przyjęło, poparło u swych parafian słowem zachęty.

Prace powierzono firmie Wacława Biernackiego z Krakowa. Pierwotnie miały powstać nowe organy 41-głosowe z trzema manuałami i klawiaturą nożną, jednak 22 października 1946 r. Biernacki przesłał pismo, w którym napisał, że jego firma otrzymała do sprzedania organy Wilhelma Sauera, niemieckiego organmistrza z Frankfurtu nad Odrą. 14 listopada tego samego roku podpisano z firmą Biernacki i Spółka umowę na montaż tego instrumentu. Powołano Komitet Budowy Organów, który pomagał zbierać fundusze. W skład jego wchodzili: prof. Kazimierz Janczykowski (przewodniczący), insp. Feliks Sobieszczuk (wiceprzewodniczący), dyr. Ksawery Najdek (skarbnik), oraz organista Józef Kaczorek (sekretarz).  

Organy do Chełma sprowadzono z Wrocławia wagonem kolejowym, a z dworca do kościoła samochodem oraz ręcznie. Przy transporcie pomagali uczniowie Technikum Mechanicznego w Chełmie. Montaż trwał kilka miesięcy i chociaż na częściowo złożonym instrumencie Józef Kaczorek zagrał już w czasie rezurekcji 1947 r., to całość ukończono w sierpniu tego roku.

Pierwszy koncert na instrumencie odbył się 31 sierpnia 1947 r. w wykonaniu Feliksa Rączkowskiego, profesora Konserwatorium Warszawskiego. Zabrzmiały wówczas następujące utwory: Improwizacja nt. pieśni „Święty Boże” M. Surzyńskiego; Benedictus op. 59 nr 9 M. Regera; Toccata, adagio i fuga C-dur BWV 564 J.S. Bacha; M. Theme et Variations cis-moll op. 115 M.E. Bossiego; Toccata (Allegro) z V Symfonii F-dur, op. 42 nr 1 Ch.M. Widora. Po koncercie [rof. Rączkowski w liście do ks. Mrozka pisał m.in.: Muszę Księdzu Proboszczowi powinszować, że chociaż nie największe, ale najlepsze organy zainstalował Ks. Proboszcz na Górze Chełmskiej. Jest to instrument jeden z najlepszych firm niemieckich Sauera wykonany bardzo solidnie pod każdym względem. 

W wigilię odpustu, tj. 07 września 1947 r. o godz. 16:00 bp Zdzisław Goliński, sufragan lubelski, dokonał poświęcenia organów.

Na instrumencie koncertowali również: Piotr Podobiński – Prezes Związku Organistów – organista kościoła św. Pawła w Lublinie i prezes Związku Organistów diecezji lubelskiej; Stanisław Koszowski – nauczyciel w szkole organistowskiej i organista w kościele dominikanów w Lublinie; Saweryn Ślepczuk – organista w Lublinie na Kalinowszczyźnie; Zdzisław Ochalski – dyrektor Diecezjalnej Szkoły Organistów i organista w Katedrze Lubelskiej; Massimo Nosetti – organista z Turynu (Włochy); Mark Keane i Jerry Martin z Irlandii oraz Robert Brodacki, Robert Grudzień, Hanna Dys i Jan Bartłomiej Bokszczanin. 

Instrument ma 40 głosów, w tym cztery językowe, trzy manuały o skali C–g³ i pedał o skali C–f¹, wiatrownice stożkowe. Rok budowy i numer opusowy do dnia dzisiejszego nie jest dokładnie znany. Po weryfikacji uznano, że organy powstały najprawdopodobniej w 1903 r., a numer opusowy mógł wynosić ok. 912.