Wyposażenie poświęconego w 1992 roku kościoła w Czorsztynie pochodzi z nieistniejącej już świątyni w starych Maniowach, zalanych w wyniku budowy zapory. Historia przeniesionych stamtąd organów zaczyna się jednak gdzie indziej.

W 1781 roku Jakub Stankiewicz wybudował organy w parafialnym kościele św. Andrzeja w Tyńcu. Umieścił on we wnętrzu wiatrownicy manuałowej następujący zapis: Maryjo Najświętsza Syna Ma [...] Proszę nieracz pogardzić lichą pracą moią Ten pozytyw stanął w roku 1781 za pilnym staraniem [...] Pleb. Tynieckiego. Jakub Stankiewicz Organmistrz i mieszczanin w Zatorze. 

Kościół ten został niedługo potem, bo w 1835 roku, zburzony, a instrument Stankiewicza trafił do kościoła klasztornego, gdzie znajdował się do 1959 roku. Oryginalna dyspozycja wyglądała następująco:

Pryncypał 4’ (prospekt)
Salicynał (4’ lub 8’)
Quinta 3’
Octava 2’
(Quinta 1½’?)
(Sedecima 1’?)
Mixtura
Flet Minor 4’
Flet Major 8’

Ustalono, że instrument w połowie XIX wieku remontował Ignacy Wojciechowski, który pozostawił swoją sygnaturę w wiatrownicy. Dokonał on także pewnych zmian w dyspozycji, między innymi przerobił głos Pryncypał 4’ na 8’, dodając najniżej brzmiące kryte piszczałki drewniane i pozostawiając większość piszczałek roboty Stankiewicza. Również Octava została obniżona o oktawę, do czego organmistrz wykorzystał piszczałki z głosu Salicynał. Kolejny remont miał na przełomie XIX i XX wieku przeprowadzić Tomasz Fall, jednak nie jest to informacja poparta źródłami. Na pewno z kolei przy instrumencie pracował Bartłomiej Ziemiański, który remontował go w roku 1946, a rok później dobudował dwugłosową sekcję pedału systemu stożkowego. W związku z budową nowych organów poprzednie zostały sprzedane parafii w Maniowach. Za translokację i remont w 1959 roku odpowiedzialny był również Ziemiański, który pozostawił po sobie wpis na obudowie sekcji pedału potwierdzający ten fakt. Z jego warsztatu pochodzą oprócz sekcji pedału głosy Salicional 8’ i Voix Celeste 8’ oraz dwurzędowa Mixtura.

W 1992 organy trafiły na obecne miejsce po wyremontowaniu przez krakowską Pracownię Konserwacji Zabytkowych Organów. Postanowiono nie zmieniać dyspozycji zastanej w Maniowach, a prace polegały głównie na naprawieniu zniszczeń spowodowanych przez drewnojady, a także renowacji oryginalnych piszczałek prospektowych. Odbiór instrumentu miał miejsce 4 sierpnia 1992 roku.

Obecnie organy wymagają remontu. Największym problemem jest złe funkcjonowanie włączników rejestrowych. Oprócz tego pojedyncze dźwięki niektórych głosów nie działają, głos Voix Celeste dostaje za mało powietrza, przez co praktycznie się nie odzywa, głosy są rozstrojone, ostatni klawisz zapadnięty, a dźwięki w pedale się zacinają. Są także ubytki w prospekcie. Możliwe, że od lat 90. nikt nie przeprowadzał poważniejszych napraw.

Wiatrownica manuałowa oryginalna, klapowo zasuwowa, pedałowa stożkowa. Za szafą miech pływakowy z zachowaną dźwignią do kalikowania pochodząct z warsztatu Ziemiańskiego. Stół gry wbudowany w lewy bok szafy patrząc od ołtarza. Prospekt barokowy, pięcioosiowy, na którym widnieją trzy daty umieszczone podczas ostatniej translokacji: 1781 – data budowy instrumentu, 1802 – błędna data budowy kościoła w Maniowach, którą podał urząd konserwatorski w Nowym Sączu; po wielu latach okazało się, że właściwy jest rok 1819, 1992 – data konsekracji kościoła w Czorsztynie.

Skala manuału: CDEFGA–c³ (klawiatura C–c³); skala pedału: C–f.