Poprzednie wilkanowskie organy powstały około 1736 roku. Prawdopodobnie z tego okresu pochodzi stojący do dziś w świątyni prospekt autorstwa Michaela Klahra. W dokumentach parafialnych wspomniany jest ich generalny remont wykonany w 1815 roku przez Kuttlera z Vidnova. Rozbudowano wówczas organy o kilka głosów. Następna wzmianka dotyczy częściowej przebudowy dokonanej przez Josepha Luxa z Lądka w 1866 roku.

W roku 1915 za zabytkowym prospektem Franz Lux postawił nowe organy. W ocenie wielu ludzi charakteryzowały się one szlachetnym bogactwem dźwięków. Pozytywne opinie pojawiły się także w miejscowej prasie. Instrument miał pierwotnie 21 głosów. Jego reperacja odbyła się w 1926 roku. Przeprowadził ją lądecki organmistrz Georg Eduard Zimmer. Po ukończonych pracach organy zabrzmiały w uroczystość Wszystkich Świętych.

W październiku 1937 r. zlecono firmie Berschdorfa z Nysy naprawę wilkanowskiego instrumentu, podczas której zdecydowano o budowie nowego stołu gry. Prawdopodobnie z intencją dalszej rozbudowy organów pozostawiono pięć nieopisanych włączników rejestrowych (taki stan utrzymuje się po dziś dzień). Ten sam zakład organmistrzowski sprawował pieczę nad instrumentem do 1945 roku.

Na początku XXI stulecia stan organów uległ znacznemu pogorszeniu. W latach 2003–2004 zaopiekował się nimi miejscowy stolarz Adolf Musioł. Dokonał reparacji niektórych piszczałek drewnianych, sporządził nowe wiatrownice dla sekcji manuału I i pedału. Także jego staraniem organy otrzymały dwa zrekonstruowane, jednofałdowe miechy. W związku z decyzją diecezjalnej komisji muzyki kościelnej dalsze naprawy nie doszły do skutku.

W 2005 roku Wojewódzki Konserwator Zabytków wyraził zgodę na remont, który wykonać miała firma Stanisława Broszko z Częstochowy. Przeprowadzono szereg prac mających ocalić instrument. Prace obejmowały między innymi rekonstrukcję brakujących piszczałek Mixtury oraz uszkodzonych elementów, wymianę dmuchawy, czyszczenie i konserwację oraz zabezpieczenie przed drewnojadami. Remont zabytkowego prospektu trwał od czerwca do października 2005 roku. Całość wykazywała znaczne zniszczenie za sprawą drewnojadów. Na licowej stronie szafy organowej odnowiono warstwę malarską oraz położono szaroczerwoną marmoryzację. Elementy dekoracji wcześniej ostatni raz odnawiano w XIX stuleciu. Zgodnie z zamierzeniami autora podczas ostatniej konserwacji złocono je na mat i poler, co potęguje wrażenie przestrzenności detali architektonicznych. Odbioru po remoncie dokonał ks. mgr Piotr Dębski, referent Legnickiej Kurii Biskupiej ds. muzyki kościelnej w obecności proboszcza ks. Mariana Prochery oraz organmistrzów Stanisława i Bolesława Broszków. Po wydaniu pozytywnej opinii zorganizowano koncert inauguracyjny. Obecnie instrument wymaga strojenia oraz drobnych napraw.