Pierwsza wzmianka o organach w lidzbarskiej farze pochodzi z ok. 1710 r. i mówi o budowie nowego instrumentu przez Johanna Wulffa. Kolejna znana wzmianka z 1742 roku mówi o reperacji wielkich organów przez organmistrza Friedricha Melihna z Bisztynka. Określenie tego instrumentu jako wielkich organów daje dość pewne przypuszczenie, że w XVIII wieku funkcjonowały drugie, mniejsze organy. Duży instrument w 1854 roku miał 40 głosów na trzech sekcjach manuałowych (Rückpositiv, Hauptwerk, Brustwerk?) i jednej pedałowej.

W związku z przebudową i rozbudową kościoła w latach 1891–1896 jego rządcy zdecydowali o budowie nowych organów. Stary instrument funkcjonował jeszcze około roku po zakończonych pracach, ponieważ już w 1898 roku został zbudowany na neogotyckiej emporze nowy przez firmę Schlag & Söhne ze Świdnicy. Organy Schlagów miały 42 głosy rozdzielone najprawdopodobniej na cztery sekcje brzmieniowe (trzy manuały i pedał) z wiatrownicami skrzyniowymi. Wedle innych źródeł organy mieć miały jedynie 36 rejestrów (także z trzema manuałami). Był to najprawdopodobniej jedyny instrument tej firmy na terenie dawnej prowincji Prusy Wschodnie. Dotrwał on jedynie do 1928 r., kiedy na skutek umyślnego zaprószenia ognia spłonął wraz z całą emporą organową.

Kolejny instrument z 52 głosami został zbudowany w 1929 r. przez firmę Bruno Goebel Söhne z Królewca. Jest to opus 365 tej firmy. Prawdopodobnie przy budowie nowych organów wykorzystano niektóre piszczałki z wcześniejszych organów Schlaga. Instrument zaplanowano tak aby możliwe było jego powiększenie do 62 rejestrów, co potwierdzają wolne włączniki, przygotowane pod nigdy niezamontowane brakujące głosy (obecnie nieznane). Razem z organami katedry św. Mikołaja w Elblągu (1926, trzy manuały i pedał, 53 głosy) i instrumentem kościoła św. Jana w Ornecie była to jedna z największych realizacji tej firmy w latach 20. XX w. Najprawdopodobniej razem z organami powstała nowa neobarokowa empora. Organy przetrwały wojnę i istnieją w praktycznie oryginalnym stanie z 1929 roku do dnia dzisiejszego (poza głosem Clarine 4’).

Instrument umieszczony jest na zachodniej emporze w głównej nawie kościoła w modernistycznej szafie organowej. Wolnostojący stół gry zbudowany przez firmę Goebel (w tamtym okresie firma m.in. do swoich organów w Ornecie zamówiła kontuar firmy Laukhuff) znajduje się centralnie przed instrumentem. Wiatrownice typu Taschenlade działają w systemie upustowym. Każda sekcja instrumentu ma przynajmniej dwie wiatrownice tego typu. Posadowienie poszczególnych wiatrownic wygląda następująco:

• sekcja manuału I umieszczona jest bezpośrednio za ścianą prospektu, po północnej stronie szafy organowej, przy czym jej labialne głosy podstawowe (16’, 8’) i rejestr Trompete 8’ znajdują się na wiatrownicy górnej tuż za piszczałkami prospektowymi, zaś rejestry wysokostopowe (począwszy od głosów 4’) na wiatrownicy dolnej za cokołem szafy organowej; głosy, które znajdują się w prospekcie manuału I, mają oddzielne mniejsze wiatrownice umieszczone bezpośrednio za prospektem organów,
• sekcja pedałowa umieszczona jest również zaraz za ścianą prospektową, po południowej stronie szafy organowej, jednak jej labialne głosy podstawowe (16’, 8’) i rejestr Posaune 16’ znajdują się na wiatrownicy górnej tuż za piszczałkami prospektowymi, zaś rejestry wysokostopowe (4’ i mikstura) oraz kryty rejestr 10⅔’ na wiatrownicy dolnej w cokole szafy organowej; głosy pedału znajdujące się w prospekcie mają własne wiatrownice za prospektem,
• sekcja manuału II umieszczona jest w skrzyni ekspresyjnej przy zachodniej ścianie kościoła, po północnej stronie szafy organowej, przy czym na wiatrownicy dolnej znajdują się rejestry wysokostopowe, mieszane, głos Undamaris 8’ oraz językowy głos Clarinette 8’, zaś na wiatrownicy górnej głosy podstawowe 16’ i 8’ oraz rejestr Oboe 8’; dostęp do tej sekcji jest bardzo utrudniony, ponieważ nie ma ona żadnych drzwi; powoduje to konieczność rozbiórki żaluzji w celu prac organmistrzowskich bądź strojenia,
• sekcja manuału III umieszczona jest przy zachodniej ścianie kościoła, po południowej stronie szafy organowej, obok sekcji manuału żaluzjowego, przy czym na wiatrownicy dolnej znajdują się rejestry 8’ oraz głosy językowe Dulcian 16’ i Krummhorn 8’, zaś na wiatrownicy górnej rejestry wysokostopowe, głos mieszany Cymbel 2-3fach oraz rejestr Quintatön 8’. Wiatrownica górna tej sekcji połączona jest z dodatkową niewielką wiatrownicą dla najwyższej oktawy połączenia superoktawowego.

Organy Goebla w lidzbarskiej farze są bardzo interesujące między innymi pod względem brzmieniowym. Dyspozycja organów osadzona jest w dużym stopniu w estetyce późnego i schyłkowego romantyzmu, częściowo zaś w estetyce typowej dla tzw. reformy organowej późnych lat 20. i wczesnych lat 30. XX wieku. Nieznane są dodatkowe głosy, które nie zostały nigdy zamontowane. Mimo to w wykonaniu instrumentu daje się zauważyć pewien kryzys w wschodniopruskim budownictwie organowym. Rozmieszczenie instrumentu jest dość chaotyczne, do niektórych elementów instrumentów dostęp jest bardzo utrudniony (np. do wspomnianej już szafy Schwellwerku). Równie interesująca jest konstrukcja niektórych piszczałek. Daje się przy tym zauważyć bardzo duży udział cynku w piszczałkach metalowych.

W dość dużej części zachowany materiał piszczałkowy organów Goebla jest jednorodny i powstał w 1929 r. Mimo to, istnieją w instrumencie piszczałki labialne obcej proweniencji, mające różne sygnatury, pochodzące najprawdopodobniej z instrumentu firmy Schlag & Söhne z 1898 r. Co ciekawe, za wyjątkiem rejestru Clarine 4’ z manuału I w materii brzmieniowej nie nastąpiły przekształcenia dyspozycji. Nie ma również znaczących ubytków piszczałek. Stan piszczałek metalowych można określić jako dobry, pomijając nieliczne małe uszkodzenia. 

W organach z racji oszczędności środków finansowych oraz miejsca zastosowano transmisje. Z manuału III do pedału transmitowane są językowe rejestry Dulcian i Krummhorn. Principalbass 32’ jest uzyskiwany akustycznie z głosów Nasard 10⅔’ i prawdopododbnie Contrabass 16’. Transmisją (z sekcji manuału II oraz III) są najprawdopodobniej również rejestry Sanftbass 16’, Bassflöte 8’ oraz Salicetbass 8’. Także pedałowa pięciochórowa mikstura najprawdopodobniej korzysta z piszczałek rejestru Choralbass 4’. W sekcji manuału II głosy mieszane korzystają częściowo ze wspólnych piszczałek, ponieważ łączna liczba rzędów istniejących na wiatrownicy dolnej tej sekcji głosów mieszanych jest mniejsza niż ta, na którą wskazują oznaczenia na manubriach.

Instrument zasilany jest przez dwa duże miechy wielofałdowe, do których powietrze dostarcza wymagająca wymiany dmuchawa elektryczna. Na wypadek braku dostawy prądu instrument ma tylko jedno stanowisko do kalikowania.

Przed 2017 r. organy były niezdatne do jakiegokolwiek użytku. Duża liczba mieszków znajdujących się w wiatrownicach upustowych była dziurawa, przez co wiele tonów ciągle grało, nawet bez włączania jakiegokolwiek rejestru. Ponadto we wnętrzu instrumentu można było zauważyć dużą działalność drewnojadów. W latach 2017–2020 gruntowną renowację instrumentu wykonała firma Nawrot i Synowie z Wronek. Niestety po tych pracach organy, poza kilkoma wyjątkami, wykorzystywane są jedynie do celów liturgicznych. 

Wartość organów potwierdza fakt, iż są to największe zachowane historyczne organy na terenie Warmii oraz dawnych Prus Wschodnich. Trzeba również stwierdzić, że jest to również jeden z najbardziej kompletnych wielkich instrumentów na Warmii.

Skala manuałów: C–g³; skala pedału: C–f¹.