Pierwszy ewangelicki kościół został wzniesiony został w 1636 roku. Po 116 latach obiekt groził już zawaleniem. Kiedy w 1752 r. próbowano wynegocjować zgodę od władz polskich na budowę nowej świątyni, te, prawdopodobnie za namową duchowieństwa katolickiego (proboszcza ze Zwierzna), zadecydowały, że zgodzą się na budowę nowego kościoła, pod jednym warunkiem – ma on zostać zbudowany w 24 godziny. Przygotowano materiał i w ciągu dnia obudowano stary kościółek, który potem wewnątrz rozebrano. Nowy kościół wykonany był z muru pruskiego, bez wieży i dzwonów. Poświęcony został w 1794 roku. Mimo to już w latach 1753-1754 w kościele pojawiły się organy zbudowane przez Christopha Heinricha Obucha. Kiedy proboszcz parafii katolickiej w Zwierznie dowiedział się o nowej inwestycji, wszelkimi siłami blokował główne drogi w okolicach Jeziora. W związku z tym w październiku 1753 roku Obuch przetransportował nowe organy kawałek po kawałku bocznymi dróżkami oraz kanałami i rzekami do kościoła. Poświęcony 7 stycznia 1754 roku instrument mógł mieć następująca dyspozycję (wg J. Jancy):

Rejestry dodatkowe:

Tremulant
Glockenrad
2 Trompetenengel
Adler

W 1888 roku Żuławy Elbląskie zastały znacznie zalane. W tym też czasie organy mogły zostać poważnie uszkodzone, ponieważ już w 1889 roku zostaje zbudowany nowy 14-głosowy instrument przez firmę organmistrzowską Augusta Terletzkiego z pobliskiego Elbląga (ta sama firma zbudowała 15-głosowe organy w pobliskim zborze menonickim). Według katalogu firmy, wydanego w 1908 roku, organy miały mieć 15 głosów. Musi to być błąd w druku, ponieważ cięgieł rejestrowych jest jedynie 14. Organy mają obecnie pneumatyczną trakturę, co wynikałoby, żę mogą być jednymi z pierwszych w Prusach Zachodnich i Wschodnich, które jako pierwsze otrzymały taki system. Brak tej informacji w materiałach reklamowych firmy (zamiast tego występują instrumenty Terletzkiego w Żarnowcu z 1889 r. i Gniewinie z 1890 r.) pozwala stwierdzić, że organy kościoła ewangelickiego w Jeziorze otrzymały pneumatykę nieco później. Ze starych organów Obucha Terletzki wykorzystał szafę. W roku 1898 został zbudowany nowy kościół na miejscu starego. Instrument przeniósł najprawdopodobniej Eduard Wittek z Elbląga (następca A. Terletzkiego) i najprawdopodobniej wtedy wstawiony został system pneumatyczny.

Świątynia po 1945 roku stała opuszczona przez prawie trzy lata. Dopiero w 1948 r. została włączona do parafii Zwierzno, a samodzielna parafia powstała w 1962 roku. W latach 40. instrument musiał pozostawać nieczynny, ponieważ, jak zanotowano w aktach wizytacyjnych, jedyną niewykonaną pracą był gruntowny remont organów, który został przeprowadzony wiele lat później.

W instrumencie brakuje jednego głosu, wiele piszczałek jest obcej proweniencji. Ponadto widać, że organy były niefachowo naprawiane. Około roku 2013 niewielkie reperacje instrumentu przeprowadził Sławomir Tyburski z Nowego Dworu Gdańskiego. W sposób amatorski zamontował on również rejestr Cymbelstern. W elementach drewnianych zaś widać działanie szkodników drewna. W związku z tym organy wymagają kompleksowej renowacji. 

Skala manuałów: C-f³; skala pedału: C-d¹.