Pierwsze organy w Muchówce zostały sprowadzone do kościoła w 1948 roku, a na miejscu montował je Józef Mrózek z Kisielówki. Był to instrument zbudowany w 1871 r. przez Józefa Szymańskiego z Warszawy dla kościoła jezuitów w Piotrkowie Trybunalskim. Miał 11 głosów, jeden manuał i pedał oraz trakturę mechaniczną. Jego dyspozycja była następująca:

Jednak już w 1971 r. tak określano stan tego instrumentu: organ stary – zużyty – Mixtura zupełnie nieczynna – piszczałki drewniane zniszczone przez robactwo w dużym procencie. Zapewne dlatego rozpoczęto starania o wymianę organów. Stanisław Wilewski budował je w latach 1983-1985, ale nie ukończył prac. Prawdopodobnie ze starych organów wykorzystał piszczałki drewniane w sekcji pedału. Dopiero w 1993 r. Włodzimierz Truszczyński podczas budowy organów w pobliskiej Leszczynie uruchomił instrument. 14 października tegoż roku organy zostały oficjalnie odebrane.

Prospekt złożony z trzech grup piszczałek, flankowany niewielkimi nieznacznie zryzalitowanymi segmentami złożonymi każdy z trzech piszczałek równej długości. Grupa środkowa najwyższa, złożona z piszczałek równej długości sięgających do stropu nawy kościoła. Grupy boczne złożone z piszczałek o długościach korpusu rosnących dośrodkowo. Prospekt osadzony na zredukowanym cokole odzwierciedlającym podział piszczałek na grupy (część pod grupą środkową nieznacznie cofnięta).

Wiatrownice stożkowe. Dwa miechy pływakowe ustawione jeden nad drugim w tylnej części szafy. Dmuchawa elektryczna. Stół gry wolnostojący na osi prospektu o dwóch klawiaturach ręcznych (C–a³) i klawiaturze nożnej (C–f¹).