Wiadomo o dwóch instrumentach piszczałkowych zainstalowanych na terenie parafii. W początkowych latach jej istnienia do kościoła sprowadzono z Warszawy fisharmonię (źródło: Wspomnienia Franciszka Sitnika – narodziny parafii w Hajnówce). W kronice parafialnej pierwsza wzmianka o organach piszczałkowych pojawia się w roku 1934 i traktuje o zakupie instrumentu przez ówczesnego proboszcza, ks. Stepka. W trakcie ich montażu w roku 1936 w kaplicy wybuchł groźny pożar, podczas którego budynek spłonął. Organy wraz z innymi elementami wyposażenia świątyni na szczęście zdołano uratować. Według kroniki, 4 października 1966 roku organomistrz Władysław Kaczmarek przystąpił do reperacji organów. […] 30 października 1966 roku [organy] zostały uruchomione po gruntownym remoncie i zainstalowaniu dmuchawy elektrycznej [...]. Organy były zbudowane przez firmę Orłowski w Wilnie w latach 1935-1936. Miały 7 głosów w manuale i 3 w pedale. W 1936 roku przed ostatecznym uruchomieniem zostały uratowane w czasie pożaru kaplicy. Użytkowane od 1937 roku w nowym kościele do września 1951 roku, kiedy remont wykonał Szczepan Zieliński z Łomży. Nieczynne od 12 sierpnia 1964 roku po odcięciu miechów, na remont czekały dwa lata. […] W listopadzie 1972 roku organomistrz Witold Przytulski z Gdańska dokonał naprawy i strojenia organów. Instrument ten został później przeniesiony do miejscowości Kłopoty-Stanisławy, gdzie znajduje się obecnie.

Budowę kolejnej (trzeciej z kolei, istniejącej obecnie), murowanej świątyni zakończono w 1965 r. Istniejący instrument prawdopodobnie okazał się zbyt mały na potrzeby nowego kościoła. Staraniem proboszcza, ks. Alfonsa Trochimiaka, 5 maja 1975 roku podpisano umowę zakupu 28-głosowych organów firmy Schlag und Sohne (opus 922) znajdujących się w popadającym w ruinę kościele ewangelicko-augsburskim w Jedlinie Zdroju (zachowała się fotografia instrumentu przed translokowaniem go do kościoła w Hajnówce). Na podstawie zachowanych zdjęć można stwierdzić, że podstawa szafy organowej została znacznie skrócona z powodu zbyt małej wysokości wnęki na chórze w miejscu docelowym.

Wskutek skrócenia podstawy szafy organowej o co najmniej metr, we wnętrzu instrumentu zapanowała ciasnota – część sekcji pedału znajduje się na wiatrownicy umieszczonej na dolnym poziomie za miechami (tuż przy ścianie frontowej świątyni), a część przeniesiono poziom wyżej, za sekcję manuału I; niektóre z piszczałek głosu Octavbass 8' i Subbas 16' ustawiono na niewielkich wiatrownicach w wolnej przestrzeni między ramą szafy a ścianą świątyni, a dźwięki C i C# Bourdonu 16' z manuału I wiszą do góry nogami wewnątrz szafy w przeciwnych rogach instrumentu. Widoczne w prospekcie piszczałki należą w większości do głosu Prinzipal 8' z sekcji manuału I.

Przez wiele lat wspólnota nie zdawała sobie sprawy z ogromnej wartości instrumentu. Prawdopodobnie kolejnymi usterkami nie przejmowano się zbyt mocno – w kalendarium brak informacji na temat przeprowadzanych remontów. Osoby mające do czynienia z instrumentem w połowie lat 90. ubiegłego wieku twierdzą, że był w stanie agonalnym.

W ramach Hajnowskiej Jesieni Poetyckiej dnia 30 września 1994 roku na organach Schlaga koncert zagrał Józef Kotowicz. Stwierdził później, że organy nadają się do przeprowadzania koncertów, lecz wymagają generalnego remontu. Rok później w trakcie tego samego wydarzenia swoje umiejętności zaprezentowała Maria Terlecka z Akademii Muzycznej w Białymstoku – instrument uprzednio nastrojono.

4 lutego 1997 roku, po śmierci ks. Trochimiaka, nowym proboszczem został ks. kan. Marian Świerszczyński. Już w kilka miesięcy po objęciu probostwa podjął decyzję o gruntownym remoncie i renowacji organów. Przy tej inwestycji dużej pomocy udzieliła Fundacja Współpracy Polsko-Niemieckiej (na szafie organowej w pobliżu stołu gry umieszczona jest niewielka tablica upamiętniająca wsparcie Fundacji). Proboszcz niemalże równolegle zdecydował się powołać do istnienia Hajnowską Fundację Muzyki Kameralnej i Organowej (numer KRS 0000024839).

Remontu na przełomie lat 1997-1998 dokonała firma Zych z Wołomina we współpracy z miejscowym organistą, Zbigniewem Maćkowiakiem. Zdecydowano się wtedy na wbudowanie stołu gry w centralną część szafy organowej, w celu zwiększenia dostępnej przestrzeni na chórze muzycznym (organista siedzi tyłem do ołtarza i akcję liturgiczną obserwuje w lustrze zamocowanym nad głową). 3 maja 1998 roku biskup drohiczyński Antoni Dydycz poświęcił odnowione organy, a zaproszony specjalnie na tę okazję organista Wiktor Łyjak zainaugurował swoim koncertem drugą edycję Hajnowskiego Festiwalu Muzyki Kameralnej i Organowej, który nieustannie od dwudziestu lat odbywa się latem w okolicznych świątyniach. Ponadto kilka lat temu koncerty w Hajnówce włączono w ramy cyklu Podlaskie Koncerty Organowe.

Obecnie organy nie są w najlepszym stanie. Szwankuje zarówno traktura gry, jak i rejestrów, pojawiają się liczne opóźnienia (problem dotyczy głównie rejestrów, choć przy szybkich pasażach również da się odczuć brak punktualności w pneumatyce gry), zawieszenia tonów – szczególnie przy użyciu połączeń między klawiaturami a pedałem, problemy z intonacją i zużyciem piszczałek, spadki ciśnienia związane z nieszczelnością konduktów i kontuaru (miechy i dmuchawa w dobrym stanie), ponadto dużym utrudnieniem przy graniu literatury jest znaczne uszkodzenie pneumatyki wolnych kombinacji. Niesprawny od wielu lat jest także wałek crescendowy. Mimo licznych problemów, instrument dobrze sprawuje się przy akompaniamencie liturgicznym. Od ostatniego generalnego remontu, organy Schlaga w Hajnówce są pod opieką organmistrza, który kilka razy w roku dokonuje strojenia i niezbędnych drobnych napraw. Parafia przygotowuje się do kolejnego generalnego remontu tego wartościowego instrumentu.