Pierwsze wzmianki o istnieniu organów w kościele w Pomorskiej Wsi pochodzą z początku XVIII wieku. W 1722 roku zakupiono stare organy z kościoła Bożego Ciała w Elblągu za 100 florenów. Był to instrument zbudowany w 1630 roku prawdopodobnie przez elbląskiego budowniczego organów Johanna Wernera. Przy jego translokacji do Pomorskiej Wsi został on gruntownie zreperowany i powiększony o dwa poboczne rejestry: Cymbel-Stern oraz Pauken. Wykonawca tych prac pozostaje nieznany, można jednak przypuszczać, że był nim budowniczy organów Andreas Hildebrandt, który wzniósł w 1718 roku nowe organy dla wspomnianego kościoła w Elblągu. W latach 20. XVIII wieku był on jeszcze aktywny na terenie terytorium elbląskiego, na którym to Pomorska Wieś się znajdowała.

W 1852 roku gmina parafialna kupiła kolejny używany instrument, tym razem z ewangelickiego kościoła w Mariance koło Pasłęka. Według inskrypcji w szafie organowej organy zbudował w 1699 roku Johann Josua Mosengel, organmistrz z Królewca. Dzieło to liczyło 8 głosów:

Umowę sprzedaży między gminami na kwotę 185 talarów podpisano 19 marca 1852 roku. Rok później organy zostały przeniesione do Pomorskiej Wsi i zamontowane przez Johanna Rohna z Ornety.

Kupno starych wysłużonych organów dało efekt już po kilku latach. Na początku lat 80. XIX wieku konieczne było przeprowadzenie gruntownej naprawy. Kosztorys na naprawę instrumentu przygotował w czerwcu 1881 roku August Terletzki, organmistrz z Elbląga. Opiewał on na sumę 278 marek. Za zgodą rejencji w Gdańsku umowę podpisano 16 marca 1882 roku. Terletzki okleił na nowo miechy czerpakowe i uszczelnił kanały powietrzne. Na miejscu rejestru Jula 8’ z częściowym wykorzystaniem starych piszczałek wstawiony został Geigenprincipal 8’. Poza nim, wszystkie pozostałe piszczałki wyciągnięto z instrumentu i oczyszczono. Zreperowano także mechanikę traktury, klawiaturę manuałową oraz rejestr Cymbelstern. Terletzki w swoim kosztorysie zaproponował także m.in. uzupełnienie brakujących tonów w dolnej skali manuału oraz dobudowę dwugłosowego pedału. Czynniki finansowe zmusiły gminę do poprzestania na podstawowym pakiecie. Mimo to stan instrument wymusił podczas reperacji dodatkowe prace, które finalnie zamknęły się kosztem 525 marek.

Mimo przeprowadzonych prac stan instrumentu nadal się pogarszał. W 1892 roku kolejna naprawa pociągnęła za sobą 60 marek. Dwa lata później powstał pomysł przebudowy organów na instrument z 8 głosami na dwóch sekcjach manuałowych i jednej pedałowej. Pomysł jednak odrzucono.

W listopadzie 1897 roku rada parafialna podjęła decyzję o budowie nowego instrumentu. Wieloletnie problemy z dotychczasowymi organami stanowiły ważny argument w uznaniu potrzeby tej inwestycji – państwo pruskie jako patron kościoła było zobowiązane do pokrycia 2/3 kosztów inwestycji. 2 grudnia 1897 roku elbląski organmistrz Eduard Wittek sporządził opinię stanu instrumentu, która wskazywała zapewne na bezsensowność dalszych napraw i tym samym załączył ofertę budowy nowego dzieła. Nowe organy miały otrzymać 9 głosów, o 1 więcej niż dotychczasowy instrument Mosengela. Mimo że nie była to duża różnica tak głębokość szafy organowej należałoby znacząco zwiększyć: instrument Mosengela był głęboki jedynie na 70 cm, planowane organy Wittka miały posiadać szafę o głębokości ok. 1,9 m. Wiązało się to dodatkowo ze wzmocnieniem empory muzycznej, na której znajdowały się zabytkowe malowidła. Nadzór nad tym zadaniem jak również kwestię obliczeń statycznych przypadły Królewskiemu Powiatowemu Inspektorowi Budowlanemu Carlowi Geickowi z Elbląga, który otrzymał także pełnomocnictwo Prowincjonalnego Konserwatora Zabytków dla prowincji Prusy Zachodnie Johanna Heisego.

Stary instrument był tak zniszczony, że zdatne jeszcze do wykorzystania materiały Wittek wycenił jedynie na około 20 marek. Umowę z organmistrzem podpisano na przełomie listopada i grudnia 1898 roku. Rozbiórki dokonano w początku roku 1899, zaś montaż nowych organów ukończono na początku kwietnia. 8 dnia tego miesiąca pozytywnego odbioru nowego dzieła dokonał Hugo Laudien, kantor kościoła Mariackiego w Elblągu. Inwestycja kosztowała 2460 marek.

Nowe organy miały 9 rejestrów na dwóch sekcjach manuałowych i jednej pedałowej. Mechaniczna traktura obsługiwała stożkowe wiatrownice, zaś stół gry umiejscowiono po stronie południowej. Miech magazynowy z dwoma podawaczami ustawiono na emporze obok organów. W 1945 r. lub krótko później roku organy zostały całkowicie zdemolowane. Wykradziono niemal wszystkie piszczałki metalowe. Stan ten potwierdza wizytacja dziekańska z 1951 roku już po zajęciu poewangelickiego kościoła przez katolików. Już wtedy korzystano z fisharmonii. Drewniane piszczałki zostały „wciśnięte” w wielkim nieładzie do szafy organowej. Procederu tego dokonały wojska radzieckie albo polskie grupy szabrowników. Stan destrukcji utrzymuje się już od ponad 70 lat.

Skala manuałów: C-f³; skala pedału: C-d¹.