Starania o organy piszczałkowe do kościoła rozpoczęły się na początku roku 2000. Okazję ku temu stanowił wyjazd do Niemiec ordynariusza diecezji łowickiej, bp. Alojzego Orszulika wraz z ówczesnym proboszczem parafii, ks. Krzysztofem Malczakiem. Ksiądz biskup zwrócił się wówczas do strony niemieckiej z prośbą dotyczącą możliwości nabycia tam używanego instrumentu. Odpowiedź nadeszła pod koniec października z archidiecezji Paderborn. Zawierała informację, że w Hagen-Haspe, w parafii św. Bonifacego znajdują się zdemontowane organy firmy Klais. Zbudowane zostały w 1956 roku (numer katalogowy 986) na bazie dawnego 21-głosowego instrumentu postawionego w 1872 roku przez firmę Randebrock z Paderborn. Firma dokonała rozbudowy instrumentu w Hagen według ówczesnych wyobrażeń, zachowując część historycznych głosów. Głosy te w ekspertyzie prof. Winfrieda Schlepphorsta, rzeczoznawcy organowego z Urzędu Ochrony Zabytków Kraju Federalnego Westfalii z roku 1990 zostały uznane za zabytkowe i w pełni wartościowe. Podczas rozbudowy utracono jednak pierwotną obudowę. Organy kościoła św. Bonifacego zostały zdemontowane w roku 1989. Dokonano tego w związku z planowanymi zmianami w przestrzeni wewnętrznej tamtejszej świątyni. Demontaż przeprowadzony został jednak w sposób wysoce niefachowy, co sprawiło, że szereg piszczałek, a także innych elementów instrumentu uległ uszkodzeniu. Na szczęście później piszczałki składowane były w miarę fachowo.

Najpierw dokonano wyboru firmy organmistrzowskiej, której zadanie polegałoby na remoncie wszystkich elementów instrumentu i zestawieniu go w nowym miejscu. Propozycję parafii przyjął zakład Janusza i Zygmunta Kamińskich z Warszawy. Ekipa, w skład której oprócz proboszcza, organisty i tłumacza wszedł przedstawiciel firmy organmistrzowskiej, wyruszyła do Hagen 13 listopada 2000 roku. Następnego dnia, w towarzystwie Helmuta Petersa, organisty katedralnego i rzeczoznawcy organowego, ekipa udała się do Hagen-Haspe na oględziny instrumentu. W Hagen oczekiwali: proboszcz tamtejszej parafii ks. Werner Koenig oraz przedstawiciel firmy organmistrzowskiej Sauer poproszonej przez niemieckie władze kościelne do pomocy przy całej operacji. Okazało się, że substancja instrumentu jest w stanie gwarantującym opłacalność całego przedsięwzięcia i pozwala dobrze rokować o efekcie końcowym. Efektem wizyty w Hagen była decyzja, iż możliwie szybko instrument zostanie zabrany do Polski. Po powrocie do kraju ustalono termin odbioru instrumentu na przełom stycznia i lutego 2001 r.

Rozpoczęły się niezbędne przygotowania. Całość prac koordynował z upoważnienia proboszcza organista Eugeniusz Włoczyk. Przede wszystkim zapewniony został fachowy transport. Zaoferowała go firma Tekspod państwa Orłowskich ze Skierniewic, a specjalne regały na naczepę wykonała firma Jarbud z Bud Grabskich. 29 stycznia 2001 r. pięcioosobowa ekipa (w tym dwóch pracowników firmy Kamińskich) wyjechała do Hagen. Cztery dni trwały prace związane z inwentaryzacją elementów instrumentu, ściągnięciem ich z chóru kościoła (stół gry, wiatrownice) oraz ze strychu budynku parafialnego (piszczałki, miechy, dmuchawa) oraz zapakowaniem na specjalnie przygotowaną naczepę. Pomocą i wsparciem środkami technicznymi służyła firma Sauer. W międzyczasie dokonywano formalności w konsulacie polskim w Kolonii i w urzędzie celnym w Hagen. Transport dojechał do Polski w sobotę 3 lutego. W poniedziałek 5 lutego odbyła się odprawa celna i wówczas ciężarówkę rozpakowano.

Wkrótce potem rozpoczęły się prace remontowe. Poszczególne elementy instrumentu wywożone były sukcesywnie do warsztatu organmistrzowskiego Kamińskich. Tam dokonano naprawy sześciu wiatrownic, stołu gry i pięciu miechów. Dorobiono nowy kanał powietrzny zasilania manuału I i pedału oraz dwa dodatkowe regulatory powietrza. Dobudowano urządzenia Tremolo manuałów II i III. Dodano elektropneumatyczny aparat otwierania żaluzji manuału III (oryginalny zaginął w Hagen). Wymieniono również wszystkie elektromagnesy zasuw wietrownic manuału I.

Równocześnie rozważany był projekt adaptacji instrumentu do nowego wnętrza, w tym rozmieszczenie poszczególnych głosów oraz kształt szafy organowej, którą należalo wykonać. Ze względu na rozległość chóru i małą wysokość empory nad posadzką kościoła trzeba było zrezygnować z wysuniętego na balustradę chóru pozytywu. Sekcję manuału II postanowiono umieścić przed sekcją manuału III i zlokalizować w środkowej części chóru, między ściankami nośnymi konstrukcji dachu. Sekcje manuału I i pedału natomiast umieszczono po bokach, z podziałem na strony C i Cis. Zachowano dotychczasową dyspozycję instrumentu, dokonując jedynie zmiany głosu Blockflöte 4’ na Principal 4’ w manuale II dla sprawniejszego strojenia instrumentu (ze względu braku głosu wzorcowego położonego centralnie i dobrze słyszalnego na wiatrownicach manuału I i pedału). Zachowano starą dmuchawę, natomiast zamontowano nowy prostownik.

Na początku sierpnia 2001 roku rozpoczęła się realizacja projektu w kościele. W pierwszej kolejności zespawane zostały stalowe konstrukcje nośne wiatrownic. Po wykonaniu konstrukcji i umieszczeniu na nich wiatrownic rozpoczęły się prace elektryczne. W międzyczasie dokonywano przeglądu piszczałek. Część z nich wymagała dość gruntownych napraw, m.in. mozolnego prostowania wgnieceń, bowiem niektóre z dużych piszczałek wywróciły się na strychu w Hagen wskutek katastrofalnej burzy i zerwania części dachu w latach 90. Zdecydowano, że piszczałki frontowe (z wyjątkiem nowego frontu pozytywu) zostaną pomalowane. W dalszej kolejności podłączono stół gry i rozpoczął się montaż nowej szafy organowej. Po ustawieniu poszczególnych głosów rozpoczęły się prace intonacyjne prowadzone przez Andrzeja Kamińskiego i strojenie. Na koniec zdecydowano o dodaniu ozdobnego, niegrającego pozytywu na balustradzie chóru. Wnękę szafy pozytywu wypełniła drewniana, malowana i złocona figura św. Cecylii z portatywem, wykonana w pracowni snycerskiej Andrzeja Burkota w Górkach Wielkich k. Skoczowa.

W pracach organmistrzowskich brali udział: Zygmunt i Janusz Kamińscy (ten ostatni, nie doczekawszy zakończenia prac, zmarł w marcu 2002 r.), Andrzej Kamiński, Wojciech i Michał Kamińscy, Arkadiusz Zieliński, Paweł Szczygieł i Jan Cubrzyński. Trzeba zaznaczyć, że montaż instrumentu odbywał się w dość uciążliwych dla organmistrzów warunkach (dotyczy to szczególnie intonacji i strojenia), ponieważ równocześnie trwały w kościele inne roboty wykończeniowe. Ostatecznie prace zakończono tuż przed Świętami Wielkanocnymi 2002 r. Wtedy też po raz pierwszy organy zagrały. Poświęcenie organów nastąpiło w niedzielę 7 kwietnia 2002 roku, na mszy świętej o godz. 18:00 odprawionej przez ordynariusza łowickiego, bp. Alojzego Orszulika. Na uroczystość poświecenia przybyła kilkuosobowa delegacja z parafii św. Bonifacego w Hagen-Haspe na czele z proboszczem ks. Wernerem Koenigem. Po mszy odbył się koncert inaugurujący w wykonaniu prof. Gabrieli Klauzy z UMCS w Lublinie (w programie znalazły się m.in. utwory J.S. Bacha i F. Nowowiejskiego)

W pierwszym roku eksploatacji organów dokonano jeszcze dwukrotnie strojenia: najpierw w sierpniu, przed kolejną, a pierwszą w tym kościele edycją Letniego Festiwalu Muzyki Organowej i Kameralnej, a następnie w październiku przy okazji nagrywania instrumentalnej części płyty z kolędami i muzyką organową na Boże Narodzenie. Wtedy też nastąpił oficjalny odbiór instrumentu, potwierdzony protokołem z dnia 25 października 2002 roku. Ostatnie prace, jakie miały miejsce przy organach, nastąpiły około 2010 r. Wówczas w ramach gwarancji były wymienione oskórowania narożników wszystkich miechów oraz strojenie. Natomiast w 2020 roku zostało zamontowane oświetlenie prospektu organów, które zaprojektował i wykonał organista Eugeniusz Włoczyk.

Manuały C-g³, pedał C-f¹.