Parafia w Kwieciszewie została erygowana przed 1326 rokiem. Obecny kościół został wybudowany z fundacji kapituły gnieźnieńskiej około 1522 roku. Spalony w 1708 prawdopodobnie w wyniku podpalenia przez miejscową ludność żydowską. W 1913 roku został przedłużony o jedno przęsło ku zachodowi, gdzie obecnie znajduje się chór muzyczny. W 1945 roku został ponownie spalony przez wycofujących się niemieckich żołnierzy. Odbudowano go w latach 1954-1960.

Pierwsza odnaleziona wzmianka o organach pochodzi z wizytacji z 1768 roku. Nie wspomina ona o wielkości instrumentu. Szersze informacje o instrumencie odnajdujmy w protokole z wizytacji dziekańskiej z 1817 roku, która stwierdza istnienie 7-głosowych organów. Instrument według wizytacji z 1833 roku został rozebrany (prawdopodobnie w wyniku prowadzonych w tym czasie prac remontowych w kościele) i był przechowywany w bliżej nieokreślonym miejscu. Dokument ten wskazuje również, że już wtedy nie planowano jego remontu ze względu na brak środków pieniężnych.

Kolejna zapiska z 15 listopada 1854 roku wskazuje na fakt wybudowania nowego instrumentu przez Welzanta ze Żnina za 700 talarów. Instrument ten nadal miał 7 głosów i został umieszczony na nowo wybudowanym chórze drewnianym wspartym na dwóch murowanych filarach. Co ciekawe, dokument z 10 kwietnia 1864 roku wspomina o organach mających 7 rejestrów w manuale i 3 w pedale. Trudno jednak określić, czy w tym czasie instrument został rozbudowany, czy poprzedni dokument nie wspomniał o sekcji pedału. Prawdopodobnie spisujący lub wizytujący kościół niezbyt znali się na rzeczy, gdyż w spisie tradycji parafii z 5 lutego 1867 roku organy miały mieć 7 głosów w manuale i dwa w pedale. Z kolei opis majątku z 23 października 1878 roku wspomina o instrumencie o 7 głosach w manuale i trzech w pedale. Niestety żaden dokument potwierdzający dyspozycję instrumentu nie został odnaleziony. Jedyny potwierdzony remont miał miejsce w roku 1867 roku i został wykonany przez niejakiego Fabiana z Bydgoszczy. Tu również dowiadujemy się, iż organy miały dwa miechy.

Prawdopodobnie nowy instrument był na tyle awaryjny bądź zniszczony, iż postanowiono wybudować zupełnie nowy. Prace te zostały powierzone Pawłowi Golischowi z Gniezna. Kontrakt z organmistrzem został zawarty 19 grudnia 1897 roku i opiewał na 1450 marek. Niestety sam kontrakt, a co za tym idzie, i dyspozycja, nie zachowały się. Niestety prawdopodobnie Golisch nie zdążył wybudować instrumentu, gdyż 10 kwietnia 1899 roku został wystawiony przez rzeczoznawcę Nowickiego z Gniezna kosztorys na dokończenie i przebudowę organów, a wdowa po organmistrzu domagała się w 1903 roku spłaty należności za wykonane prace. Niemniej jednak w 1903 roku organy zostały opisane jako zdezelowane.

W 1903 roku, gdy proboszczem został ks. Andrzej Ussorowski, miał miejsce wielki remont kościoła. Już w tym roku został podpisany kontrakt na budowę nowego instrumentu przez Spiegla z Rychtala. Instrument ten został oddany już w 1904 roku a jego koszt wyniósł 1701,10 marek. Jego spłata trwała jeszcze do około 1906-1908 roku, kiedy pieniądze przyjmowała już wdowa po organmistrzu Józefina. Organy były remontowane w latach: 1910-11, 1922, 1924, 1925, 1933 i 1935 między innymi przez Stanisławskiego z Kruszwicy czy Sauera z Poznania. W 1930 roku został odmalowany prospekt organów. Instrument miał posiadać 7 głosów. Przy okazji budowy nowego instrumentu wybudowano także schody na chór, gdyż wcześniej trzeba było wchodzić na górę po drabinie. Instrument ten przetrwał do 1945 roku, kiedy kościół został spalony przez wycofującą się armię niemiecką. 

Po wspomnianym spaleniu kościoła katolickiego życie parafii przeniosło się do kościoła ewangelickiego. Funkcjonował tam instrument Paula Voelknera z 1909 roku. Jego dyspozycja wyglądała następująco:

W latach powojennych głos Rauschquinte został przerobiony na Zimbel 2 fach w manuale I i Octave 2' w manuale II. Prace te wykonał prawdopodobnie Goebel.

Gdy kościół katolicki został odbudowany, podjęto starania o wyposażenie go w organy. Prace te nadzorował mgr inż. Marian Śliwiński z Inowrocławia. Wykonał on szereg projektów bazujących na materiale piszczałkowym organów Voelknera, które parafia musiała wykupić od Skarbu Państwa (parafia starała się jednak o bezpłatne ich przekazanie w ramach odszkodowania wojennego). Według dokumentacji z 1961 roku organy miały posiadać 16 głosów i przebudowany kontuar Voelknera. Prospekt w związku z swoim dużym rozmiarem nie miał być wykorzystany. Wykonawcą nowych głosów miał być K. Dudziński. Miał on również przebudować kontuar. Do 1966 roku powstało jeszcze 5 (!) projektów dyspozycji. Żaden nie został zrealizowany. Ze względów finansowych (brak funduszy po wykupieniu organów z kościoła poewangelickiego) instrument nie powstał.

Przełom w sprawie organów przyniósł rok 1966. Z powodu śmierci Dudzińskiego nowymi głównymi podwykonawcami stali się Bronisław Cepka (wykonał on kontuar i inne podzespoły oraz piszczałki prospektowe) i Kazimierz Igłowski (nowe głosy). Kosztorys został zupełnie zmieniony. Cena wzrosła o ponad 100 000 złotych (wcześniejszy opiewał na kwotę 165 000 zł, ten zaś na 267 884 zł), prawdopodobnie przez to, że wszystkie części były sprowadzane z firmy Laukhuff. W tym samym roku powstał nowy projekt dyspozycji, również niezrealizowany. Mimo trudności finasowych instrument służył już w 1967 roku, choć spłacany był jeszcze przez długie lata.

W instrumencie wykorzystano wszystkie głosy z organów Voelknera, które zostały odpowiednio przebudowane i uzupełnione, oraz wiatrownice. Niewykorzystane piszczałki znajdują się poza instrumentem. Ciekawostką jest zachowana oryginalna ławka.

Prospekt jednosekcyjny, bezstylowy, na cokole, otwarty. Piszczałki uszeregowane w trzy grupy: środek z wybrzuszeniem po środku, boki o liniach wylotów piszczałek wklęsło-wypukłej, w odbiciu lustrzanym. Z 61 piszczałek tylko 4 są grające (Pryncypał 8')

Obecnie stan instrumentu od ok. 10 lat nie pozwala na jego użytkowanie podczas liturgii. W 2016 roku organy zostały wyszczyszczone i zabezpieczone przed działaniem drewnojadów.