Organy w kościele Świętej Trójcy w Strzelnie są dziełem renomowanej firmy W. Sauer z Frankfurtu nad Odrą, brak jednak numeru opusowego. Prospekt składa się z dwóch pól piszczałkowych i trzech wieżyczek; piszczałki znajdujace się w wieżyczkach są przesłonięte od góry kotarkami. Drobna ornamentyka szafy. Stół gry wolnostojący, umiejscowiony centralnie przed prospektem. Organista w trakcie gry siedzi przodem do prezbiterium.

Ok. 1913 r. Paul Voelkner zamienił w pedale Violoncello 8’ na Posaune 16’. Po zarekwirowaniu piszczałek prospektowych na cele wojenne również Voelknerowi zlecono wykonanie nowych z blachy cynkowej, co miało miejsce w 1918 r. Gruntowny remont organów przeprowadził w 1926 r. Józef Stanisławski z Kruszwicy. Wykonał on 19 nowych piszczałek drewnianych głosu Bourdon 16’, 17 nowych piszczałek drewnianych głosu Flûte Harm. 8', 12 metalowych piszczałek głosu Salicional 8’ oraz jedną piszczałkę drewnianą głosu Violon 16’. Organy zostały zintonowane i nastrojone. Całość prac organmistrzowskich kosztowała 1914 złotych. Rok później parafii swoje usługi oferował Mieczysław Wybrański, którego ulotka reklamowa znajduje się w parafialnym archiwum, ale wobec niedawnego remontu instrumentu nie skorzystano z nich. 

Józef Stanisławski ponownie pracował przy tutejszych organach w roku 1946. Po demontażu wszystkich 1080 piszczałek zostały one wyczyszczone, zaś 252 sztuki naprawione. Drewniane piszczałki w liczbie 174 szt. zostały pomalowane farbą klejową ze względu na ubytki drewna spowodowane działaniami szkodników. Wiatrownice zostały częściowo zdemontowane w celu późniejszego gruntownego ich wyczyszczenia. Oczyszczono też elementy traktury gry, wnętrze szafy organowej oraz klawiatury. Traktura na wielu odcinkach została naprawiona, zamontowano nowe sprężyny, muterki i abstrakty. Poprawiono także działanie klawiatur, na nowo oskórowano miechy, uszczelniono kanały powietrzne. Dokonano intonacji i strojenia.

W 1953 r. inż. Marian Śliwiński z Inowrocławia zamontował dmuchawę elektryczną o mocy 1,5 KM. Wykonał także nowy kanał powietrzny oraz regulator dopływu powietrza z dmuchawy do miecha. Koszt nowej dmuchawy wyniósł 4000 złotych. Śliwiński wykonał również prace przy szafie organowej, która została polakierowana, oraz regulację traktury. Inżynier zapowiedział w liście do proboszcza, że jeśli organy nie okażą się wystarczająco mocno brzmiące, to dokona ponownej intonacji głosów. W tym samym roku wymieniono stary oryginalny kontuar z 1866 roku na nowszy, także firmy Sauer, który pochodził z 23-głosowych organów z kościoła św. Mikołaja w Inowrocławiu, wybudowanych w 1888 r. Niestety nowy stół gry był w pełni kompatybilny z układem traktury wewnątrz organów, przez co abstrakty uległy szybkiemu zużyciu.

W 1962 roku szereg prac remontowych wykonał Władysław Rupicki z Inowrocławia. Podczas nich organy zostały wyczyszczone, poszczególne głosy zostały zintonowane, a uszkodzone i niegrające piszczałki naprawione. Rupicki nastroił cały instrument oraz naprawił klawiatury. Zostały także przeprowadzone prace przy trakturze: naprawa sprężyn, klap oraz zerwanych abstraktów. Wymienione zostały bezpowrotnie zniszczone przez szkodniki drewna piszczałki głosów Violon 16’ oraz Subbass 16’ z sekcji pedału. Przeniesiono także dmuchawę elektryczną do pomieszczenia za ścianą chóru. W 1966 r. nastąpiła awaria dmuchawy, którą później wymieniono na większą.

7 maja 1973 r. podpisano umowę na remont organów z Jarosławem Kałużyńskim, prowadzącym wówczas zakład w Gnieźnie. W kosztorysie prac uwzględniono demontaż organów, czyszczenie ich wnętrza, konserwację środkami przeciw drewnojadom, oskórowanie pękniętych miejsc miecha i pomalowanie go, wykonanie nowych kanałów powietrznych i skrzynki regulacyjnej, naprawę względnie uzupełnienie piszczałek, regulację traktury, odnowienie piszczałek frontowych, intonację i strojenie. Kolejny remont przeprowadził w 1998 r. Maciej Flanc z Mogilna. Prawdopodobnie wtedy wymieniono miech na pływakowy, zainstalowany razem z dmuchawą w zabudowie w północnej przestrzeni empory.

Gruntowne czynności remontowo-rekonstrukcyjne wykonała przy strzeleńskim instrumencie firma Michała Klepackiego z Pępowa koło Gostynia w latach 2016-2019. Ich celem było przywrócenie oryginalnego kształtu organów po wieloletniej eksploatacji i ingerencjach organmistrzowskich.

Po wstępnych oględzinach zauważono, że wszystkie sosnowe wiatrownice zostały w ponad 80% zniszczone przez szkodniki drewna. Uszkodzenia dotyczyły także drobnych elementów, jak np. zawory stożkowe z drewnianym rdzeniem. Liczne próby choćby częściowego zachowania drewnianych elementów nie dawały pozytywnych rezultatów, więc podjęto ostatecznie decyzję o rekonstrukcji w celu osiągnięcia wysokiej precyzji działania wiatrownic. 

Strzeleński instrument miał pierwotnie trzy miechy skrzyniowe w szafie organowej pod sekcją pedału. W dawnych czasach miechy były poruszane przez kalikanta za pomocą pasów parcianych umieszczonych na zewnątrz szafy przy wejściu na chór. Pozostałością po miechach skrzyniowych są otwory na pasy i uchwyty łożyskowe do wałków, które zamieniają bieg pasów z pionowego na poziomy. Tego typu miechy zachowane są w innych instrumentach firmy Sauer. Ponieważ nieoryginalny miech pływakowy wymagał wymiany, podjęto decyzję o wykonaniu miecha fałdowego wewnątrz szafy organowej biorąc pod uwagę analizę historyczną, jak i zapotrzebowanie na sprężone powietrze w organach. Nowy miech nie nawiązuje do oryginału, lecz do późniejszych instrumentów Wilhelma Sauera, ale jest sprawniejszy niż zespół miechów skrzyniowych. Ciśnienie powietrza wynosi obecnie 85 mm słupa wody. Wykonano także nowy kanał powietrzny zgodnie z pierwotnymi założeniami Wilhelma Sauera z XIX wieku. Wymieniono dmuchawę elektryczną na nową produkcji węgierskiej.

Jak już wspomniano, problemy sprawiał nieoryginalny stół gry, pochodzący z innego instrumentu Sauera. Był on zniszczony przez drewnojady, a jego podłączenie zostało wykonane niefachowo, przez co krzyżowały się abstrakty, co prowadziło do częstych zacięć traktury. Mimo że oryginalny stół gry stał przez długi czas na chórze, nie dotrwał on do prac konserwatorskich i został utracony bezpowrotnie. Po analizie i konsultacji z Kujawsko-Pomorskim Wojewódzkim Konserwatorem Zabytków podjęto decyzję, aby wykonać nowy kontuar zgodny z wzorcem budownictwa firmy organmistrzowskiej Wilhelma Sauera. Manubria z tabliczkami porcelanowymi sporządzono według wzorca firmy Sauer, a oznaczenia głosów i złocenia na tabliczkach wykonano ręcznie.

Niemal wszystkie wewnętrzne piszczałki metalowe są oryginalne. Jest to najcenniejsza część instrumentu. Dzięki temu odtworzono także właściwe nazewnictwo rejestrów w stole gry, ponieważ ocalały nazwy głosów wykonane rylcem na korpusach. Najczęstszymi uszkodzeniami piszczałek metalowych były zagniecenia i uszkodzenia stroików. Zauważono również braki końcówek rejestrów. Przeprowadzona została szczegółowa inwentaryzacja i segregacja zachowanych egzemplarzy piszczałek. Naprawiono uszkodzenia poprzez nadanie właściwej geometrii, a braki uzupełniono według wzorców. Wprawdzie piszczałki prospektowe były nieoryginalne, jednak zauważono, że kloce piszczałek prospektowych oraz grzebienie stabilizujące pozostały pierwotne, co umożliwiło ustalenie przebiegu oryginalnej menzury. Był on ponadto zgodny z dalszym ciągiem piszczałek na wiatrownicy, co uzasadniało decyzję rekonstrukcji w oparciu o te parametry. Zrekonstruowano także ok. 80% piszczałek drewnianych ze względu na rozległe zniszczenia biologiczne. Dokonano wreszcie nowej intonacji w duchu XIX-wiecznego niemieckiego romantyzmu. Przed demontażem wysokość stroju wynosiła a¹=447 Hz przy 22°C, a obecnie a¹=435 Hz przy 15°C.