Instrument wybudowała fabryka organów Stanisław Krukowski i Syn z Piotrkowa Trybunalskiego, kierowana wówczas przez Stefana Krukowskiego, w 1938 roku w szafie instrumentu gdańskiego organmistrza Mertena Friese z lat 30. XVII wieku. Najstarsza wzmianka o instrumencie w kronikach klasztoru pochodzi z listopada 1644 roku, kiedy Anna Śmiglowa przeznaczyła dużą sumę pieniędzy na remont organów znajdujących się w nawie głównej.

Instrument został umieszczony na emporze z późnorenesansową, drewnianą balustradą, której dwa rzędy pól zostały pokryte malowidłami (górne przedstawiają wizerunki świętych, dolne natomiast krajobrazy). Szafa organowa jest przykładem wczesnobarokowego stylu gdańskiego. Ma ona trzy wieże piszczałkowe (środkowa największa) z latarniami akustycznymi zwieńczonymi rzeźbami patronów zakonu oraz "orkiestry anielskiej". Między wieżami znajdują się cztery pola piszczałkowe. Pozytyw balustradowy wybudowany został w takim samym układzie. Pierwotnie szafa miała skrzydła zamykające pola piszczałkowe (świadczą o tym pozostałości zawiasów po bokach), jednakże zostały one zastąpione w I połowie XVIII w. przez późnobarokowe uszy.

Poprzedni, barokowy instrument miał najprawdopodobniej około 30 głosów rozmiesczonych w trzech sekcjach: pozytyw (manuał I), manuał główny (II) oraz pedał. Miechownia została umieszczona w pomieszczeniu za organami na piętrze kruchty kościoła. Z poprzedniego instrumentu zachowało się niewiele: kilka wałków skrętnych, ławki piszczałkowe, mocowania sześciu miechów klinowych w miechowni, ślady mocowania wiatrownic w szafie pozytywu oraz niektóre piszczałki (ołowiane piszczałki głosu Flet 8'). Obecnie w miejscach, w których znajdowały się cięgła registrów, są malowidła św. Cecylii oraz św. Antoniego z Dzieciątkiem.

Prawdopodobnie w XIX wieku instrument poddany został znacznym modyfikacjom: miechy klinowe zastąpiono miechem magazynowym, usunięto sekcję pozytywu pozostawiając jednak szafę oraz zmieniono dyspozycję.  W 1931 roku miał miejsce remont zniszczonego instrumentu, zmieniono wtedy kilka głosów oraz nastrojono instrument. Po kilku latach okazało się, że przeprowadzone prace były niewystarczające: niektóre głosy przestały odpowiadać, miech okazał się za mały oraz organy kompletnie się rozstroiły. Z tego powodu w czerwcu 1938 roku podjęto uchwałę o przebudowaniu organów. Z czterech ofert kapituła wybrała kosztorys St. Krukowskiego z Piotrkowa. Zakres prac obejmował budowę nowego mechanizmu gry z użyciem wiatrownic stożkowych, nowego kontuaru oraz miecha. Pozostać miała zabytkowa szafa organowa oraz materiał piszczałkowy rozbudowany o 6 nowych głosów według następującej dyspozycji: 

Planowana dyspozycja została zmodyfikowana ze względu na zbyt małą ilość miejsca wewnątrz szafy organowej. Zmiana ta nastąpiła na późnym etapie prac, wewnątrz kontuaru oraz na wiatrownicach zachowane są inskrypcje z pierwotną dyspozycją. Prace rozpoczęte 4 listopada 1938 roku zakończyły się 15 grudnia tego samego roku. 

Organy utrzymane są w stylistyce romantyzmu. Instrument działa w oparciu o pneumatyczną trakturę gry i registrów systemu tłoczącego. Wolnostojący stół gry znajduje się w miejscu szafy pozytywu (grający siedzi tyłem do prezbiterium). W prospekcie znajdują się pierwsze trzy oktawy Pryncypału 8' (prawe pola piszczałkowe nieme). Pozytyw balustradowy niemy. Sekcja manuału I znajduje się ok. metr nad podłogą po lewej stronie głównej szafy, nad nią dzwony rurowe oraz sekcja manuału II w szafie eksprsyjnej. Flet 8' i Burdon 8' mą wspólne piszczałki oktawy wielkiej. Głos Scharf 3rz. znajduje się na oddzielnych wiatrownicach ustawionych piętrowo we wnęce szafy ekspresyjnej. Mechanizm żaluzji w pełni mechaniczny. Sekcja pedału znajduje się po prawej stronie szafy, pozostawiając minimalną ilość miejsca na dostęp do wiatrownicy od spodu. Dewniane piszczałki sekcji pedału dostarczyła fabryka organów Dominika Biernackiego w Włocławku. Ze względu na małą ilość miejsca w szafie mocno utrudniony jest dostęp do wnętrza instrumentu oraz miechowni. Z tego samego powodu każda sekcja ma dodatkowe wiatrownice, na których stoją dźwięki klawiszy fis³-a³ manuałów oraz cis¹-f¹ pedału. Wiatrownica II manuału ma 12 dodatkowych tonów dla połączeń 4'. System powietrzny stanowi jeden miech pływakowy z podawaczem i możliwością kalikowania oraz cichobieżna dmuchawa Ventus firmy Laukhuff.

W 1973 roku miał miejsce większy remont instrumentu. Odwrócono wtedy kontuar (pierwotnie był ustawiony przodem do prezbiterium), zainstalowano nową dmuchawę oraz wymieniono część ołowianych przewodów traktury na rurki z tworzywa. W ostatnich latach miała miejsce gruntowna renowacja szafy organowej oraz generalny remont kościoła. Podczas prac w skutek niewłaściwego zabezpieczenia instrument został zdewastowany. W lutym 2019 roku podjęto prace mające na celu  uruchomienie instrumentu, które prowadził warsztat Piotra Dziewieckiego z Jedlińska.