Historia organów w poewangelickim kościele na gdańskiej Orunii jest bardzo zawiła. Aby szukać pierwszych wzmianek o organach, po których zachował się jedynie prospekt i to bardzo przebudowany, trzeba przenieść się do kościoła św. Jakuba w Gdańsku, gdzie w 1611 roku zostały zbudowane organy przez Johanna Hellwiga. Znana jest dyspozycja tego instrumentu ze spisu Johanna Ephraima Eggerta ze stanu w roku 1800:

Organy miały również Cimbelstern, a całość zasilały 4 miechy.

Instrument był co najmniej dwukrotnie poważnie uszkadzany: pierwszy raz podczas pożaru kościoła w 1636 roku i drugi przy wielkim wybuchu prochu w pobliskiej baszcie prochowej. Po tej drugiej katastrofie silnie uszkodzony kościół, który już wcześniej chylił się ku upadkowi, postanowiono zamknąć i urządzić w nim bibliotekę miejską (funkcje sakralne otrzymał ponownie po 1945 roku). W 1824 gdański organmistrz Christian Ephraim Ahrendt przeniósł silnie uszkodzony, ponad 200-letni instrument Hellwiga do nowowybudowanego ewangelickiego kościoła św. Jerzego na Oruni k. Gdańska (obecnie dzielnica Gdańska). W 1912 roku firma Orgelbauanstalt A. Terletzki Inh. Ed. Wittek zbudowała nowy instrument. Co dziwne, tego instrumentu nie ma w żadnym ze spisów instrumentów Ed. Witteka, jednak stół gry (choć przebudowany) oraz boczne ścianki zabytkowej szafy organowej dają 100% pewności, że jest to instrument z warsztatu Eduarda Witteka. Jan Janca i Werner Rankewitz w swojej obszernej monografii ''Geschichte der Orgelbaukunst in Ost- und Westpreußen von 1333 bis 1944 Bd. I'' twierdzą, że Wittek zbudował zupełnie nową szafę. Wg autora tego opisu szafa została rozbudowana, jednak sam prospekt w przeważającej części jest oryginalny. 

W latach 70. lub 80. organy zostały przebudowane, przez co silnie zatarta została ich romantyczna materia brzmieniowa. Najprawdopodobniej prace przeprowadził Wawrzyniec Rychert z Gdańska-Oruni. Organmistrz wymienił niektóre głosy podstawowe na wielochórowe i alikwotowe, chcąc nadać dyspozycji charakter neobarokowy. W 2009 roku instrument został wyremontowany przez Bogdana Żelaznego z Pruszcza Gdańskiego, który jeszcze bardziej go zdewastował. Bezpośrednio przed rozpoczęciem ostatnich prac restauracyjnych organy były silnie rozstrojone, pedały żaluzji oraz crescenda zostały zablokowane gwoździami. Dyspozycja była wtedy następująca:

Połączenia: II-Ped, I-Ped, II 4', II-I 4', II-I
Kombinacje stałe (między manuałami): Piano, Mezzoforte, Forte, Tutti
Automatische Pedalumschaltung, wskaźnik powietrza, wskaźnik crescendo
Dźwignie nożne: crescendo, żaluzja manuału II

W latach 2017-2019 instrument poddany został gruntownemu remontowi oraz rekonstrukcji. Prace przeprowadziła firma SLJ Budowa Organów Szymona Lecha Januszkiewicza z Pruszcza Gdańskiego.
Instrument został rozebrany, a jego części przewiezione do warsztatu. Ujawnione zostały gigantyczne uszkodzenia spowodowane działalnością drewnojadów. Wszystkie podzespoły instrumentu zostały oczyszczone i zakonserwowane środkiem owado- i grzybobójczym. Oryginalną dyspozycję odkryto w formie wpisów na kancelach rejestrowych wiatrownic. Na strychu kościoła odnaleziona została zdewastowana Viola di Gamba, którą w całości udało się przywrócić do dawnej świetności.

Stół gry został doprowadzony do pierwotnego kształtu. Przywrócona została pierwotna kolorystyka i wykończenie politurą szelakową. Pulpit nutowy, zegary „Wind” i „Crescendo” oraz tabliczka budowniczego zostały zrekonstruowane. Celuloidowe tabliczki włączników rejestrowych oraz mechanizmów pomocniczych odtworzono na podstawie oględzin instrumentów porównawczych w Jegłowniku i kościele ewangelickim w Sopocie. Stół gry został także wyposażony w oświetlenie LED oraz pasujące estetycznie lusterko.

W trakcie przebudowy Rycherta w latach 70. zostały przerobione kloce piszczałkowe. W trakcie renowacji układ piszczałek oraz ławeczki zostały przywrócony do oryginału. Usunięta żaluzja II manuału (Jalousieschweller) została zrekonstruowana na podstawie żaluzji z Sopotu i przywrócona do funkcjonowania.

Wszystkie piszczałki metalowe zostały dokładnie umyte, odwinięte zbyt daleko dostroiki zostały zalutowane, korpusy oraz nóżki zostały wyprostowane. Udało się zachować oryginalną skórę wielu piszczałek krytych. Podjęte zostały działania mające na celu zachowanie jak największej ilości materii zabytkowej. Wiele zniszczonych przez drewnojady piszczałek drewnianych zostało zrekonstruowanych, jednak tam, gdzie było to możliwe, ratowane były poszczególne ich fragmenty.

Cały system pneumatyczny został uporządkowany i odrestaurowany: wszystkie mieszki zostały wymienione na skórzane, rurki ołowiane ułożone estetycznie, a uszkodzone – wymienione na nowe. 

Usunięto wstawione w latach 70. miechy pływakowe i zrekonstruowano magazynowe na podstawie egzemplarzy z Sopotu i Jegłownika, a systemowi powietrznemu przywrócono pierwotny kształt oraz przebieg. Oryginalna, zdewastowana przez nieprofesjonalne naprawy dmuchawa Meidingera została poddana renowacji i wyważeniu. Wykonano nową instalację elektryczną. Odrestaurowano mechanizm Cymbel oraz Kalkantenglocke. Sam dzwonek umieszczono za prospektem. Cały instrument został ponownie zintonowany. Przywrócone zostało romantyczne brzmienie.

Obecnie (2019) jest to jedyny w pełni sprawny i spójny stylistycznie romantyczny instrument pneumatyczny w Gdańsku.