Najstarsza wzmianka o organach pochodzi z 1601 r. i dotyczy ich reperacji. Instrument musiał zatem istnieć już w XVI w. Po raz kolejny organy miały być restaurowane w 1636 r. W 1664 r. instrument miał 12 głosów, a w 1748 r. liczył ich 18. W inwentarzu 1850 r. podano tę samą liczbę głosów, zaznaczając, że organy są częściowo zniszczone i wymagają naprawy. Dlatego 4 sierpnia 1857 r. administrator parafii ks. Franciszek Galarowski podpisał kontrakt z Józefem Baranowskim na przebudowę organów. W zakres prac miały wchodzić: trzy głosy zupełnie nowe drewniane: flet major, flet minor i undamaris; reszta siedem głosów cynowych przerobić przy tem pedał na trzy głosy ułożyć, a także nowe cztery miechy i wiatrownica manuału. Prace miały się zakończyć wiosną 1858 r. Kolejny remont przeprowadzono w 1886 r., ale po dwóch latach organy uległy zniszczeniu wskutek wilgoci panującej w kościele. Dzieła destrukcji dopełniła I wojna światowa: w 1915 r. podczas ostrzału świątyni kule armatnie zgruchotały organ.

Na nowy, istniejący dziś instrument firmy Rieger zbierano składki już w 1924 roku. Pismem z 26 lipca 1926 r. proboszcz poinformował kurię o nabyciu organów i prosił o pomoc w uzyskaniu zwolnienia z opłat celnych (wynoszących 1260 zł) ze względu na zniszczenie poprzednich organów w czasie wojny. Nie wiemy, czy starania te zakończyły się sukcesem. W wydanym ok. 1933 r. katalogu firmy zawierającym m.in. podziękowania za zbudowane instrumenty, znalazło się także i to dotyczące organów w Gręboszowie. Brzmi ono następująco:

Monterowie, którzy montowali nasze organy, wywiązali się ze swojego obowiązku ku ogólnemu zadowoleniu wzorowo i odznaczyli się sumiennością, pilnością i przykładnem zachowaniem się. Organy przedstawiają się tak co do wewnętrznej budowy, jak i co do struktury zewnętrznej i artystycznej intonacji, jako instrument a r t y s t y c z n i e wykonany i celowi swemu odpowiadający. Z tego powodu wyrażamy firmie Bracia Rieger podziękowanie i pp. Monterom uznanie za ich pracę.

Fachowy znawca organów:
Ks. Fr. Walczyński,
infułat, dziekan kapituły z Tarnowa.
Ks. Piotr Halak,
dziekan i proboszcz w Gręboszowie

Organy były remontowane w 1950 roku, a w 1958 r. Wacław Biernacki z Krakowa zamontował dmuchawę elektryczną. W czasach nam bliższych instrument był naprawiany przez Kazimierza Plewę z Nowego Sącza oraz w 2021 r. przez Sławomira Piotrowskiego.

Prospekt eklektyczny z elementami neoromanizmu i neorenesansu, pięcioosiowy. Stół gry wolnostojący; grający siedzi we wnęce w przedniej ścianie szafy organowej, przodem do ołtarza. Wiatrownice stożkowe. Na uwagę zasługuje zachowana w oryginalnym stanie traktura wykonana z rurek ołowianych.

Skala manuałów: C–f³; skala pedału: C–d¹.