Pierwsza informacja o istnieniu instrumentu piszczałkowego w bielskiej farze pochodzi z XVII w. Był to mały, 6-głosowy pozytyw, który spłonął w pożarze kościoła w 1808 r. Tuż po odbudowie wypożyczono na kilka lat instrument z kościoła św. Stanisława w Starym Bielsku, który w tamtym czasie był filią parafii św. Mikołaja. Był to także 6-głosowy pozytyw, wykonany przez Jakuba Stankiewicza z Zatora w 1804 r. W 1819 r. organmistrz Franz Harbisch z Brna ukończył budowę mechanicznych, 22-głosowych organów o dwóch manuałach i pedale. Warto wspomnieć, że zarówno pozytyw z 1804 roku, jak i późniejszy instrument Harbischa, oprócz celów liturgicznych wykorzystywany był także przez kapelę wokalno-instrumentalną działającą w bielskiej farze od początku XIX w. W 1891 roku zbudowano kolejny instrument, wykonany przez firmę Gebrüder Rieger, jedną z najbardziej rozpoznawalnych i cenionych firm organmistrzowskich. Niewielki instrument, skatalogowany jako opus 306 tej firmy, miał 16 głosów rozłożonych na sekcje dwóch manuałów i pedału, zaś system jego sterowania był mechaniczny. Opiniodawcą i rzeczoznawcą tego instrumentu był wybitny muzyk, kompozytor i organista w mikołajskiej farze, Václav Vlastimil Hausmann (1850–1903), działający tam od 1889 r.

Mająca miejsce w latach 1908–1910 rozbudowa kościoła farnego spowodowała konieczność zmiany instrumentu na taki, który swoim brzmieniem wypełniłby nowe wnętrze, a zarazem o wysokich walorach artystycznych. Projekt nowych organów wykonał ówczesny organista i regenschori kościoła św. Mikołaja, Viktor Clariß Czajanek (1876–1952), wybitny kompozytor i dyrygent, wychowanek ówczesnych autorytetów w dziedzinie muzyki, takich jak Leoš Janaček czy Antonín Dvořák, piastujący to stanowisko w latach 1902-1945.

Nowy, imponujący wielkością i jakością wykonania instrument o 50 głosach, trzech manuałach i pedale z trakturą pneumatyczną został zbudowany w latach 1914–1920, również przez firmę braci Rieger, jako opus 2034. Stosunkowo długi czas budowy tego instrumentu spowodowany był trwającą I wojną światową, podczas której wielu pracowników fabryki Riegera zostało powołanych do służby wojskowej, a materiał piszczałkowy został skonfiskowany na cele militarne. Ostatecznie instrument zainaugurowano podczas uroczystej Pasterki w grudniu 1920 r., a dzień wcześniej podpisano protokół kolaudacyjny odbioru technicznego organów. Warto przy tej okazji wspomnieć, że instrument ten był jednym z ostatnich, którego budowę nadzorował Otto Rieger – właściciel firmy, który zmarł w roku kolaudacji. Poprzedni instrument, jeszcze przed rozpoczęciem prac budowlanych związanych z rozbudową kościoła, zdemontowano i przeniesiono do obecnej kolegiaty św. Wojciecha i św. Katarzyny w Jaworznie, gdzie do dziś służy celom liturgicznym i koncertowym (https://musicamsacram.pl/instrumenty/opis/1589-Jaworzno-Kolegiata-sw-Wojciecha-i-sw-Katarzyny).

Dyspozycja nowo zbudowanego instrumentu przedstawiała się następująco:

Połączenia: Manualkoppel III-I, Manualkoppel II-I, Manualkoppel III-II, Pedalkoppel I, Pedalkoppel II, Pedalkoppel III, Super-Octavkoppel III-I, Super-Octavkoppel II-I, Sub-Octavkoppel III-I, Sub-Octavkoppel II-I, Super-Octavkoppel I-Pedal, Sub-Octavkoppel II-Pedal
Urządzenia dodatkowe: 2 Frei einstellbare Kombination, Rohrwerk - Ausschaltung, Piano, Mezzoforte, Forte, Fortissimo, Tutti, automatischer Pedalumschaltung, Crescendo-Decrescendo, Schweller III Manual

Były to największe organy ówczesnego Śląska Cieszyńskiego.

Rzeczywistość lat powojennych na terenie Polski i związany z nią nakaz opuszczenia kraju przez Viktora Czajanka spowodowały zmianę na stanowisku organisty bielskiej fary. Od 1947 roku posadę tę piastował bardzo dobry organista, kompozytor, pedagog i dyrygent Władysław Lindert (1920–2013). Dzięki jego inicjatywie w 1952 roku miał miejsce pierwszy poważny remont połączony z przebudową organów. Miał on na celu unowocześnić i rozszerzyć możliwości brzmieniowe instrumentu. Zainstalowano więc nowoczesny jak na tamte czasy kontuar, zachowany do dziś w lekko zmienionej formie, oraz trakturę elektropneumatyczną. Poszerzona została także skala klawiatur manuałowych do a³, jednakże nie było to związane z uzupełnieniem wiatrownic i piszczałek, dlatego dźwięki gis³ i a³ w I manuale są nieme, zaś w manuałach II i III wykorzystują zakres należący już poprzednio do połączeń superoktawowych. Dokonano również zmian w zestawie połączeń oktawowych, usuwając wszystkie połączenia suboktawowe oraz połączenie superoktawowe I-Pedał, dodano zaś połączenia superoktawowe III-II, II i III. Ograniczono stałe kombinacje do Piano, Forte i Tutti oraz dobudowano tremolo manuału III. Dokonano także zmian w dyspozycji instrumentu: w manuale I Fugara 8’ została zastąpiony przez Szarf 3x, w manuale w II miejsce Fugary 4’ umiejscowiono Sesquialterę 2x, a w III manuale Echo-Gambę 8’ wymieniono na Nazard 2 2/3’, Flûte harmonique 8’ na Sifflet 1’, zaś Gemshorn 4’ zastąpiono Tercfletem 1 3/5’. Jednocześnie wszystkie nazwy głosów zostały spolszczone. Wszystkie te prace wykonała firma Wacława Biernackiego z Krakowa. 

Z biegiem czasu, z racji pogarszającego się stanu technicznego, instrument poddawano remontom i kolejnym modernizacjom. W latach 1990–1991 remont organów wykonał Krzysztof Jakubowski. Dokonano wtedy wymiany wszystkich membran oraz zamieniono miejscami dwa głosy, czyli Gambę 8’ (z manuału II do III) i Sifflet 1’ (odwrotnie), co poprawiło proporcje brzmieniowe między tymi sekcjami. Cztery lata później w organach zamontowano pierwszy w okolicy system komputerowy, skonstruowany przez Sławomira Syjotę. Miał on możliwość zapamiętania komputerowego 800 wolnych kombinacji. Kolejny remont odbył się w 2006 roku (wykonawcy: K. Jakubowski i S. Syjota). Objął on całkowite czyszczenie wnętrza instrumentu oraz odnowienie kontuaru i zamontowanie nowego systemu elektronicznego, tym razem z 512 kombinacjami. Dokonano również wymiany elektromagnesów oraz zlikwidowano głos Szarf 3x w manuale I, w miejsce którego wstawiono Gambę 8’.

Instrument dzisiaj ma łącznie 50 głosów, trzy manuały i pedał oraz trakturę elektropneumatyczną. Składa się z ok. 3500 piszczałek. W powietrze zasila go oryginalna dmuchawa elektryczna z 1920 r. firmy Meidinger.  Pewną ciekawostką w dyspozycji są głosy przedęte: Trawersflet 8’, Flet 4’ i Oktawina 2’ w manuale II oraz Flet oktawiant 4’ i Flageolet 2’ w manuale III. Organy mają również trzy głosy językowe przelotowe: Fagot 16' w manuale I, Klarnet 8' w manuale II i Obój 8' w manuale III.

Całość instrumentu zamknięta została w eklektycznej szafie organowej z bogatą dekoracją snycerską z drewna iglastego, a która swoimi detalami koresponduje z równie eklektyczną neostylową szatą architektoniczną wspomnianej wcześniej nowej części kościoła. Prospekt organów ozdabiają napisy w języku łacińskim: Hostias et Preces Tibi Domine Laudis Offerimus, Sanctus, Sanctus, Sanctus Dominus Deus Sabaoth! Pleni sunt coeli et terra gloria Tua. Hosanna in excelsis oraz Cantate Deo Psalmum dicite Nomine Eius.

Warto zaznaczyć, że mimo swojej bogatej historii, organy te pozostają nadal największym instrumentem tego typu w Bielsku-Białej, a także należą do jednego z największych instrumentów diecezji bielsko-żywieckiej. Jest to instrument o nieprzecenionej wartości, który jest wykorzystywany nie tylko w służbie liturgicznej, ale również w ramach odbywających się tutaj koncertów organowych w ramach Katedralnego Festiwalu Muzyki Organowej i Kameralnej. Na organach odbywają się również zajęcia pedagogiczne i kursy mistrzowskie.