Kolegiata w Wojniczu była wyposażona w organy już w 1596 roku. W 1752 r. świątynia została zniszczona w wyniku pożaru. Odbudował ją ówczesny proboszcz, ks. Michał Duvall, późniejszy biskup tarnowski. W ramach tej odbudowy zostały zbudowane nowe organy. Prawdopodobnie jeszcze ten instrument zreperowano z legatu Karola Harlandera w latach 1890-1893.

Obecne organy wybudowała firma braci Rieger z Jägerndorf, jednak instrument nie jest wymieniony w katalogu fabryki. Być może wpływ miał na to fakt, że, jak wspomina kronika parafialna, został zakupiony z wystawy w Wiedniu przed I wojną światową. Pojawił się w Wojniczu w czasie krótkiej administracji ks. Józefa Klocha w 1911 r. Prospekt organów jest identyczny jak zbudowany przez firmę Rieger w Skrzyńsku (diecezja radomska) w 1902 roku (opus 944). Jedyną różnicą jest krzyż obecny w Skrzyńsku w zwieńczeniu prospektu, który w Wojniczu zastąpiono rzeźbą trąbiącego anioła, pochodzącego prawdopodobnie z poprzednich, XVIII-wiecznych organów. Pierwotna dyspozycja instrumentu była następująca:

Połączenia: Pedalcoppel I, Pedalcoppel II, Octavcoppel I, Octavcoppel II, Manualcoppel
Urządzenie dodatkowe: crescendo
Rejestry zbiorowe: Piano, Mezzoforte, Forte, Tutti

W 1943 r. zainstalowano dmuchawę elektryczną. Po II wojnie światowej organy remontował Wacław Biernacki z Krakowa. Prawdopodobnie te prace wspominają akta wizytacyjne z 1951 r. jako wykonane obecnie kosztem 14 000 zł.

W 1974 r. Włodzimierz Truszczyński z Warszawy złożył parafii ofertę budowy nowego instrumentu o 20 głosach, trakturze elektropneumatycznej i następującej dyspozycji:

Połączenia: Manuał II - P, Manuał I - P, Manuał II-I
Urządzenia dodatkowe: automat pedału, dwie wolne kombinacje, crescendo
Rejestr zbiorowy: Forte

Projekt ten nie został zrealizowany. Zamiast tego w 1976 r. rozpoczęto generalny remont organów, które już były bardzo zniszczone, że trzeba połowę z nich usunąć. Wykonawcą tych prac, ukończonych w 1978 roku, był Mieczysław Gwóźdź z Nowego Sącza, który przebudował instrument: wymienił stół gry i znacznie zmienił dyspozycję. Zainstalował też nową dmuchawę i miech. Dyspozycja po tych pracach była następująca:

W roku 2004 Lech Skoczylas z Krakowa zamienił Gambę 8' na Dulcjan 16' (manuał I), Dolce 4' na Regał 8', Pryncypał skrzypcowy 8' na Oktawę 4' i Siflet 1' na Kwintę 1 1/3' (manuał II), a także wymienił klawiaturę pedałową, miech wraz z dmuchawą, piszczałki Subbasu 16' i 4 najniższe piszczałki Violonu 16'. W 2024 r. Marta Kogut z Rybnika wykonała drobne naprawy i wymieniła głos fletowy 4’ w manuale II.

Instrument charakteryzuje się przyjemną barwą dźwięku, co zawdzięcza zwłaszcza oryginalnym głosom Riegera. Niestety głosy dodane charakteryzują się odmiennością brzmieniową oraz niższą jakością wykonania niż oryginalne.

Instrument typu multiplex: 18 głosów realnych oraz dwie ekstensje w pedale. Wiatrownice stożkowe. Stół gry wolnostojący, grający siedzi przodem do prezbiterium.

Skala manuałów: C–f³; skala pedału: C–d¹.