Kościół franciszkanów w Kalwarii Pacławskiej został wybudowany w latach 1770-1775 w stylu późnobarokowym. W roku 1776 konsekrował go pod wezwaniem Znalezienia Krzyża Świętego biskup obrządku ormiańskiego Jakub Walerian Tumanowicz z Kamieńca Podolskiego. Fundatorem tej murowanej świątyni był Szczepan Józef Dwernicki herbu Sas.

W roku 1774 Szczepan Józef Dwernicki zapisał anonimowo klasztorowi sumę 2000 zł polskich. Procent od tej sumy miał służyć na utrzymanie organisty w Kalwarii. Natomiast najstarszy inwentarz z roku 1829 wspomina o organach znajdująch się na środku chóru muzycznego nad głównym wejściem.

29 września 1855 roku w wyniku podpalenia w klasztorze kalwaryjskim wybuchł najbardziej dotkliwy materialnie pożar. Spłonął wówczas zupełnie klasztor i zabudowania gospodarcze, a na kościele spaliły się dachy, wieże, drzwi oraz chór z organami. Nie ma zbyt wielu informacji na temat tego pierwszego instrumentu.

Koszty odbudowy kościoła i klasztoru po pożarze wyniosły 25 185 złotych reńskich. Staraniem gwardiana o. Innocentego Nycza w roku 1858 kościół w Kalwarii został wyposażony w organy. Budowy nowego instrumentu kosztem 2000 złotych reńskich podjął się organmistrz lwowski Roman Ducheński (Liber perceptae et Expensae incipiendo a 1-a Octobris 1855, R.1859, 1860; Liber actorum memorabilium Conventus Calvariensis s. 35, nr 12).

W roku 1935 dokonano naprawy organów: W sierpniu naprawiono organ w kościele za cenę 300 zł. Oczyszczono cały organ, wystrojono piszczałki, wyłożono klawiaturę, wyregulowano mechanizm, naprawiono miech, zakonserwowano drewniane piszczałki i pomalowano szafę. Dwa głosy mocno zurzyte czekają na wymianę. Naprawy organu dokonał Karol Gliniewicz [Oliniewicz?] ze Lwowa były pracownik firmy Haase (Kronika 1, s. 345).

Szafa organowa nawiązuje do stylu barokowego. Została ona wykonana z drzewa sosnowego, a jej wymiary wynoszą:

• wysokość: 685 cm,
• szerokość: 403,5 cm,
• głębokość: 179 cm.

Wierzchołki dwóch wież prospektu wieńczą dwa barokowe, drewniane aniołki z trąbką i fletem. Wszystkie ozdoby prospektu oraz uszaki są złocone. Na tylnej ścianie szafy organowej znajdują się dwie drewniane dźwignie do kalikowania, oprócz tego instrument zasilany jest dmuchawą elektryczną. Miech magazynowy dwufałdowy o wymiarach 335 x 160 cm. Ciśnienie powietrza w miechu 95 mm SW. Dwie wiatrownice zasuwowo-klapowe: wiatrownica manuału o wymiarach 370 x 105 cm, wiatrownica pedału o wymiarach 370 x 60 cm. Stół gry wbudowany jest w bok szafy organowej. Klawiatura pedałowa prosta, wykonana z dębu jasnego. 

Skala manuału: C-f³ (54 klawisze); skala pedału: C-a (22 klawisze).