Pierwsze organy w kościele mogły istnieć już w 1600 roku, gdyż zapisy z wizytacji kanonicznych mówią, że kościół posiadał już wtedy chór muzyczny, a nauczycielami w szkole parafialnej byli organista, kantor i dzwonnik. Pierwsza wzmianka o instrumencie pochodzi z roku 1852, czyli z okresu po przebudowie świątyni. Organy te wybudował Ignacy Wojciechowski. Do dziś pozostała po nich zabytkowa szafa. Był to instrument o 8 rejestrach i jednym manuale z pedałem. W grudniu 1900 roku instrument poddano reperacji. Wymieniono wtedy miech (poprzedni znajdował się za szafą organową, nowy ustawiono na wieży kościoła) oraz dodano jeden głos.

W 1950 roku instrument Wojciechowskiego został rozebrany, a po wybudowaniu nowej empory złożony na nowo. Prawdopodobnie niedługo po pracach związanych z budową empory wyłączono organy z użytku z racji na zły ich stan (piszczalki były pogniecione i połamane, a elementy drewniane, tj. wiatrownice i kanały, znacznie spękane). W latach 2005–2007 przeprowadzono konserwację szafy organowej, wtedy też zdemontowano cześć piszczałek nieczynnego już instrumentu. Następnie, po nieudanej próbie uruchomienia, organy zostały rozebrane przez Lecha Skoczylasa i złożone w częściach za szafą z zamiarem remontu. Pomysł ten jednak porzucono. Pojawiła się natomiast idea zakupu 12-głosowych mechanicznych organów, które miały zostać sprowadzone z Niemiec i zamontowane w starej szafie. Translokacji miał dokonać Lech Skoczylas. Plany te również nie doczekały się realizacji. Instrument Wojciechowskiego leżał zdeponowany na chórze do 2009 roku. Wówczas przed malowaniem całego kościoła oraz wymianą podłogi na chórze rozebrane już organy wyniesiono na strych starej plebanii, gdzie znajdują się do dziś. Wtedy też rozbudowano szafę w celu montażu obecnych organów.

Instrument, który znajduje się obecnie w kościele, został wybudowany w 1912 roku przez firmę Binder & Siemann dla kościoła świetego Emmerama w Oberköblitz, gdzie był zamontowany w starszej szafie. Pierwotnie miał 12 głosów, trakturę pneumatyczną oraz następującą dyspozycję:

*) w prospekcie E-fis²
Połączenia: I do Ped, II do Ped, II do I, Sub II do I, Super II do I (kompletne), Sub II, Super II (kompletne)

W okresie istnienia instrumentu w Niemczech wymieniono miech lub wyremontowano stary, likwidując podawacze. Ok. 2000 r. instrument został zdemontowany w celu przeprowadzenia renowacji zabytkowej szafy organowej i budowy nowego instrumentu zgodnego z nią stylistycznie. Po 9 latach składowania organów w magazynie organy zostały zakupione przez parafię w Chrzanowie-Kościelcu i zamontowane w odnowionej i rozbudowanej szafie po organach Wojciechowskiego. Montażu dokonał Krzysztof Jakubowski. Zmieniono wtedy trakturę na elektropnematyczną, montując setzer (64 kombinacje) wykonany przez Sławomira Syjotę. Wykonano także nowy kanał powietrzny, pomalowano miech na kolor szafy organowej, wymieniono śruby z płaskich na krzyżakowe i wyczyszczono organy. W dyspozycji dokonano następujących zmian:

• wykonano transmisję głosu Subbaß na niższym ciśnieniu jako Bourdonbas,
• usunięto Vox coelestis 8' z manuału II, zastępując go Pryncypałem 4' złożonym z różnego rodzaju piszczałek,
• usunięto Salicet 8' z manuału I, zastępując go Gemshornem 4', również złożonym z różnych piszczałek,
• w sekcji pedału wstawiono nowy głos Pommer 8’ na osobnej wiatrownicy,
• Cornet przemianowano na Mixturę.

Instrument poświęcono wraz z nowo dobudowaną nawą boczną 11 stycznia 2010 roku. Na poświęceniu grał Witold Zalewski – organista katedry na Wawelu, a poświęcenia dokonał kard. Stanisław Dziwisz.

Od momentu translokacji instrument cechowało wiele mankamentów, m.in.:

• spora niestabilność ciśnienia powietrza,
• nieszczelny system powietrzny (spękany miech, nieszczelna roleta i kanały powietrzne),
• głośno pracująca dmuchawa bez obudowy,
• usterki stroju i intonacji,
• niewyregulowana traktura,
• bardzo wysokie ciśnienie powietrza (113 mm słupa wody), przez co brzmienie organów było bardzo głośne i przytłaczające w niewielkiej kubaturze kościoła.

Z racji tych problemów już po 2010 r. Łukasz Bodzenta wykonał nową roletę i pudło na dmuchawę, co znacznie ograniczyło jej hałas, oraz obniżył ciśnienie powietrza. Nie zlikwidowało to jednak istniejącego od początku problemu z jego niestabilnością, spowodowanego przez zbyt mały kanał powietrzny i zbyt dużą odległość między miechem a wiatrownicami. Problem ten próbowano rozwiązać, dodając miech kondensacyjny pod wiatrownicami. Niestety ten miech spowodował jeszcze większe wahania ciśnienia. Wtedy zatkano połowę kanału powietrznego, co ograniczyło zawirowania, ale spowodowało znaczące niedobory powietrza, wymieniono mieszki oraz nastrojono organy.

Kolejne serwisy, które prowadził Lech Skoczylas, odbywały się kolejno w październiku 2022 i 2023 roku. Podczas pierwszego poprawiono sprawność traktury manuałów oraz nastrojono organy. Podczas drugiego serwisu dokonano strojenia instrumentu, a chór tercjowy w Mixturze (pierwotnym Cornecie) zamieniono na kwintowy. Zaczęto wtedy planować czyszczenie instrumentu, który został znacznie zabrudzony po malowaniu kościoła. Podjęto decyzję, że prace te rozpoczną się w kwietniu 2024 r., a przeprowadzi je Konrad Dybczak.

W marcu 2024 roku zgłoszona została usterka setzera (nie załączała się Oktawa 4'). Po oględzinach okazało się, że naprawa tego systemu jest niemożliwa, gdyż jest on autorską konstrukcją budowniczego, który zmarł. Wykonano więc prowizoryczną naprawę, łącząc magnesy sterujące Gemshornem 4' z Oktawą 4', oraz podjęto decyzję, że w trakcie czyszczenia zakres prac zostanie zwiększony o wymianę stołu gry wraz z setzerem. Prace te rozpoczęły się zgodnie z planem w kwietniu 2024 r.

Podczas czyszczenia stwierdzono zły stan zachowania piszczałek (zarówno metalowych, jak i drewnianych). Na dostroikach było pełno różnego rodzaju klejów, drewniane piszczałki uszkodzone przez szkodniki drewna były pomalowane farbą kryjącą. Również kloce były pomalowane, aby ukryć ślady po robakach. Naprawiono więc uszkodzone piszczałki metalowe, usunięto z dostroików kleje i taśmy oraz zrekonstruowano te piszczałki, które były nieoryginalne oraz kompletnie zniszczone. Piszczałki drewniane zostały wyczyszczone z różnego rodzaju farb, a te, które były bardzo uszkodzone przez szkodniki, zostały zrekonstruowane w całości bądź wymieniono zniszczone fragmenty na nowe.

Poza czyszczeniem organów, wymianą stołu gry i setzera zwiększono zakres prac o:

• wspomnianą wyżej rekonstrukcję zniszczonych i brakujących piszczałek metalowych oraz zniszczonych przez szkodniki piszczałek drewnianych,
• czyszczenie kloców i oklejenie ich skórą, której dotąd brakowało, oraz czyszczenie drewnianych piszczałek z farby kryjącej, następnie pokostowanie tychże elementów,
• zmieniono dyspozycję, przenosząc naprawione piszczałki Gemshornu 4' do manuału II w miejsce Pryncypału 4', który był niejednorodny i w tragicznym stanie, a ewentualna naprawa znacznie przewyższałaby jego wartość. W dawnym miejscu Gemshornu wstawiono nowy Rurflet 4'. Również Mixtura, z racji złego stanu zachowania, została zbudowana na nowo, 
• przesunięto miech do szafy organowej, wykonano nowy kanał powietrzny o odpowiednich wymiarach i zlikwidowano miech kondensacyjny pod wiatrownicami, co zlikwidowało problem niedoboru oraz wahań ciśnienia powietrza, które obniżono z 90 do 62 mm słupa wody,
• przeprowadzono reintonację.

Prace te zostały wykonane w kwietniu i maju 2024 r. W październiku 2024 r. Jerzy Ordon dostarczył do warsztatu Konrada Dybczaka nowy setzer, który został zamontowany w odnowionym stole gry zakupionym w Niemczech. Montaż stołu gry odbył się od 9 do 14 grudnia 2024 r. Prace zakończyło ostateczne strojenie i montaż pulpitu 23 grudnia 2024 r.

Skala manuałów: C–f³; skala pedału: C–d¹.