Organy w kolegiacie istniały już w XVI w.: organistę notowano w latach 1523 i 1597. W 1598 r. instrument był zniszczony, a organisty nie było. Według opisu sporządzonego w 1608 r. organy miały 14 głosów i były umieszczone na chórze po północnej stronie kolegiaty. Trzy lata później zostały zniszczone w wyniku pożaru. Następna wzmianka o instrumencie pochodzi dopiero z 13 lipca 1666 r., kiedy kapituła kolegiacka podjęła decyzję o remoncie pozytywu; niewątpliwie następnego, choć być może tymczasowego instrumentu. W latach 1667–1679 zbierano pieniądze na dwa nowe instrumenty: organy wielkie i małe (pozytyw), które równolegle budowano. W latach 1719–1724 organy wielkie przeniesiono na nowy chór muzyczny w tyle kolegiaty. W 1753 r. stan instrumentu przedstawiał się następująco: organy wielkie rozebrane in magna parte w piszczałkach zruynowane, kilkatysięcy na restauracyę y wstawienie swoie wymagayą. Dopiero w 1769 r. naprawę za 1000 florenów przeprowadził Andrzej Malinowski. 13 lipca 1779 r. uchwalono zmienić lokalizację mniejszego instrumentu. Istniał także pozytyw w kaplicy św. Józefa, który w 1755 r. zamierzano sprzedać, a gdy to nie doszło do skutku, ponownie zastanawiano się nad tym w 1777 r., gdyż zamierzano rozebrać chór, na którym stał.

Na początku XIX w. zbudowano w kolegiacie nowy chór muzyczny, którego wiek w 1940 r. budowniczy Józef Wojtyga szacował na przeszło 120 lat. Praktyka pokazuje, że z takimi działaniami idzie w parze najczęściej budowa organów. Według inwentarza sporządzonego w roku 1851 był to 9-głosowy instrument bez pedału, z piszczałkami metalowymi i drewnianymi, wymagający reperacji. W liście napisanym w związku z budową następnych organów miejscowy proboszcz opisywał go jako ok. 60-letni, w złym stanie technicznym. Postulat budowy organów padał już wielokrotnie, m.in. w protokołach wizytacji dziekańskich z lat 1855 i 1863. W 1871 r. miejscowy proboszcz skarżył się na przewodniczącego komitetu, ponieważ sam ksiądz do 200 złr. wydał, a przewodniczący komitetu jedynie do nieuskutecznienia tego dzieła się przyczynił.

W 1874 r. nieudaną próbę budowy instrumentu podjął miejscowy organista Jan Gutwiński. Twierdził, że był praktycznym w sztuce orgarmistrzowski – mając do tego odpowiednie świadectwa, zaś jego proboszcz zaświadczył, że wiele organów doprowadził do stanu używalności. Jedyną informacją o tej pracy jest pismo samego wykonawcy, tym cenniejsze, że podaje w nim on nienotowane dotąd w literaturze nazwiska osób trudniących się działalnością organmistrzowską: Piotra Deptucha z Drogini i Antoniego Koska z Klikuszowej. Zarazem jest jedynym jak na razie świadectwem istnienia organów w kościele cmentarnym NMP Niepokalanie Poczętej, które Gutwiński naprawiał. Dokument ten został napisany w związku z konfliktem, jaki wynikł wskutek zatrudnienia przy pracach, wbrew woli proboszcza ks. Jana Machaczka, niemieckojęzycznego stolarza nazwiskiem Jakob Röhrich (Rorych). Gdy ten domagał się zapłaty za pracę, proboszcz przysłał do konsystorza list z wyjaśnieniami, do którego dołączył pismo Gutwińskiego. Jak pisał organista, proboszcz kazał mu zrobic plan i kosztorys na nowe organy do farnego koscioła, a następnie materyał […] za swoje pieniądze zakupił i sprowadzić kazał. Gutwiński rozpoczął budowę i z pomocą Piotra Deptucha wykonał miech cylindrowy z podstawą i jedne wielką piszczałkę do pedału. Następnie wraz z Antonim Koskiem wykonał kilkanaście piszczałek z cyny pozyskanej ze starych organów. Daléj potrzeba było stolarskiej roboty to jest podstawę pod piszczałki zrobić, więc Gutwiński zaproponował jako wykonawcę Rorycha. Na jego osobę proboszcz nie chciał się zgodzić, lecz mimo to Rorych rozpoczął pracę, za którą zaczął domagać się zapłaty. Gutwiński oświadczył, że to nie on, a ks. Machaczek powinien być adresatem tych żądań.

Po niepowodzeniu projektu budowy organów Gutwińskiego wreszcie w 1877 r. zostało zarządzonem sprawienie […] organów, na których zakup 525 złr. miało pochodzić ze spadku po byłym proboszczu, ks. Bartłomieju Janczym. Wreszcie 23 maja 1879 r. zawarty został kontrakt na budowę organów za 5000 złr. z renomowaną firmą Rieger z Jägerndorf (obecnie Krnov w Czechach). 29 maja Rieger przysłał dodatkowy kosztorys z uzupełnieniem wagi piszczałek cynowych. 7 czerwca organy zostały przekazane do przesyłki, która dotarła 15 czerwca, zaś 25 października spłacono część należności. Instrument został oznaczony numerem opus 47, najniższym, jaki katalog odnotowuje na terenie obecnej Polski. O nowym instrumencie pisano w latach 1883 oraz 1887, informując, że był największy w całym dekanacie. Wzmianka o nim znalazła się także w dokumencie z 1880 r. zamkniętym w kuli pod krzyżem na wieży.

W 1939 r. organy były zrujnowane, a w klawiaturze były dziury wyżłobione na centymetr. Stan taki był przyczyną remontu przeprowadzonego w 1943 r. przez Zygmunta Kamińskiego z Warszawy. W archiwum parafialnym zachowały się dowody wpłat, które organmistrz w różnej wysokości pobierał od 22 listopada do 27 grudnia tego roku. W 1945 r. zainstalowano dmuchawę elektryczną. Kiedy w ramach większych prac przy regotyzacji kościoła zaczęto budować nowy chór muzyczny, stary instrument został przeniesiony w 1958 r. do Nawojowej i odnowiony. Następnie budowę nowego instrumentu rozpoczął Wacław Biernacki z Krakowa. Projekt dyspozycji, opracowany przez prof. Feliksa Rączkowskiego, przewidywał 51 głosów:

W pierwszym etapie prac, ukończonym w 1961 r., Wacław Biernacki dostarczył do kościoła dwa identyczne, trzymanuałowe stoły gry (jeden na chórze muzycznym, drugi w prezbiterium), oraz wybudował sekcję manuału III w prezbiterium z dwoma niezależnymi głosami pedałowymi. Według innego źródła działo się to już w 1958 r. Przez następne kilkanaście lat budowa nie była kontynuowana, a gdy powrócono do jej planów, zdecydowano o zmianie koncepcji i wykonawcy: zaangażowano firmę Włodzimierza Truszczyńskiego z Warszawy.

Pierwszym etapem prac tego organmistrza była przebudowa organów w prezbiterium, będących reliktem poprzedniej koncepcji Wacława Biernackiego, na samodzielny instrument dwumanuałowy z pedałem. Prace te miały się rozpocząć w styczniu 1976 r. 23 lipca tego samego roku został sporządzony kosztorys wstępny na budowę organów na chórze muzycznym, który przewidywał powstanie 42-głosowego, trzymanuałowego instrumentu o mechanicznej trakturze gry i elektrycznej trakturze rejestrów. Projekt ten nie został zrealizowany, prawdopodobnie z powodu wysokich kosztów i braku doświadczenia Włodzimierza Truszczyńskiego w budowie organów mechanicznych. Kolejna oferta została sporządzona 4 lutego 1977 r. Wykonawca zaproponował tym razem organy 34-głosowe o trakturze elektrycznej i wiatrownicach klapowo-zasuwowych. Miały być one gotowe do świąt Bożego Narodzenia 1978 r. Tym razem propozycja została przyjęta. Proboszcz parafii przesłał do kurii diecezjalnej 1 marca 1977 r. projekt wraz z dyspozycją z prośbą o zatwierdzenie. W odpowiedzi Komisja Sztuki Kościelnej pismem z 4 kwietnia skrytykowała plany instrumentu, zwłaszcza prospekt, jako trudny do realizacji i nie odpowiadający wewnętrznemu układowi organów, oraz dyspozycję: zbyt dużą liczbę mikstur i głosów językowych, co czyniłoby instrument zbyt jasnym i krzykliwym. Mimo takiej opinii projekt był realizowany. Z zachowanych rozliczeń dowiadujemy się, że na budowę przeznaczono dochód z aż 3370 intencji mszalnych. Do budowanego instrumentu sprowadzono z firmy Laukhuff następujące elementy: dwie dmuchawy elektryczne z częściami przyłączeniowymi, uszczelniacze do zasuw, filce, elektromagnesy tonowe i rejestrowe oraz głosy językowe. Części te zostały sprowadzone za pośrednictwem prof. J. Schneuwly’ego, zamieszkałego we Fribourgu w Szwajcarii. Projekt architektoniczny prospektu wykonał architekt Maciej Gintowt z Warszawy, współpracujący wielokrotnie z firmą Włodzimierza Truszczyńskiego. Prace przy budowie nadzorował prof. Jan Jargoń z Krakowa. Termin budowy organów został dotrzymany, jednak odbioru dokonano 17 marca 1979 r. Uczestniczyli w nim m.in. księża Kazimierz Pasionek i Andrzej Zając z ramienia komisji muzyki kościelnej, oraz hiszpański organista Julio Garcia Llovera. Dopiero później dorobiono miedziane piszczałki prospektowe. Dokonał tego Zbigniew Wocial z Warszawy, który w umowie z 18 grudnia 1979 r. zobowiązał się wykonać je do sierpnia 1980 r.

W 2023 r. Jerzy Ordon z Krakowa zamontował czteromanuałowy stół gry firmy Romanus Seifert & Sohn, wyposażony w bogatą paletę połączeń sub- i superoktawowych (oryginalnie instrument dysponował jedynie połączeniami prostymi). Zamieniono miejscami sekcje manuałów I i II. Manuał IV, obecnie niemy, przygotowany jest do podłączenia organów w prezbiterium.

Skala manuałów: C–g³ (w dawnym stole gry: C–a³); skala pedału: C–f¹.