Pierwsza wzmianka o 4-głosowym pozytywie pochodzi z 1727 r. Z kolei w latach 1783 i 1812 notowano instrument o 5 głosach. W 1834 r. na jego miejscu stanął nowy 5-głosowy pozytyw.

Obecne organy zostały zbudowane w latach 1843-1844 przez Ignacego Wojciechowskiego z Krakowa, pierwotnie jako 6-głosowe, o 1 manuale bez pedału.

Pierwotna dyspozycja organów:

Pryncypał [8’]
Flet większy [8’]
Salicynał [8’]
Oktawa [4’]
Flet mniejszy [4’]
Kwinta [2 2/3’’]
Flageolet [2’]

W 1864 r. ten sam organmistrz dobudował głos „Mikstura z Cymbałem”, który jednak został usunięty podczas naprawy organów w 1866 r. Około 1885 r. reperację instrumentu przeprowadził Jan Grocholski z Krakowa. Z kolei w 1888 r. gruntownej naprawy dokonał Tomasz Wojciechowski z Krakowa, syn budowniczego organów. Później w 1902 r. miała miejsca naprawa i strojenie.

Podczas remontu wykonanego w 1947 r. przez firmę Wacława Biernackiego z Krakowa poczyniono zmiany w dyspozycji. Prospekt organowy został oczyszczony i pomalowany w 1957 r., natomiast między 1970 r. a 1985 r. Henryk Siedlar z Krakowa dobudował 2-głosową sekcję pedału. W 1985 r. instrument był remontowany przez Tadeusza Piotrowskiego z Modlnicy.

Obecnie z inicjatywy organisty Bartłomieja Chmielewskiego, we współpracy z Proboszczem Księdzem Janem Adamusem, opracowywana jest historia organów; prace badawcze prowadzi Piotr Matoga.