Organy firmy Orgelbau Anstalt A. Terletzki, Jnh. Ed. Wittek, Elbing zbudowane w 1903 roku. Instrument powstał bezpośrednio po zbudowaniu świątyni, znajdującej się wtedy jeszcze poza obszarem miasta Elbląga, w tzw. kolonii Pangritza. Instrument otrzymał 16 głosów podzielonych na dwie sekcje manuałowe oraz jedną pedałową.

Dyspozycja instrumentu jest typowym założeniem firmy Wittek z przełomu wieków XIX i XX. Organy tej firmy nie miały jeszcze połączeń oktawowych, które zaczęto stosować dopiero ok. dwa lata później. W stosunku do instrumentów późniejszych, w których zazwyczaj w głównym manuale znajdował się pryncypałowy głos 4', a w pobocznym fletowy, instrumenty z pierwszych lat XX wieku miały jeszcze głos fletowy 4' w manuale głównym. Mikstura typu kornetowego. Głosy Gamba 8' i Concertflöte 8' mają wspólną najniższą oktawę. Piszczałki ustawione są na trzech wiatrownicach typu stożkowego, które znajdują się na dwóch kondygnacjach. Na poziomie posadzki znajduje się wiatrownica manuału II, a głębiej wiatrownica pedału. Wyżej posadowiona jest wiatrownica manuału I. Traktura czysto pneumatyczna. Stół gry wolnostojący. Prospekt organów jest katalogowym projektem firmy Wittek. Identyczne wręcz można spotkać w kościele św. Leona w Gołdapi, kościele św. Jakuba w Tolkmicku (1902, 20 głosów) i kościele ewangelicko-augsburskim w Toruniu (1904, 13 głosów).

Dzielnica „Pangritz Kolonie” została w styczniu 1945 roku dość szybko zajęta przez Armię Czerwoną, co nie doprowadziło do większych zniszczeń. Początkowo kościół pozostawał nietknięty. Dopiero po pewnym czasie od zajęcia całego Elbląga do kościoła wtargneli czerwonoarmiści i dokonali dewastacji. W 1946 roku uruchomienie i naprawę instrumentu wykonała firma Stefana Truszczyńskiego. Kolejnego kapitalnego remontu organy wymagały pod koniec lat 70. XX wieku. Ówczesny administrator parafii, ks. kan. Aleksander Iwanicki, nawiązał kontakt z zakłądem organmistrzowskim Tadeusza Rajkowskiego z Włocławka. W przedstawionym przez Rajkowskiego kosztorysie, obok czyszczenia aparatu brzmieniowego oraz wszystkich mechanizmów, zaproponowano, aby instrument rozbudować. Na specjalnie dobudowanych wiatrownicach miałyby stanąć następujące głosy:

Wiązałoby się to z przebudową kontuaru oraz montażem nowego, mocniejszego silnika. Całość prac wyceniono na 130 tysięcy ówczesnych złotych. Na szczęście kosztorys ten anulowano. Wkrótce potem sporządzono umowę, która zakładała remont istniejącej materii. Składało się na to m.in. gruntowne czyszczenie, zabezpieczenie przed drewnojadami, renowacja wiatrownic, wymiana wszystkich mieszków (planowano sprowadzenie specjalnej skóry z RFN), renowacja miecha oraz gruntowne strojenie. Całość kosztować miała 120 tysięcy złotych.

Rajkowski miał wykonać swoją pracę do 1981 roku. W tym samym roku mgr Marian Dorawa założył kartę konserwatorską instrumentu.

Kolejny remont odbył się w pierwszej połowie lat 90. Przeprowadził go Andrzej Kowalewski z Braniewa, a jego szczegóły pozostają nieznane.

Po klilkunastu latach organy były w bardzo złym stanie technicznym. Instrument został silnie zaatakowany przez drewnojady, wiele głosów pozostawało rozstrojonych, a przez brak jakiegokolwiek serwisu i przeglądów traktura oraz inne części organów zaczęły wykazywać usterki. Mimo to organy były nadal używane do celów liturgicznych.

Do kapitalnego remontu przystąpiła firma Nawrot i Synowie z Wronek. Demontażu większości części instrumentu dokonano we wrześniu 2015 roku. W międzyczasie szafa organowa została gruntowanie wyremontowana (stan przed renowacją był bardzo zły z powodu silnego zarobaczenia). Zostały odrestaurowane wszystkie części instrumentu: piszczałki, wiatrownice (wymiana wszystkich mieszków), stół gry. Podczas prac usunięto nieoryginalny aparat tremola, który znajdując się na głównym kanale swoim działaniem wpływał na cały instrument. Poza kilkoma niewielkimi odcinkami została zachowana oryginalna traktura, składająca się z ołowianych rurek. Nowe wykonane są z igielitu. Wymieniono silnik elektryczny, a stary, zabytkowy miech magazynowy zostąpiono pływakowym. Warto jednak zaznaczyć, że zabezpieczone części starego miecha pozostawiono w wieży, w celu ewentualnego powrotu do wersji z miechem magazynowym. Niestety, nie zostały wymienione piszczałki prospektowe instrumentu będące różnej proweniencji i w różnym stanie (wiele egzemplarzy, pomimo usilnych starań, ma ślady po wygięciach). Wymieniono klawiatury manuałowe. Prace zakończono na początku maja 2017 r.

Obecnie organy są w bardzo dobrym stanie technicznym. Regulacji wymaga repetycja traktury, zawieszające się poszczególne dźwięki oraz intonacja kornetowej mikstury, w szczególności wybijającego się chóru tercjowego. Wydaje się zasadnym powrót do starego typu miecha magazynowego. Nowy pływakowy ma tendencje do podawania niedostatecznej ilości powietrza przy grze w tutti. Dużym problemem jest także obecna intonacja poszczególnych rejestrów, w szczególności głosów: Gamba 8', Concertflöte 8' czy Geigen Principal 8'.

Skala manuałów: C-f³; skala pedału: C-d¹.