Najstarsza wzmianka o instrumencie w kronikach klasztoru pochodzi ze spisu inwentarza sporządzonego w czasie wyzytacji prowincjała w 1647 roku, w którym wielkie organy w nawie głównej wymienione są wraz z pozytywem znajdującym się w chórze zakonnym, jednak analiza pozostałych źródeł archiwalnych pozwala określić czas budowy instrumentu na lata 20. XVII wieku.

Instrument został umieszczony przy zachodniej ścianie kościoła na drewnianej emporze z późnorenesansową, drewnianą balustradą, której dwa rzędy pól zostały pokryte malowidłami (górne przedstawiają wizerunki świętych, dolne natomiast krajobrazy). Szafa organowa jest przykładem wczesnobarokowego stylu gdańskiego. Ma ona trzy wieże piszczałkowe (środkowa największa) z latarniami akustycznymi zwieńczonymi rzeźbami patronów zakonu oraz orkiestry anielskiej. Między wieżami znajdują się cztery pola piszczałkowe. Pozytyw balustradowy wybudowany został w analogicznym samym układzie. Pierwotnie obie szafy wyposażone były w drewniane skrzydła zamykające pola piszczałkowe (świadczą o tym pozostałości zawiasów po bokach), jednakże zostały one zastąpione w czasie renowacji instrumentu w 1735 roku przez późnobarokowe uszy.

Pierwotny instrument miał około 30 głosów rozmiesczonych w dwóch sekcjach manuałowych oraz sekcji pedału. Miechownia została umieszczona w pomieszczeniu za organami na piętrze kruchty kościoła. Do dziś zachowała się konstrukcja nośna czterech dużych miechów klinowych. Z tego instrumentu zachowały się piszczałki Fletu krytego oraz Superoktawy wykonane ze stopu o dużej zawartości ołowiu, które znajdują się obecnie w rejestrze Flet 8'. Pierwotne miejsca, w których znajdowały się cięgła registrów, wypełniono płycinami, na których znajdują się malowidła św. Cecylii oraz św. Antoniego z Dzieciątkiem, a miejsce po stole gry wypełniono płytą sklejkową.

W połowie XIX wieku w starej szafie wybudowano nowy instrument, który według opisu z 1921 r. miał dwa manuały i pedał, 20 głosów i cztery połączenia. Powietrze do instrumentu dostarczał miech magazynowy z dwoma podawaczami, których relikty zachowały się w pomieszczeniu miechowni, a stół gry wbudowany był w prawy bok szafy organowej. W 1918 roku piszczałki prospektowe zostały skonfiskowane na cele wojenne.

W 1925 roku warsztat Dominika Biernackiego z Włocławka przeprowadził renowację instrumentu, w ramach której m.in. uzupełniono skonfiskowane piszczałki prospektowe, dokonano zmian w dyspozycji oraz zamontowano dmuchawę elektryczną. W grudniu 1931 roku ta sama firma wykonała cztery drewniane głosy pedałowe (zachowane do dziś) w miejsce starych zniszczonych przez drewnojady.

Ze względu na pogarszający się stan organów w kościele klasztornym w czerwcu 1938 roku kapituła konwentu podjęta uchwałę o przebudowie organów. Z czterech ofert wybrano kosztorys Stefana Krukowskiego z Piotrkowa Trybunalskiego. Zakres prac obejmował budowę nowego mechanizmu gry z użyciem wiatrownic stożkowych, nowego kontuaru oraz miecha. Pozostać miała zabytkowa szafa organowa oraz materiał piszczałkowy rozbudowany o sześć nowych głosów według następującej dyspozycji: 

Planowana dyspozycja została zmodyfikowana (m. in. w miejscu Puzonu 16' ostatecznie znalazł się głos Czello 8'). Zmiana ta nastąpiła na późnym etapie prac. Wewnątrz kontuaru oraz na wiatrownicach zachowane są inskrypcje z pierwotną dyspozycją. Prace rozpoczęte 4 listopada 1938 roku zakończyły się 15 grudnia tego samego roku. Uroczyste poświęcenie organów odbyło się 6 stycznia 1939 roku. 

W 1951 oraz 1961 r. Dominik Biernacki prowadził przy organach prace, w ramach których wykonano doraźne naprawy, strojenie oraz regulację. Pomimo podjętych działań od roku 1969 w kronikach klasztornych pojawiają się wzmianki o pogarszającej się kondycji organów.

Obecną formę instrument uzyskał w czasie gruntownej przebudowy instrumentu, którą w 1973 roku kapituła konwentu zleciła Józefowi Adamczykowi z Kartuz. Podjęte prace obejmowały m.in. odwrócenie kontuaru oraz przysunięcie go do ściany pozytywu, montaż nowej wolnoobrotowej dmuchawy Ventus firmy Laukhuff oraz gruntowne zmiany w dyspozycji według nowej koncepcji brzmieniowej konsultowanej przez prof. Gerarda Płachetkę oraz prof. Antoniego Szuniewicza. Prace te ukończono w październiku 1973 roku.

Instrument działa w oparciu o pneumatyczną trakturę gry i registrów systemu tłoczącego. Wolnostojący stół gry znajduje się w miejscu szafy pozytywu (grający siedzi tyłem do prezbiterium). W prospekcie znajdują się pierwsze trzy oktawy Pryncypału 8' (prawe pola piszczałkowe nieme). Pozytyw balustradowy niemy. Sekcja manuału I znajduje się ok. metr nad podłogą po lewej stronie głównej szafy, nad nią dzwony rurowe oraz sekcja manuału II w szafie eksprsyjnej. Flet 8' i Burdon 8' mą wspólne piszczałki oktawy wielkiej. Głos Scharf 3rz. znajduje się na oddzielnych wiatrownicach dodanych w 1973 roku, ustawionych piętrowo we wnęce szafy ekspresyjnej. Mechanizm żaluzji mechaniczny. Sekcja pedału znajduje się po prawej stronie szafy, pozostawiając minimalną ilość miejsca na dostęp do wiatrownicy od spodu. Ze względu na małą ilość miejsca w szafie mocno utrudniony jest dostęp do wnętrza instrumentu oraz miechowni. Z tego samego powodu każda sekcja ma dodatkowe wiatrownice, na których stoją dźwięki klawiszy fis³–a³ manuałów oraz cis¹–f¹ pedału. Wiatrownica manuału II ma 12 dodatkowych tonów dla połączeń 4'. System powietrzny stanowi jeden miech pływakowy z podawaczem, który zasila dmuchawa Ventus firmy Laukhuff.

W latach 2017-2018 miała miejsce gruntowna renowacja szafy organowej oraz generalny remont kościoła. Wskutek nieprofesjonalnego oraz niewłaściwego zabezpieczenia prace te negatywnie wpłynęły na kondycję instrumentu. W lutym 2019 roku podjęto prace mające na celu oczyszczenie oraz uruchomienie instrumentu, które prowadził warsztat Piotra Dziewieckiego z Jedlińska. W 2021 roku poddano renowacji wiatrownice poboczne manuału I i pedału oraz w miejscu wtórnego Chorałbasu 4' wstawiono Puzon 16'. Prace te wykonał Tomasz Sowiński z Pudliszek.